丙型肝炎高变区多肽的同源性建模及抗原性研究

丙型肝炎高变区多肽的同源性建模及抗原性研究

一、丙型肝炎高变区多肽的同源模建与抗原性研究(论文文献综述)

刘丽霞[1](2015)在《三个猪种SLA-DQA和DRA基因分子遗传特征及其与仔猪腹泻的关联研究》文中指出本研究以八眉猪、蕨麻猪和甘肃黑猪为研究对象,采用PCR-SSCP、PCR产物直接测序和克隆测序相结合的方法研究了SLA-DQA和DRA基因外显子功能区的分子遗传特征,分析了各外显子基因型和单倍型与仔猪腹泻之间的相关性,并利用生物信息学方法预测分析了这两个基因功能区的理化特性、蛋白质高级结构和功能及其氨基酸序列的同源性。研究结果表明:1、三个猪种DQA基因外显子2、3和4均存在多态性,而外显子1无多态性。DQA外显子2检测到8种等位基因和12种基因型,共有25个核苷酸变异位点,导致15个氨基酸发生改变,其中c.3979A>G和c.3994T>A是新的碱基突变;外显子3检测到3种等位基因和6种基因型,有4个核苷酸变异位点和3个碱基的缺失,导致4个氨基酸变异和2个氨基酸缺失;外显子4检测到5种等位基因和6种基因型,有9个核苷酸变异位点,导致4个氨基酸改变。蕨麻猪DQA外显子4的期望杂合度高于观测杂合度,其他品种各外显子期望杂合度均低于观测杂合度。DQA基因3个外显子均偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(p<0.01)。2、三个猪种DRA基因的外显子1、2和4均存在多态性,而外显子3无多态性。DRA外显子1检测到2种等位基因和3种基因型,仅有1个核苷酸变异位点且为同义突变;外显子2检测到2种等位基因和3种基因型,仅有1个核苷酸变异位点,导致1个氨基酸发生改变;外显子4检测到5种等位基因和6种基因型,有4个核苷酸变异位点,导致2个氨基酸发生改变。八眉猪外显子4、蕨麻猪和甘肃黑猪外显子2的期望杂合度均低于观测杂合度,其余各区域期望杂合度均高于观测杂合度。八眉猪和甘肃黑猪DRA外显子2处于Hardy-Weinberg平衡(p>0.05),其余检测区域各群体均偏离了Hardy-Weinberg平衡(p<0.01)。3、SLA-DQA基因3个外显子共构建了37种单倍型,Hp-0.q1频率最高。DRA基因3个外显子共构建了19种单倍型,Hp-0.r10频率最高。DQA和DRA外显子2共构建了13种单倍型,单倍型Hp-0.qr1频率最高,Hp-0.qr11频率最低。SLA-DQA和DRA基因内外显子间和两基因外显子2间的连锁不平衡参数均较低。4、腹泻相关性分析结果显示,性别对仔猪腹泻无影响(p>0.05),品种对仔猪腹泻有影响(p<0.05),甘肃黑猪的腹泻评分高于八眉猪和蕨麻猪(p<0.01)。5、DQA外显子2基因型与腹泻之间有相关性(p<0.01),基因型AA腹泻评分(0.39±0.54)高于其他基因型(p<0.01),基因型CC腹泻评分(-1.31±0.88)低于AA、AB(p<0.01)和BB(p<0.05);外显子3基因型与腹泻有关(p<0.05),基因型AC(1.36±0.21)腹泻评分大于AA、BB和CC(p<0.01),而AB型(1.00±0.16)大于CC型(p<0.05);外显子4基因型对腹泻无影响(p>0.05)。6、DRA外显子1基因型对腹泻有影响(p<0.01),基因型AB腹泻评分(1.28±0.12)大于AA和BB(p<0.01);外显子2基因型对腹泻无影响(p>0.05);外显子4基因型对腹泻有影响(p<0.05),基因型AA的腹泻评分(0.08±0.24)小于BB、BC、DD(p<0.01)和CD(p<0.05)。7、DQA基因编码区单倍型对腹泻有影响(p<0.01),单倍型Hp-0.q1(1.00±0.27)和Hp-0.q2(0.97±0.36)的腹泻评分大于其余单倍型(p<0.01或p<0.05)。DRA基因编码区单倍型对腹泻有影响(p<0.01),单倍型Hp-0.r18的腹泻评分(1.75±0.17)最高,大于Hp-0.r13(p<0.05)和Hp-0.r3、Hp-0.r12和Hp-0.r14(p<0.01),单倍型Hp-0.r14的腹泻评分(-0.07±0.37)最低,小于Hp-0.r12(p<0.05)和Hp-0.r01、Hp-0.r10、Hp-0.r13、Hp-0.r15、Hp-0.r18(p<0.01)。DQA和DRA基因抗原结合区单倍型Hp-0.qr1(1.06±0.07)和Hp-0.qr2(1.10±0.13)腹泻评分大于单倍型Hp-0.qr3、Hp-0.qr4、Hp-0.qr9(p<0.01),Hp-0.qr9(0.17±0.17)小于Hp-0.qr1、Hp-0.qr2(p<0.01)和Hp-0.qr3、Hp-0.qr4(p<0.05)。8、SLA-DQA基因CDS区序列全长767 bp,含有一个重叠碱基,共编码255个氨基酸;具有10/11个潜在的磷酸化位点和2个N-糖基化位点;二级结构为混合型且无规则卷曲比例最高;三品种猪生长因子几率均相对较高,八眉猪和甘肃黑猪的蛋白信号转导、受体、胁迫应答和免疫应答几率相对较高,而蕨麻猪的结构蛋白和转录几率相对较高;与其他猪种序列相似度为96%-98%。9、SLA-DRA基因CDS区序列全长为759 bp,含有一个重叠碱基,共编码252个氨基酸;具有11/10个潜在的磷酸化位点和4个潜在的N-糖基化位点;二级结构为混合型且无规则卷曲比例最高;三品种猪蛋白信号转导、受体、胁迫应答、免疫应答和生长因子的几率均相对较高;与其他猪种序列相似度达到99%。综上所述,SLA-DQA基因具有一定的多态性,而DRA基因多态性较低,外显子2和4分别是DQA和DRA基因功能区遗传变异性最高的区域。DQA和DRA基因外显子间的连锁程度均较低。八眉猪和蕨麻猪对仔猪腹泻的抵抗力高于甘肃黑猪。SLA-DQA外显子2在对DQA基因仔猪腹泻的抗性中起主要作用,且抗原结合位点上的氨基酸变异比抗原结合槽上的变异对仔猪腹泻的影响更显着;DRA基因外显子4是DRA功能区对仔猪腹泻的影响最大的区域。DQA和DRA单倍型对仔猪腹泻均有影响,基因内外显子间的连锁对仔猪腹泻无影响,而两基因外显子2之间的连锁对仔猪腹泻有一定的影响。

