一、一起水源型甲型肝炎暴发流行调查（论文文献综述）
王炫普[1]（2020）在《戊型肝炎病毒在河北省饲养动物中流行情况的调查研究》文中研究指明[目的]戊型肝炎病毒（HEV）是戊型肝炎的病原体,已有研究表明HEV的一些基因型在动物中流行并且能够跨物种传播给人类。调查河北省饲养动物中HEV的流行情况、分析动物HEV的基因型分布,为戊型肝炎预防控制措施的制定提供依据。[方法]2017年10月-2019年5月从河北省不同地区的养殖场采集猪、家兔、牛、羊等动物粪便样本,从猪和家兔屠宰场采集血液样本,并从屠宰场及市场采集猪肉、猪内脏等样本。样本处理后,分别利用酶联免疫吸附实验（ELISA）和反转录巢式PCR（RT-Nested PCR）进行HEV抗原（HEV-Ag）和HEV核酸（HEV RNA）检测,利用ELISA对血液样本进行血清HEV总抗体（HEV-Ab）检测。应用SPSS 22.0软件,分别计算不同动物不同种类样品各个检测指标的阳性率,应用χ2检验进行率的比较。HEV RNA阳性样本的PCR产物进行基因序列测定,应用MEGA7.0进行HEV基因序列比对及基因进化分析。[结果]（1）从河北省不同地区的6个猪场采集猪粪便样本共136份,其中4个养猪场有HEV-Ag和HEV-Ag阳性样本检出,136份猪粪便样本HEV-Ag和HEV RNA的平均阳性率为分别为6.62%和4.41%;屠宰场采集的猪血液、肝脏和肾脏样本的HEV RNA阳性率分别为0.87%（1/115）、6.33%（5/79）和2.22%（2/90）;市售猪肝、猪肾及猪血制品中均检测到了HEV-RNA,阳性率分别为6.14%（7/114）、3.10%（4/129）、1.18%（2/170）;但屠宰场及市售猪瘦肉样本均没有检出HEV-RNA。（2）从6家养兔场采集家兔粪便共256份,其中5家检测到HEV-Ag和HEV-RNA阳性粪便,256份粪便样本HEV-Ag和HEV-RNA平均阳性率分别为14.06%和11.33%;屠宰场采集211份肉兔和248份獭兔血液样本,肉兔和獭兔血清抗体阳性率分别为2.84%和15.49%;肉兔HEV-Ag和HEV-RNA的阳性率分别为1.9%和0.95%;獭兔HEV-Ag和HEV-RNA的阳性率分别为2.82%和2.42%。（3）在不同地区养殖场采集的182份牛和97份羊的粪便样本中,分别有1份样本为HEV-Ag阳性,但没有检测到HEV RNA;其它动物粪便样本,马47份、狐狸47份、貂60份,均未检测到HEV-Ag和HEV RNA。（4）经过基因序列分析显示所有来源于猪的HEV均属于基因4型、来源于兔群的HEV均属于基因3型兔HEV。[结论]本研究表明河北省猪群中HEV流行普遍,少数待出栏的猪仍处于病毒血症期,屠宰场和市场销售的猪内脏中有少部分含有基因4型HEV,可以推测消费者购买的猪肝、猪肾等内脏可能含有HEV,如果烹饪加热不彻底,食用后有被感染的风险。研究表明河北省各地家兔中HEV流行比较普遍,屠宰时家兔有一部分为基因3型兔HEV阳性,提示兔肉及兔肉制品有传播HEV的风险。猪和家兔HEV的普遍流行,还提示饲养员和屠宰场工人等与猪和家兔密切接触感染的风险。牛、羊中出现HEV-Ag抗原阳性样本,但未检测到HEV RNA,尚不能确定是否感染HEV,应进一步进行调查研究。没有发现其它动物有HEV感染。