迟淑萍,白冰珂,陈红鸽,刘军,谢进,孙杰,由莉越,程云[2](2012)在《丙型肝炎病毒高变区1模拟表位7肽细胞免疫应答作用的研究》文中认为目的探讨丙型肝炎病毒高变区1模拟表位7肽在体外刺激免疫小鼠脾淋巴细胞后的细胞增殖情况。方法选用经7肽皮下多点免疫和脾内直接注射两种免疫途径的免疫小鼠,无菌条件下分离脾淋巴细胞后,实验组分为刺激组与未刺激组,刺激组脾细胞再经7肽刺激,应用单溶液细胞增殖检测法体外检测7肽对免疫小鼠脾淋巴细胞在不同浓度和不同培养时间点增殖的影响。结果体外7肽刺激免疫小鼠脾淋巴细胞后,刺激组的脾淋巴细胞增殖反应与未刺激组比较存在促进作用,与对照组比较出现了明显的增殖反应。结论丙型肝炎病毒高变区1合成肽在体外对免疫小鼠脾淋巴细胞具有一定的促增殖作用。

宋春辉,杨斌,程云,陈黎明[3](2009)在《模拟HCV HVR1免疫7肽对免疫细胞分泌细胞因子的影响》文中进行了进一步梳理目的了解在模拟HCV HVR1免疫7肽(7P)的刺激下,正常人免疫细胞分泌γ干扰素(IFN-γ)、白细胞介素10(IL-10)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)及白细胞介素4(IL-4)的细胞频数变化,并探讨其作用机制。方法分离正常人外周血单核细胞(PB-MCs),分为CD4+CD8-T细胞组、CD4-CD8+T细胞组、NK细胞组、NKT细胞组四组,各组设阴性对照及豆蔻酸-佛波醇-乙酸酯(PMA)阳性对照,与7P共同孵育后,应用IL-10、IFN-γ、TNF-α、IL-4流式抗体进行细胞内因子检测,采用FACSCalibur流式细胞仪及FACS Calibur软件进行检测分析。结果与阴性对照组相比,分泌IFN-γ的细胞频数在NK细胞、NKT细胞以及CD4+CD8-、CD4-CD8+T淋巴细胞均明显增高(P<0.01);分泌IL-4的细胞频数变化不明显;分泌IL-10的细胞频数在CD4+CD8-、CD4-CD8+T淋巴细胞表现为升高(P<0.01,P<0.05),在NK细胞、NKT细胞表现为下降(P<0.01);分泌TNF-α的细胞频数在CD4+CD8-T淋巴细胞表现为下降(P<0.01),在NK细胞表现为升高(P<0.01)。结论7P能够通过调节细胞因子分泌改变免疫细胞的免疫反应方式,这种调节在以NK、NKT细胞为代表的固有免疫细胞和以CD4+CD8-、CD4-CD8+T细胞为代表的适应性免疫细胞之间存在差异,可能有利于在清除病毒的同时缓解炎症反应。

宋春辉,杨斌,陈黎明,程云[4](2009)在《模拟HCVHVR1免疫7肽对树突状细胞作用的初步研究》文中研究表明目的了解在模拟HCV HVR1免疫7肽(7P)刺激的条件下,健康志愿者树突状细胞(DC)的细胞表型及细胞因子分泌情况的变化,并探讨其作用机制。方法分离6名健康志愿者外周血单核细胞(PBMC),和7P共同孵育培养后,应用流式抗体进行DC细胞表型及细胞内因子染色,应用FACSCalibur流式细胞仪及FACSCalibur软件进行检测分析。结果与空白对照组相比,7P刺激组代表mDC(髓样树突状细胞)成熟的Lin1-HLA-DR+CD11c+CD83+细胞的频数明显下降(P=0.001),代表pDC(浆细胞样树突状细胞)成熟的Lin1-HLA-DR+CD123+CD83+细胞的频数未发生明显变化。代表mDC分泌功能的IL-12在空白对照组及刺激组均未检测出来。结论7P对DC无明显的激活作用。7P对免疫效应细胞产生作用可能不通过抗原提呈细胞而直接作用于免疫效应细胞。

余兵兵[5](2009)在《呼吸道合胞病毒表位重组蛋白的初步研究》文中研究指明呼吸道合胞病毒( Respiratory syncytial virus,RSV)是引起婴幼儿和易感成人呼吸道感染最主要的病毒性病原。它除了引起上呼吸道感染外,还是引起毛细支气管肺炎等下呼吸道感染的重要原因。自然感染率极高,对婴幼儿、老年人及免疫抑制患者能引起严重的下呼吸道炎症反应。世界卫生组织(WHO)十分重视该疫苗的开发,呼吁开发安全有效的RSV疫苗。但由于多种限制因素,例如:RSV A、B两亚型交错出现、选择合适的载体蛋白较困难等问题,迄今尚无成功的疫苗问世。为寻求可以用于RSV疫苗研制的表位,在病毒吸附蛋白(G蛋白)和融合蛋白(F蛋白)中寻找合适的中和表位,以Balb/c小鼠为动物模型,通过动物试验检测中和表位的效果。通过对吸附蛋白和融合蛋白的生物信息学预测和文献调研查找,从G蛋白中筛选出五个比较集中的表位,其位于G142-204中,最终选择了G142-204(命名为G)这段区间作为研究对象。从F蛋白筛选出两个表位F205-223和F255-278,使用刚性linker(GPG)来连接,最终选择F205-223-GPG-F255-278(命名为F)作为研究对象。采用重叠PCR技术,构建了编码G142-204和Balb/c小鼠血清白蛋白结构域Ⅰ的融合基因(命名为G-M)、F205-223-GPG-F255-278和Balb/c小鼠血清白蛋白结构域Ⅰ的融合基因(命名为F-M)。将融合基因成功构建在原核表达载体pET28a(+)上,并在大肠埃希菌BL21(DE3)表达。经检测目的蛋白是以包涵体形式表达,采用尿素变性,亲和层析法纯化,获得高纯度的融合蛋白,纯度达到90%。融合蛋白免疫9周龄的雌性Balb/c小鼠,采集小鼠血液,通过ELISA法检测血清中特异性抗体的抗体亚型,F-M蛋白免疫组IgG1/IgG2a比值为1.47,相比之下,较G-M更趋向于Th1/Th2之间的平衡。免疫融合蛋白后Balb/c小鼠肺部及血清中均能产生抗RSV抗体。免疫小鼠RSV攻毒试验,F-M免疫组与G-M免疫组都能够起到保护肺部、降低肺部病毒滴度的作用。本试验制备的融合蛋白具有一定的病毒中和能力,经过进一步的试验印证后,有望开发出一种更加安全有效的RSV疫苗。

宋春辉[6](2008)在《模拟HCV HVR1免疫7肽对人不同免疫细胞分泌细胞因子影响的初步研究》文中提出目前针对慢性丙型肝炎病毒(HCV)感染尚无切实有效的办法,以诱导机体产生细胞免疫为主的HCV治疗新疫苗,可通过重建感染者针对HCV的免疫应答,调动自身的免疫机能来清除病毒,减少非特异性炎症对肝脏的损害的作用。有可能是将来治疗慢性HCV感染的重要方法。本研究的课题是建立在我室长期对中国人群常见的HCV感染毒株(1b、2a)包膜蛋白E2高变区1(HVR1)序列变异规律的研究基础上,根据保守位点合成的一系列长度不等的HCVHVR1模拟表位。之前的研究中,已经验证了其中一个含有7个氨基酸的多肽(7P)能够诱导小鼠免疫应答。本课题主要是在此基础上,针对人不同免疫细胞,研究7P对人不同免疫细胞分泌细胞因子的影响,并初步探讨其机制。课题共分为三个部分。(一)7P对正常人免疫细胞分泌细胞因子的影响将7P与正常人的外周血单核细胞((PBMCs)共同孵育培养,然后通过检测免疫细胞内细胞因子分泌的改变来研究其免疫变化。结果表明,应用7P刺激正常人PBMCs后,分泌IFN-γ的细胞频数无论在NK细胞、NKT细胞以及CD4+CD8-、CD4-CD8+T淋巴细胞均明显增高;而分泌IL-4的细胞频数则变化不明显。分泌IL-10的细胞频数在CD4+CD8-、CD4-CD8+T淋巴细胞表现为升高,在NK细胞、NKT细胞表现为下降;而分泌TNF-α的细胞频数在CD4+CD8-、CD4-CDS+T淋巴细胞表现为下降,在NK细胞、NKT细胞表现为升高。(二)7P刺激免疫细胞分泌细胞因子改变的初步研究首先将7P与正常人的外周血单核细胞((PBMCs)共同孵育培养,然后检测抗原呈递细胞(DC)成熟及细胞因子变化情况。结果表明应用7P刺激DC细胞时,成熟细胞表型的mDC细胞的频数明显下降;成熟的细胞表型的pDC细胞的频数未发生变化,代表mDC分泌功能的IL-12未能检测出来。提示7P体外刺激有可能够降低成熟mDC的表达,未能促进IL-12的分泌;但对pDC表达的影响尚不完全明确。其后采用细胞分选技术,将抗原提呈细胞从PBMCs中分离出去,剩余的成分中包括免疫反应的效应细胞T细胞和NK、NKT细胞,将其和7P共同孵育培养后检测细胞内细胞因子染色。结果表明,当应用磁珠分选之后其与7P共同孵育培养,能够得到与分选之前基本相同的结果。提示7P的这种对细胞因子分泌的调节可能是直接作用于效应细胞,同时对于抗原提呈细胞(DC)也具有直接或间接的作用,而这种作用也可能间接地影响效应细胞的细胞因子分泌。(三)7P对HCV感染患者免疫细胞分泌细胞因子影响的初步研究将HCV感染患者的PBMCs和7P共同孵育培养后检测细胞内细胞因子染色,来分析7P对HCV感染患者的免疫细胞的作用。与第一部分结果相比,INF-γ在NK及NKT细胞,IL-10在CD4+CD8-T细胞及CD4-CD8+T细胞的变化是一致的;而TNF-α在NKT细胞出现了相反的变化,即下降。同时,我们也注意到其他未发生具有统计学意义变化的部分,其变化的主要方向也往往和之前的实验结果趋向一致。