刘永华[2]（2020）在《辽东湾近海双壳贝类主要生物和重金属污染现状调查及生态风险评价》文中进行了进一步梳理辽东湾是渤海三个海湾之一,位于渤海东北部,此海湾盛产扇贝、鲍鱼、对虾、牡蛎等,是辽宁近海重要的海产捕捞区和人工养殖区。辽东湾有多条河流携带大量陆源污染物汇入其中,导致环境污染问题日益突出。同时,特殊的地理地貌导致辽东湾对污染物的自净能力较差,变相加剧了此地的污染。环境污染的加剧导致重要渔业资源种群衰退,对当地生物群落和生态环境造成严重破坏。辽东湾的环境污染物主要是生物（细菌、病毒、寄生虫）、重金属和有机污染物。生物污染可引起人的食物中毒、感染患病及海洋生物患病甚至死亡。重金属和有机污染物均是具有潜在风险的环境污染物,其毒性效应对人类具有严重的健康风险。双壳贝类生活在泥沙滩涂中（如四角蛤蜊、菲律宾蛤仔和毛蚶）,或固着在礁石上（太平洋牡蛎和紫贻贝）,或生活在坚硬海底（虾夷扇贝）,通过沉积取食或过滤取食从沉积物或海水中获取浮游生物与海藻营生,这种取食方式极易富集重金属和微生物。因此,开展辽东湾双壳贝类生物污染和主要重金属污染水平调查及生态风险评价,对辽东湾生态环境及生物多样性保护以及水产品安全标准修订等具有重要的理论和现实意义。从2013-2017年,选择辽东湾近海沿岸的普湾（S1）、鲅鱼圈（S2）、二界沟（S3）、凌河口（S4）、老河口（S5）、葫芦岛（S6）和沙后所（S7）7地作为采样点,每年7-8月,采集双壳贝类（四角蛤蜊、菲律宾蛤仔、毛蚶、太平洋牡蛎、紫贻贝和虾夷扇贝）和表层沉积物,对双壳贝类生物污染和重金属污染现状进行调查并做生态风险评价,主要研究内容如下:1、双壳贝类生物污染调查:在7个采样点采集太平洋牡蛎、虾夷扇贝和紫贻贝,通过PCR检测和生化鉴定的方法检测样品中的细菌、病毒和寄生虫,并进行污染状况分析。2、双壳贝类重金属污染及风险评估:用石墨炉原子吸收分光光度法检测四角蛤蜊、菲律宾蛤仔和毛蚶中的Cd、Cr和Pb含量,用原子荧光分光光度法检测As和Hg含量,并分析双壳贝类重金属污染程度、分布特征及组织积累情况;利用重金属含量计算目标危害系数（THQs）和最大日消费量（CRmax）,评价贝类中重金属对人类造成的潜在健康风险。3、表层沉积物中重金属污染调查及生态风险分析:检测表层沉积物中重金属含量,通过对表层沉积物中地累积指数(Igeo)、污染指数（Cfi）、污染程度指数（mCd）和污染负荷指数（PLI）的计算,分析该地区重金属的污染程度;通过潜在生态风险指数（Eri）、综合潜在生态风险指数（RI）和沉积物质量标准（SQGs）分析,评估重金属污染的潜在生态风险。主要研究结果如下:1、辽东湾双壳贝类主要生物污染情况7个采样点的太平洋牡蛎、虾夷扇贝和紫贻贝中均检出副溶血性弧菌,感染率分别为10.29%、7.49%和9.74%,被检贝类中副溶血性弧菌的平均感染率为9.28%。7个采样点的太平洋牡蛎、虾夷扇贝和紫贻贝中均有病毒存在,其中甲型肝炎病毒的感染率为8.19%,诺如病毒的感染率为3.62%,A群轮状病毒的感染率为8.81%。在普湾和沙后所的太平洋牡蛎中检出尼氏单孢子虫,感染率为2.10%;在普湾的太平洋牡蛎中检出沿岸单孢子虫,感染率为1.26%。在普湾的太平洋牡蛎和虾夷扇贝中检出微细胞虫,感染率为1.01%。在普湾、凌河口、老河口和葫芦岛的紫贻贝中检出条纹槌虫,感染率为1.57%。2、辽东湾双壳贝类中重金属污染情况2013-2017年,辽东湾近海四角蛤蜊、菲律宾蛤仔和毛蚶中5种金属的变化趋势基本一致,As含量缓慢降低,Cd和Cr含量下降明显,Hg和Pb的含量有波动。在沙后所As的含量远超过海洋生物质量I类标准。三种贝类中Cd污染严重,葫芦岛、沙后所菲律宾蛤仔中Cd含量接近海洋生物质量III类标准,其他采样点Cd含量均超过海洋生物质量I类标准;普湾贝类中Cr的含量、凌河口贝类中Hg的含量均超过海洋生物质量I类标准,显着高于其他采样点;各采样点Pb的含量均超过海洋生物质量I类标准,老河口贝类中Pb的含量高于其他点,但低于海洋生物质量II类标准。整个辽东湾贝类中As、Cr和Hg的含量较低,低于或接近各金属的海洋生物质量I类标准;Cd和Pb的含量在各个金属海洋生物质量I类和II类标准之间。