李金波[7](2008)在《HCV HVR1模拟肽诱导小鼠免疫应答及机制的初步研究》文中进行了进一步梳理丙型肝炎是由丙型肝炎病毒(HCV)引起的传染性疾病。据报道,全球HCV感染者近1.7亿,约75%的人在HCV急性感染后转为慢性,约10~20%的慢性丙型肝炎患者发展为肝硬化,1%~5%发展为肝癌。目前对于慢性HCV感染,使用长效干扰素(pegIFN-α)联合利巴韦林的抗病毒治疗有效率约50%,并且价格昂贵,副作用大。因此,HCV疫苗的研究成了目前的热点问题之一。我们课题组经过长期的研究,在比较了中国人群常见的HCV感染病毒株Ⅱ/1b、Ⅲ/2a包膜蛋白E2高变区1 (HVR1)序列变异特点的基础上,合成了含有7-28个氨基酸长度不等的多条肽链,发现其中一条含有7个氨基酸的肽(7肽),为线形结构,有较好的免疫生物学活性。经7肽刺激的HCV感染者外周血单个核细胞(PBMC)分泌的IFN-γ水平增加。本课题以BALB/c小鼠为研究对象,7肽经皮下给药3周诱导小鼠免疫应答,并对其诱导的免疫应答模式及其机制进行了初步研究。课题分为两部分。(一)模拟肽诱导小鼠免疫应答的研究应用MTS增殖实验、流式细胞技术、ELISPOT以及ELISA等方法检测了7肽免疫后诱导小鼠免疫应答模式的变化。7肽免疫小鼠后,采用MTS方法检测脾细胞增殖情况。结果表明,经7肽刺激的实验组吸光度值明显高于对照组,7肽对小鼠脾细胞的增殖有明显的刺激作用。小鼠脾细胞经FACS检测,CD8+ T细胞数和CD3+T细胞数相对增加,而CD4+T细胞数和CD19+B细胞数相对减少,并且CD4+/CD8+比值降低, CD3+/CD19+的比值升高。表明使用7肽免疫后小鼠出现以CD3+T细胞,尤其以CD8+T细胞升高为主的细胞免疫反应。ELISA检测小鼠血清中IFN-γ水平升高,TNF-α水平降低。ELISPOT检测到分泌IFN-γ,IL-2和IL-10的细胞数均明显增加。(二)模拟肽诱导免疫应答机制的初步研究应用基因组表达谱芯片、RT-PCR以及Western blot等方法检测了免疫后小鼠脾细胞mRNA的表达水平以及蛋白的表达情况。7肽免疫后小鼠脾细胞利用基因组表达谱芯片Affymetrix小鼠基因组430 2.0芯片分析基因的变化情况。该表达谱涵芯片盖了39,000个转录本,代表34,000个明晰的基于数据库GeneBank、dbEST、RefSeq、UniGene database小鼠基因,结果应用聚类分析的方法和生物信息学分析,筛选表达水平上调和下调的基因。将其中一些与免疫反应和炎症反应相关的基因,进行聚类分析和生物信息学处理,发现7肽免疫后实验组小鼠脾细胞与对照组比较表达量上调的基因有GP1BB,HP,F13A1,F2RL2,GP5,F10,VWF;与对照组比较表达量下调的基因TNFRSF13C,SYK,TCRB-V13,FGD4,IGH-6, PDE4B,SOCS3,JAK1,TNFSF13B,CD4等。VWF和SYK分别位于网络的中心位置,对网络总体和其它基因如CD4,TNFSF13B,TNFRSF13C,FGD4,F13A1,GP5,F2RL2等之间的关系影响最大。其中以SYK为中心的网络的基因有SYK,CD4,TNFRSF13C,HP,TNFSF13B,JAK1,IGH6,PDE4B等,而以VWF为中心的网络的基因有VWF,SOCS3,FGD4,GP5,F2RL2,F13A1,F10,GP1BB等。利用RT-PCR检测7肽免疫小鼠脾细胞中SYK,CD4,SOCS3,TNF-α等mRNA表达水平降低,IFN-γ水平升高。Western Blot检测小鼠脾细胞中CD4和SYK蛋白表达降低。7肽能诱导以CD8+ T细胞为主的细胞免疫,并且通过如CD4,SYK,TNF-α, SOCS3等基因和蛋白的调控作用在免疫应答的过程中抑制炎症反应的进行,维持免疫应答在一定程度的发生。

何玉龙[8](2007)在《猪O型口蹄疫病毒及猪传染性胸膜肺炎放线菌毒素抗原表位研究》文中研究表明口蹄疫(Foot-and-mouth disease,FMD)和传染性胸膜肺炎(porcine contagious pleuropneumonia,PCP)是严重危害养猪业的传染病。本研究对口蹄疫病毒和传染性胸膜肺炎抗原表位进行了进一步研究。1.口蹄疫结构蛋白和非结构蛋白3ABC抗原表位的研究联合运用4种参数、3种方法对O型口蹄疫病毒O/ES/2001株抗原表位进行了预测。预测结果显示,O型FMDV3种主要结构蛋白均存在较多潜在B细胞表位,虽然VP2、VP3、VP4三种结构蛋白潜在的表位不易暴露在FMDV粒子表面。以纯化的口蹄疫全病毒抗体、非结构蛋白3ABC抗体为靶分子,采用抗原竞争洗脱和同步液相反向吸附的方法,对噬菌体展示12肽库进行了4轮亲和筛选。结果,在用FMDV以P1蛋白竞争洗脱得到的13噬菌体克隆存在VXLPK核心基序;用VP1蛋白竞争洗脱得到的12个噬菌体克隆存在VFLPK和KPXEP两个基序;用3ABC洗脱得到的噬菌体克隆存在LSFPS基序,推断核心序列为相应蛋白质的模拟表位或构象表位。得到的结构蛋白VP1上的7个线性抗原表位序列,分别位于42-46、136-144、141-150、144-149、148-158、150-158、199-208位,其中的一些位点互相重叠,但具有不同的骨架氨基酸残基,为单独的抗原表位。核心序列KPXEP与VP1蛋白的43-47位具有较高的同源性,再次证实了该线性表位的存在,进一步明确了FMDVO/ES/2001株的该位点的抗原表位氨基酸残基为Lys-Pro-Glu,这一点与其它毒株有所不同。在本试验得到的7个展示序列中,除克隆VP1-5外,其它克隆展示肽段均含有与VP1蛋白氨基酸序列208位氨基酸残基相同的(Pro),因此认为,208位Pro可能在空间构象上参与上述各表位的构成。此外得到了VP2的8个线性抗原表位序列,位于其氨基酸序列的3-7、29-32、72-77、80-84、127-129、131-139、207-212、213-215位;VP3的3个线性抗原表位序列29-36、33-38、131-138位和VP4的1个线性抗原表序列6-8位,以及位于非结构蛋白3ABC上1-5、4-8、153-156、176-179、399-402、420-423位的6个线性抗原表序列。以上序列均在预测结果显示的较高抗原指数区域。根据筛选到的噬菌体阳性克隆,分9组免疫昆明小鼠,每组6只,以噬菌体原始肽库为阴性对照、口蹄疫病毒灭活苗为阳性对照。共免疫3次。第3次免疫后测定IgG1/IgG2a值,以确定免疫反应类型。结果在第2次免疫后,部分小鼠血清中产生一定滴度的抗体,9组阳性率分别为33.33%,33.33%,16.67%16.67%,20.00%,33.33%,50.00%,50.00%,0.00%(阴性对照组),3次免疫后,阳性率分别为83.33%,83.33%,66.67%,83.33%,100.00%,83.33%,83.33%,100.00%,0.00%(阴性对照组)。显示携带口蹄疫病毒结构蛋白抗原表位的噬菌体克隆具有一定的免疫原性。对诱导小鼠产生的IgG亚型进行鉴定,结果表明噬菌体抗原在小鼠体内以激活辅助性T细胞Th1为主,进而诱导B细胞产生高滴度的IgG2a,实现对机体的保护。用携带非结构蛋白3ABC抗原表位的噬菌体克隆对疑似感染野生型口蹄疫病毒的22分猪血清进行检测,与鉴别诊断试剂盒对比,符合率最高达86.36%。2.猪传染性胸膜肺炎放线菌3种主要外毒素抗原表位的研究猪传染性胸膜肺炎(porcine contagious pleuropneumonia,PCP)是由胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)引起的猪的一种高度接触传染性呼吸道疾病。运用生物信息学手段对APP4种主要外毒素(ApxⅠ、ApxⅡ、ApxⅢ和ApxⅣ)抗原表位进行预测,结果表明,4种毒素蛋白均存在较多的潜在的B细胞抗原表位,ApxⅠ、ApxⅡ、ApxⅢ蛋白B细胞表位主要在420位氨基酸残基之后的C端。ApxⅣ潜在B细胞表位均匀密集地分布在整个蛋白序列各区。以纯化猪APP3种外毒素(ApxⅠ、ApxⅡ与ApxⅢ)的IgG为固相靶分子对噬菌体展示12肽库进行筛选,经4轮筛选,选取5个有较强结合能力且无交叉反应的噬菌体克隆提取ssDNA测序,经多序列比对发现,用ApxⅠ洗脱得到的噬菌体克隆展示肽核心基序RVDV,用ApxⅢ洗脱得到的噬菌体克隆展示肽核心基序DMLXXXR、DML、SXXXRPXA。与相应蛋白质序列比对,综合预测结果,得到了ApxⅠ上可能存在表位分别位于ApxⅠ蛋白序列的196-199、129-132、694-696、475-478、687-692位,ApxⅡ上可能存在的表位分别位于938-943、541-544、819-821、316-319位,ApxⅢ的58-60、110-112、240-243、682-684、777-780、806-808、840-843、901-905、959-962段上可能存在的9个表位,这些位点均在预测结果范围内。分别用一种毒素筛选到的展示肽与另外两种毒素筛选到的展示肽序列比对,发现6个噬菌体克隆可能展示3种毒素两两交叉存在的B细胞表位,ApxⅠ和ApxⅡ的共同表位序列Thr-Trp-Thr-Val、Arg-Val-Asp和Leu-Thr-Phe,ApxⅠ与ApxⅢ的共同表位序列Leu-Thr-Glu-Arg和Pm-Ser-Thr/Ser,ApxⅡ与ApxⅢ的共同表位序列Ala-Leu-Ser。据此认为筛选到了携带ApxⅠ与ApxⅡ、ApxⅠ与ApxⅢ、ApxⅡ与ApxⅢ可能共有的抗原表位。用筛选到的噬菌体阳性克隆与亚单位苗分别免疫昆明小鼠发现,在加强免疫后,小鼠均可产生不同滴度的抗体。经对IgG进行亚类鉴定结果,血清中IgG1/IgG2a>4。

苏海滨[9](2007)在《HCV HVR1新型T细胞表位诱导免疫应答及其机制的初步研究》文中提出目前对于慢性HCV(丙型肝炎病毒)感染尚无切实有效的治疗和预防方法。以诱导机体产生细胞免疫为主HCV治疗性疫苗,可通过重建感染者针对HCV的免疫应答,调动机体自身的免疫机能来清除病毒,以减少病毒反跳,有可能成为今后治疗慢性HCV感染的重要治疗方法之一。本课题研究是建立在我室长期对于中国人群常见HCV感染病毒株(Ⅱ/1b、Ⅲ/2a)包膜蛋白E2高变区1(HVR1)序列变异规律的研究基础之上,根据保守位点合成了一系列长度不等的HCV HVR1模拟表位。本课题以小鼠为研究对象,初步研究了其中一个含有7个氨基酸的多肽(7P)诱导小鼠免疫应答的模式及其诱导免疫应答的分子机制。课题共分为三个部分。(一)合成肽诱导小鼠免疫应答的研究采用计算机同源模建、MTS增殖试验、流式细胞技术、ELISpot以及ELISA等方法检测了7P免疫后诱导小鼠免疫应答模式的变化。结果表明,7P结构以疏水因素为主,为一线性结构,免疫后小鼠脾细胞增殖能力提高,体外培养3天后,实验组OD值明显高于对照组(0.99±0.16 vs 0.53±0.07)。实验组CD45+CD3+、CD3+CD8+细胞比例也明显增高(36%vs 29.5%;34.1%vs 27.1%),且体外培养小鼠脾细胞,其IFN-γ、IL-2、IL-10分泌水平较对照组升高(164.3±111.7SFC/107 vs 27.9±17.1SFC/107;285.3±157.6SFC/107 vs 103±66SFC/107;271.7±173.7SFC/107 vs 70±30.4SFC/107),但未诱导小鼠产生针对7P的特异性抗体。提示7P为一T细胞表位,可能诱导小鼠产生了以分泌Th1类细胞因子为主的细胞免疫应答。(二)合成肽免疫小鼠的杀伤功能研究采用细胞分选技术,分离免疫后小鼠CD4+、CD8+细胞,ELISpot检测各亚群细胞因子的分泌情况。结果表明IFN-γ主要由CD8+细胞分泌,而IL-2、IL-10主要由CD4+细胞分泌;另外,以P815细胞为靶细胞,检测免疫后小鼠对靶细胞的杀伤作用。结果表明,免疫后小鼠产生了针对7P的特异性杀伤作用,在效靶比为100:1时,杀伤率达42%。而在加入效应细胞之间,分别给予小鼠MHCⅠ类和Ⅱ类单克隆抗体进行阻断,发现免疫后小鼠的杀伤效应可被MHCⅠ类抗体阻断。(三)合成肽诱导免疫应答机制的初步研究采用RT-PCR以及Western blot,检测了免疫后小鼠细胞因子mRNA的表达水平以及CD19+、CD19-细胞MAPK信号转导途径的激活状况。结果表明,IFN-γ、IL-2以及IL-10mRNA的表达水平在实验组中明显增高。CD19-细胞磷酸化MEK1/2、JNK以及C-Jun的水平较对照组明显增高,而CD19+细胞磷酸化水平未见增高。进一步提示7P为T细胞表位,诱导小鼠产生了细胞免疫应答,且激活了MAPK通路,提示MAPK信号转导途径是7P诱导免疫应答的重要途径之一。