3、辽东湾东西两岸双壳贝类中重金属的分布特点辽东湾西岸四角蛤蜊中As、Cd和Cr的含量,菲律宾蛤仔中As、Cd、Cr、Hg和Pb的含量,毛蚶中As、Cd和Pb的含量均显着高于东岸（p<0.05）,其他重金属东西岸差异不显着（p>0.05）。四角蛤蜊的金属污染指数（MPI）按S5>S6>S4>S7>S3>S1>S2的顺序降低,菲律宾蛤仔的MPI按S6>S4=S7>S5>S3>S1>S2的顺序降低,毛蚶的MPI按S5>S6>S7>S4>S1>S3>S2的顺序降低。西岸（S4-S7）的MPI都高于东岸（S1-S3）,这些结果表明,辽东湾西岸的重金属污染比东岸严重。4、辽东湾双壳贝类中重金属的组织特异性及对人体的健康风险双壳贝类内脏中的As、Cr和Hg含量显着高于肌肉组织（p<0.05）;而肌肉组织中Cd含量显着高于内脏（p<0.05）,Pb在两种组织中差异不显着（p>0.05）。四角蛤蜊、菲律宾蛤仔和毛蚶中Cd的THQs均高于其他重金属且大于1,其他重金属的THQs<1,说明辽东湾近海四角蛤蜊、菲律宾蛤仔和毛蚶中Cd的污染最重,对人体存在健康风险,而其他金属对人类没有显着风险。三种贝类中Pb的CRmax相对较高,Cd的CRmaxs最低,显着低于其他重金属的CRmaxs,表明食用这三种贝类,由Cd带来的健康风险概率高于其他重金属。5、辽东湾近海表层沉积物中重金属检测结果及生态风险分析与其他采样点相比,沙后所表层沉积物中As和Cd的含量略高,但差异不显着,凌河口的Hg、普湾、鲅鱼圈、二界沟和沙后所的Pb含量较高,但都低于海洋沉淀物质量I级标准。辽东湾近海表层沉积物中Igeo和Cfi显示,重金属的污染程度是Cd>Pb>As>Hg>Cr。Cd为轻度污染,其他重金属为清洁级,表明Cd是该地区的主要污染物。m Cd和PLI分析都表明该地区无污染或污染程度很低。2013-2017年,辽东湾近海表层沉积物中Cd和Hg的Eri值逐年缓慢下降,其他3种重金属无明显变化,结果表明辽东湾重金属的生态风险顺序为:Cd>Hg>As>Pb>Cr,Cd存在一定生态风险。RI分析表明,各种重金属的生态风险逐年降低,2013-2014年的凌河口、2013-2016年的沙后所RI值在130-260之间,为中等污染,其他各点为低污染。辽东湾近海表层沉积物中重金属的平均RI值小于130,为低污染水平。通过负面生物学效应和沉积物毒性的计算分析,表明As、Cd、Cr、Hg和Pb这5种重金属的组合对环境造成毒性风险的几率为21%,毒性风险不大。以上结果表明,双壳贝类体内和表层沉积物中重金属造成的健康风险不重,但是这些污染物在海洋生态系统中的潜在影响不容忽视,需要进行连续监测。
李慧莹[3]（2019）在《不同样本中诺如病毒核酸检测方法的研究》文中研究说明诺如病毒（Norovirus,NoV）是引起全球急性胃肠炎的主要致病原,全年均可感染,主要感染儿童、老人和免疫力低下人群。诺如病毒可以食物和水源为载体导致人类患病,又被称作食源性病毒（Foodborne Virus）和水源性病毒（Waterborne Virus）。食源性病毒和水源性病毒主要通过粪-口途径传播,因其传染性强和传播速度快等特征,成为严重威胁人民群众的健康和生命安全,甚至影响社会稳定的重大因素。在食源性病毒和水源性病毒引起的食品安全事故或突发公共卫生事件中,诺如病毒占据了重要地位。由于食品种和水源的种类繁多,成分复杂,污染的病毒含量低,病毒分布不均一,且含有各种抑制病毒检测的因子等因素,使得食源性病毒和水源性病毒检测成为全球公共卫生面临的重点和难点。我国已建立了全国病毒性腹泻监测网络,具备了完整的引起腹泻病毒病相关病毒的检测技术体系。但我国建立食源性病毒和水源性病毒检测体系起步晚,体系还不完善。目前我国仅发布了食品（硬质表面食品、软质水果、生食蔬菜和贝类消化腺）中诺如病毒检测的食品安全国家标准（GB 4789.42-2016）,该标准是在欧盟的ISO/TS 15216-2的基础上建立,并没有进行检测方法优化。