高蓉,舒翠莉,李靖,迟淑萍,赵军,陈昊,李伯安,程云[10](2005)在《丙肝病毒高变区1相关基因免疫小鼠诱导细胞免疫反应的研究》文中认为目的:以真核质粒pcDN3.1(+)为载体携带丙肝病毒高变区1(HVR1)相关模拟表位DNA序列对小鼠进行基因免疫,观察其诱导细胞免疫反应的效果。方法:根据HCV HVR1模拟表位多肽序列,合成DNA序列,并将其连接到pcDN3.1(+)上,构建为pcDN3.1- SP。免疫中分别采用2种剂量pcDN3.1 SP(10μg和100μg),以及10μg质粒中混合了非甲基化CpG基序( CpG),以其作为佐剂增强免疫原性,并比较其与100μg剂量的免疫效果。杀鼠、收集血清、分离脾细胞;ELISA法检测小鼠体液中的抗体;脾细胞经混合肽刺激后,用流式细胞仪检测CD8+ IFN γ+细胞;用非放射性MTS法检测细胞增殖反应;以非放射性LDH法检测CTL反应。结果:混合肽体外刺激100μg和10μg -CpG基因免疫小鼠脾淋巴细胞后,T细胞增殖反应明显;脾淋巴细胞中CD8+ IFN γ+细胞增多;并能检测到明显的CTL反应,同时伴有较弱体液免疫反应。结论: 合成的模拟表位中可能含有T细胞和B细胞表位;非甲基化CpG基序增强了DNA免疫效果。

二、丙型肝炎高变区多肽的同源模建与抗原性研究(论文开题报告)

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

三、丙型肝炎高变区多肽的同源模建与抗原性研究(论文提纲范文)

(1)三个猪种SLA-DQA和DRA基因分子遗传特征及其与仔猪腹泻的关联研究(论文提纲范文)

中文摘要
Summary
前言
第一章 文献综述
    1 仔猪腹泻病
        1.1 仔猪腹泻病概述
        1.2 仔猪腹泻病的致病机理
        1.3 仔猪腹泻的流行病学
        1.4 与仔猪腹泻相关的基因
    2 猪主要组织相容性复合体(SLA)
        2.1 SLA的发现
        2.2 SLA的组成
        2.3 SLA抗原的功能和结构
        2.4 SLA基因的结构
        2.5 SLA的遗传特征
        2.6 SLA的生物学功能
        2.7 SLA的研究进展
    3 人和其他主要畜禽MHC抗病性研究进展
    4 本研究的目的意义
第二章 试验材料与研究方法
    1 试验材料
        1.1 组织样采集与腹泻评分测定
        1.2 主要仪器设备、试剂及溶液配制方法
    2 试验方法
        2.1 基因组DNA提取和检测
        2.2 引物设计和PCR扩增
        2.3 PCR扩增产物SSCP检测
        2.4 PCR产物的纯化回收和克隆测序
    3 数据统计分析
        3.1 基因序列分析
        3.2 基因多态性数据分析方法
        3.3 单倍型构建和连锁不平衡分析
        3.4 腹泻相关性分析
        3.5 生物信息学分析
第三章 结果与分析
    1 基因组DNA提取和PCR扩增结果
        1.1 基因组DNA提取结果
        1.2 DQA基因PCR扩增结果
        1.3 DRA基因PCR扩增结果
    2 SLA-DQA和DRA基因PCR-SSCP检测结果
        2.1 SLA-DQA基因PCR-SSCP检测结果
        2.2 SLA-DRA基因PCR-SSCP检测结果
    3 SLA-DQA和DRA基因测序结果与分析
        3.1 SLA-DQA基因序列对比分析
        3.2 SLA-DRA基因序列对比分析
        3.3 等位基因命名和序列提交
    4 SLA-DQA和DRA基因群体遗传特性分析
        4.1 SLA-DQA基因群体遗传特性分析
        4.2 SLA-DRA基因群体遗传特性分析
        4.3 SLA-DQA和DRA基因抗原结合区单倍型构建及其连锁不平衡分析
    5 SLA-DQA和DRA基因多态性与仔猪腹泻的关联分析
        5.1 SLA-DQA基因多态性与仔猪腹泻的关联分析
        5.2 SLA-DRA基因多态性与仔猪腹泻的关联分析
        5.3 SLA-DQA和DRA基因单倍型对仔猪腹泻的影响
    6 SLA-DQA和DRA基因CDS区生物信息学分析
        6.1 DQA基因CDS区生物信息学分析
        6.2 DRA基因CDS区生物信息学分析
第四章 讨论
    1 关于试验方法的选择
    2 SLA-DQA和DRA基因多态性和遗传特征
        2.1 SLA-DQA基因多态性
        2.2 SLA-DRA基因多态性
        2.3 SLA-DQA和DRA基因单倍型连锁
        2.4 SLA-DQA和DRA基因的群体遗传特征
    3 SLA-DQA和DRA基因与仔猪腹泻的相关性
    4 SLA-DQA和DRA基因的生物信息学特征
第五章 结论
创新点
参考文献
致谢
作者简介
导师简介