并且该国标也不包括脂肪、蛋白类即时食品中和水中诺如病毒检测方法。而在欧盟的ISO/TS 15216-2中也是仅有瓶装水中诺如病毒的检测,缺少大量水中诺如病毒的检测方法。但是目前大部分水源性病毒的暴发均与现场水源（地表水、地下水和自来水）有关,而为了能检测到现场水源中低浓度和分布不均的病毒粒子,需要建立适宜的方法来开展现场采样和提高病毒检测的灵敏度。本研究旨在对已有的临床样本中诺如病毒核酸检测方法进行实验室评价和应用;通过建立水和食品中诺如病毒检测方法与形成水和食品中病毒检测方法的操作规范,为我国水源性和食源性病毒病的检测、监测和应对提供了可借鉴的标准化实验室检测技术。一、临床样本中诺如病毒检测方法的实验室评价和应用实验室评价已发表的诺如病毒GI、GII基因型多重荧光定量反转录聚合酶链反应（Realtime RT-PCR）检测方法,应用该方法对内蒙古呼和浩特市2012年-2017年1863份住院儿童急性胃肠炎粪便样本进行诺如病毒检测。结果显示在1863份住院儿童粪便样本中,诺如病毒阳性率24.25%（12.78-32.92%）,诺如病毒全年感染,冬季为感染高峰期。获得306条诺如病毒VP1区基因序列,包括6个基因型:GII.3（71.24%）,GII.4（23.53%）,GII.2,GII.5,GII.6,和GII.13。诺如病毒聚合酶区序列分析显示GII.P12/GII.3、GII.Pe/GII.4和GII.P4/GII.4是主要流行基因型。二、水中诺如病毒检测方法的建立与应用以鼠诺如病毒（Murine Norovirus-1,MNV-1）作为模式病毒和过程对照病毒,结合膜吸附洗脱富集技术（viral adsoption-elution,VIRADEL）和 Realtime RT-PCR,按照采集水的体积及采样方式的不同建立和评估了两种不同的水源性诺如病毒富集方法。结果显示（1）瓶装、桶装水采用阴或阳离子膜吸附法进行病毒初次浓缩,病毒滞留率分别可以达到99.92%和98.23%;无论是阴离子膜还是阳离子膜,1%Tralk洗液洗脱效果最佳;超滤法对洗脱液进行二次浓缩,最终将待检水样浓缩至200μL;该检测体系能在10个小时内较好地完成0.1mL-5L水中诺如病毒和甲肝病毒的浓缩和检测,并且诺如病毒和甲肝病毒的回收率分别为15.25%和6.76%。最后该方法通过了三家实验室的验证。（2）自主研发了一种适合野外现场采样的病毒采集系统（Biotroy半自动微生物采集系统）。该系统能在野外现场无外电源的条件下2个小时内完成1000L环境水的采集（水流速10L/min）;仅需将过滤完水样的Nanoceram膜装置低温带回实验室,用Tralk洗液洗脱病毒,再通过PEG-6000沉淀和超滤二次浓缩最终获得了 1mL浓缩水样,并且Tralk洗液对Nanoceram膜的MNV-1洗脱率达到70.45%。（3）对北京市昌平区京密水渠饮用水进行了病毒富集,通过高通量测序和病毒宏基因组分析了该饮用水的病毒谱,发现了 5个病毒科的哺乳动物病毒谱,其中一些与人类疾病相关,包括通过粪口途径传播的主要常见病毒如诺如病毒（NoV GII.17）、肠道病毒（Enterovirus 71,EV 71）、甲肝病毒（HAV）和爱知病毒（Aichivirus,Aichi1）。本研究建立了适合实验室的瓶装、桶装水中诺如病毒富集检测方法和适合野外现场的大量水中诺如病毒的富集和检测方法,并应用自主研发的Biotroy半自动微生物采集系统对我国北京市昌平区京密水渠开展了饮用水中病毒的富集和检测。三、食品中诺如病毒检测方法的优化与评估以MNV-1为模式病毒和过程对照病毒,结合Realtime RT-PCR检测方法,优化和评估了软浆果、碳水化合物类食品及蛋白质、脂肪类即食食品中诺如病毒的检测方法。