(2)丙型肝炎病毒高变区1模拟表位7肽细胞免疫应答作用的研究(论文提纲范文)

1 材料与方法
    1.1 动物及试剂
    1.2 7肽合成
    1.3 动物免疫
    1.4 免疫小鼠脾淋巴细胞的收集
    1.5 细胞增殖检测
    1.6 统计学处理
2 结果
    2.1 动物免疫前后一般情况
    2.2 光镜观察
    2.3 MTS法检测7肽对免疫小鼠脾淋巴细胞增殖的影响
3 讨论

(3)模拟HCV HVR1免疫7肽对免疫细胞分泌细胞因子的影响(论文提纲范文)

1 资料与方法
    1.1 研究对象
    1.2 方法
        1.2.1 PBMCs分离及分组
        1.2.2 细胞与7P的共培养
        1.2.3 细胞表型检测
        1.2.4 细胞内因子检测
    1.3 统计学处理
2 结 果
3 讨 论

(5)呼吸道合胞病毒表位重组蛋白的初步研究(论文提纲范文)

摘要
ABSTRACT
文献综述
    第一章 呼吸道合胞病毒的研究进展
        1.1 呼吸道合胞病毒的概述
        1.2 RSV 的分子生物学
        1.3 致病机制和临床特征
        1.4 呼吸道合胞病毒感染的免疫应答
        1.4.1 天然免疫
        1.4.2 特异性免疫
        1.5 G 蛋白的研究进展
        1.5.1 合成与结构特点
        1.5.2 免疫作用和致病途径
        1.5.3 G 蛋白的免疫进化与免疫逃避
        1.6 F 蛋白的研究进展
        1.6.1 F 蛋白的结构
        1.6.2 F 蛋白的加工
        1.6.3 表面抗原表位
        1.7 呼吸道合胞病毒动物模型
        1.8 RSV 疫苗的研究进展
        1.9 亚单位疫苗
        1.9.1 PFP 亚单位疫苗
        1.9.2 BBG2Na 疫苗
试验研究
    第二章 抗原表位的预测
        2.1 材料与方法
        2.1.1 F 蛋白抗原表位的预测
        2.1.2 G 蛋白抗原表位的预测
        2.2 结果与讨论
        2.2.1 F 蛋白抗原表位
        2.2.2 G 蛋白抗原表位
    第三章 表位融合蛋白表达载体PET-F-M 与PET-G-M 的构建
        3.1 材料
        3.1.1 菌株与质粒
        3.1.2 主要试剂
        3.1.3 配制的试剂
        3.2 方法
        3.2.1 目的基因的合成
        3.2.2 Balb/c 小鼠血清白蛋白结构域Ⅰ(命名为M)的提取
        3.2.3 目的基因与M 基因重叠PCR
        3.2.4 连接表达载体
        3.3 结果
        3.3.1 血清白蛋白结构域Ⅰ(M 基因)的提取及鉴定
        3.3.2 重组质粒pMD18-T/M 的测序及双酶切鉴定结果
        3.3.3 重叠PCR 电泳
        3.4 讨论
    第四章 重组蛋白F-M 和G-M 的表达、纯化及功能检测
        4.1 材料
        4.1.1 病毒、菌种和蛋白
        4.1.2 实验条件及实验动物
        4.1.3 主要试剂
        4.1.4 配制的主要试剂
        4.2 方法
        4.2.1 重组蛋白的诱导表达
        4.2.2 重组蛋白的纯化
        4.2.3 Western blot 鉴定目的蛋白
        4.2.4 细胞和病毒的培养
        4.2.5 免疫动物以及抗血清的制备
        4.2.6 ELISA 法检测免疫血清抗体效价
        4.2.7 攻毒实验
        4.3 结果
        4.3.1 表达条件的摸索
        4.3.2 蛋白纯化及Western blot 检测
        4.3.3 ELISA 检测抗体滴度
        4.3.4 细胞培养及病毒引起的病变
        4.3.5 中和实验检测
        4.4 讨论
结论
参考文献
致谢
个人简介

(6)模拟HCV HVR1免疫7肽对人不同免疫细胞分泌细胞因子影响的初步研究(论文提纲范文)

中文摘要
英文摘要
前言
第一部分 7P对正常人免疫细胞分泌细胞因子的影响
    材料和方法
    结果
    讨论
    参考文献
第二部分 7P刺激免疫细胞分泌细胞因子改变的初步研究
    材料和方法
    结果
    讨论
    参考文献
第三部分 7P对HCV感染患者免疫细胞分泌细胞因子影响的初步研究
    材料和方法
    结果
    讨论
    参考文献
文献综述
    参考文献
攻读学位期间发表论文情况
致谢

(7)HCV HVR1模拟肽诱导小鼠免疫应答及机制的初步研究(论文提纲范文)

英文缩略语词表
中文摘要
英文摘要
前言
第一部分 HCV HVR1 模拟肽诱导小鼠免疫应答的初步研究
    引言
    材料与方法
    结果
    讨论
    结论
第二部分 HCV HVR1 模拟肽诱导小鼠免疫应答机制的初步研究
    引言
    材料与方法
    结果
    讨论
    结论
参考文献
综述
致谢

(8)猪O型口蹄疫病毒及猪传染性胸膜肺炎放线菌毒素抗原表位研究(论文提纲范文)

中文摘要
ABSTRACT
缩略词表
第1章 文献综述
    1 口蹄疫病毒抗原结构研究进展
        1.1 口蹄疫病毒的形态及构成
        1.2 FMDV抗原位点(ANTIGENIC SITES)
        1.3 FMDV抗原变异性
    2 猪胸膜肺炎放线杆菌APX毒素的研究进展
        2.1 APXⅠ毒素
        2.2 APXⅡ毒素
        2.3 APXⅢ毒素
        2.4 APXⅣ毒素
        2.5 APX在预防猪传染性胸膜肺炎中的应用前景
    3 蛋白质B细胞抗原表位研究方法进展
        3.1 B细胞抗原表位预测法
        3.2 B细胞表位的实验测定法
    4 噬菌体随机肽库技术及其在筛选抗原表位中的应用
        4.1 应用噬菌体随机肽库研究抗原表位的优势
        4.2 噬菌体随机肽库筛选抗原表位的应用研究进展
        4.3 噬菌体展示技术的局限性
第2章 口蹄疫病毒抗原表位研究
    1.目的意义
    2.材料
        2.1 试验动物
        2.2 噬菌体随机肽库
        2.3 抗血清及抗原
        2.4 主要试剂和试剂盒
        2.5 培养基配制
    3.方法
        3.1 FMDV结构蛋白和非结构蛋白3ABC抗原表位预测
        3.2 FMDV-P1、VP1、NSP3ABC抗原表(拟)位的筛选
        3.3 噬菌体展示3ABC表位识别特异性抗体能力试验
        3.4 FMDV-PI、FMDV-VP1表位噬菌体克隆免疫原性试验
    4 试验结果
        4.1 蛋白质B细胞抗原表位预测结果
        4.2 FMVV-P1、VP1及NSP3ABC抗原表(拟)位的筛选
        4.4 FMDV主要抗原表位噬菌体克隆免疫原性试验
    5 讨论
        5.1 关于抗原表位预测
        5.2 关于噬菌体表位筛选
        5.3 关于噬菌体展示3ABC表(拟)位识别特异性抗体能力试验
        5.4 关于P1、VP1抗原表位噬菌体展示克隆的免疫原性
    6 小结
第3章 猪传染性胸膜肺炎放线杆菌毒素抗原表位研究
    1 目的意义
    2 材料
        2.1 试验动物
        2.2 抗原和血清
        2.3 主要试剂和试剂盒
    3 方法
        3.1 猪传染性胸膜肺炎放线杆菌APX抗原表位预测
        3.2 APP-APXⅠ、APXⅡ、APXⅢ抗原表位的筛选
        3.3 噬菌体抗原表(拟)位的免疫原性试验
    4 结果与分析
        4.1 APXⅠ、APXⅡ和APXⅢ蛋白质抗原表位预测
        4.2 APXⅠ、APXⅡ、APXⅢ抗原表位的筛选与鉴定
    5 讨论
        5.1 关于APP毒素蛋白的抗原表位的预测
        5.2 关于APP3种毒素蛋白抗原表(拟)位的筛选
        5.3 噬菌体抗原模拟表位的免疫原性
    6 小结
主要参考文献
致谢
读博期间发表的学术论文

(9)HCV HVR1新型T细胞表位诱导免疫应答及其机制的初步研究(论文提纲范文)

中文摘要
英文摘要
前言
第一部分 合成肽诱导小鼠免疫应答的研究
    材料和方法
    结果
    讨论
    结论
    参考文献
第二部分 合成肽免疫小鼠的杀伤功能研究
    材料和方法
    结果
    讨论
    结论
    参考文献
第三部分 合成肽诱导免疫应答机制的初步研究
    材料和方法
    结果
    讨论
    结论
    参考文献
文献综述
    参考文献
英文缩略词表
攻读学位期间发表论文情况
致谢

(10)丙肝病毒高变区1相关基因免疫小鼠诱导细胞免疫反应的研究(论文提纲范文)

1 材料和方法
    1.1 动物、细胞系和质粒
    1.2 DNA和多肽合成
    1.3 真核重组质粒的构建
    1.4 动物免疫
    1.5 流式细胞仪检测
    1.6 细胞毒实验
        1.6.1 效应细胞制备
        1.6.2 细胞毒活性检测
    1.7 细胞增殖检测
    1.8 ELISA检测
    1.9 统计学处理
2 结 果
    2.1 真核重组质粒的构建
    2.2 小鼠T细胞增殖反应的检测
    2.3 流式细胞仪检测
    2.4 小鼠CTL反应的检测
    2.5 小鼠体液抗体的检测
3 讨 论

四、丙型肝炎高变区多肽的同源模建与抗原性研究(论文参考文献)

  • [1]三个猪种SLA-DQA和DRA基因分子遗传特征及其与仔猪腹泻的关联研究[D]. 刘丽霞. 甘肃农业大学, 2015(04)
  • [2]丙型肝炎病毒高变区1模拟表位7肽细胞免疫应答作用的研究[J]. 迟淑萍,白冰珂,陈红鸽,刘军,谢进,孙杰,由莉越,程云. 解放军药学学报, 2012(04)
  • [3]模拟HCV HVR1免疫7肽对免疫细胞分泌细胞因子的影响[J]. 宋春辉,杨斌,程云,陈黎明. 解放军医学杂志, 2009(11)
  • [4]模拟HCVHVR1免疫7肽对树突状细胞作用的初步研究[J]. 宋春辉,杨斌,陈黎明,程云. 胃肠病学和肝病学杂志, 2009(10)
  • [5]呼吸道合胞病毒表位重组蛋白的初步研究[D]. 余兵兵. 西北农林科技大学, 2009(S2)
  • [6]模拟HCV HVR1免疫7肽对人不同免疫细胞分泌细胞因子影响的初步研究[D]. 宋春辉. 中国人民解放军军医进修学院, 2008(08)
  • [7]HCV HVR1模拟肽诱导小鼠免疫应答及机制的初步研究[D]. 李金波. 中国人民解放军军事医学科学院, 2008(11)
  • [8]猪O型口蹄疫病毒及猪传染性胸膜肺炎放线菌毒素抗原表位研究[D]. 何玉龙. 华中农业大学, 2007(02)
  • [9]HCV HVR1新型T细胞表位诱导免疫应答及其机制的初步研究[D]. 苏海滨. 中国人民解放军军医进修学院, 2007(02)
  • [10]丙肝病毒高变区1相关基因免疫小鼠诱导细胞免疫反应的研究[J]. 高蓉,舒翠莉,李靖,迟淑萍,赵军,陈昊,李伯安,程云. 第二军医大学学报, 2005(04)

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丙型肝炎高变区多肽的同源性建模及抗原性研究
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