（1）考察Tralk洗液、TGBE洗液、TPB洗液和NaPP洗液对软浆果（草莓和葡萄）和碳水化合物类食品（生菜和洋葱）中MNV-1的洗脱效果,比较洗脱液的二次浓缩方法PEG6000沉淀和超滤对MNV-1的浓缩效果。评估优化后方法对不同食品中诺如病毒的富集效果。结果表明软浆果草莓中TGBE洗液-PEG6000沉淀组合方法的MNV-1回收效果优于其他组合,诺如病毒检测限为103基因拷贝/10g;葡萄中TGBE洗液-超滤的MNV-1回收效果优于其他组合,诺如病毒检测限为104基因拷贝/10g;生菜中Tralk洗液-PEG沉淀的MNV-1回收效果优于其他组合,诺如病毒检测限为103基因拷贝/10g;洋葱中Tralk洗液-超滤的MNV-1回收效果优于其他组合,诺如病毒检测限为104基因拷贝/10g。（2）比较了洗脱-浓缩方法和直接RNA提取法回收蛋糕和午餐肉中MNV-1的回收效果,结果显示前者没有检测到蛋糕和午餐肉的MNV-1,后者成功回收到了 MNV-1,但是诺如病毒的检测限高于其他种类食品,分别为106基因拷贝/10g和104基因拷贝/10g。本研究建立了软浆果、碳水化合物类食品和脂肪蛋白类即食食品中诺如病毒的检测方法。优化和完善了我国食品中诺如病毒检测体系。四、贝类中病毒的检测以MNV-1为模式病毒和过程对照病毒,结合Realtime RT-PCR检测方法,初步探讨了贝类中诺如病毒两种不同检测方法的检测效果。（1）比较蛋白酶K结合PEG沉淀和蛋白酶K结合直接RNA提取两种贝类中诺如病毒检测效果。用蛋白酶K结合PEG沉淀得到的MNV-1回收效果优于蛋白酶K结合直接RNA提取方法获得的MNV-1回收效果。（2）收集我国北京市330份贝类样本,蛋白酶K结合PEG沉淀处理贝类消化腺和肠道后,利用高通量测序和病毒宏基因组分析获得贝类中的病毒谱。本研究通过高通量测序后共获得了 4594270条被注释病毒的基因序列,其中以动物为宿主的病毒序列占21%（965185/4594270）。而在以动物为宿主的病毒序列中,被注释到哺乳动物为宿主的病毒序列占1.26%（12205/965185）,包括20个病毒科,其中就有小RNA病毒科（Picornaviridae）的12个病毒属和杯状病毒（Caliciviridae）的诺如病毒属（Norovirus）和札如病毒属（Sapovirus）,包括常见的人疾病暴发相关的EV、HAV 和 NoV,其中 NoV 的基因型包括 GII.1、GII.2、GII.13、GII.14 和GII.17。NoV GII.2基因序列与目前我国NoV主要流行株的氨基酸同源性达到100%,而GII.17与流行株的氨基酸同源性为98%。总之,实验室评价了已发表诺如病毒Realtime RT-PCR检测方法,通过该方法获得了 2012年-2017年内蒙古呼和浩特市5岁以下住院儿童诺如病毒的分子流行特征。本研究自主研发了一套适合现场水样采集的Biotroy半自动微生物采集系统,建立了水和食品中诺如病毒的回收检测方法,形成了水和食品中诺如病毒检测方法操作规范,并结合病毒宏基因组学方法初步探讨了饮用水源和贝类中的病毒谱。
黄腾达[4]（2018）在《基于二代测序和全基因组序列分析我国甲肝病毒流行株基因特征》文中认为甲型肝炎是由甲型肝炎病毒（HepatitisAVirus,HAV）引起的以肝脏炎症病变为主要表现的急性传染病,主要经由粪口途径传播,甲肝的暴发流行是全球主要的公共卫生问题之一。目前甲肝病毒只有一种血清型和六种基因型。通过对散发或暴发病例中的HAV流行株进行序列测定和分析,结合现场流行病学调查,可为甲肝的溯源研究提供有效的理论和技术支持。本研究分为两部分内容:第一部分:二代测序和全基因组序列分析甲肝病毒流行株基因特征目前VP1-2A连接区是HAV分子流行病学研究中最常使用的基因分型片段,但不同地区不同时间流行的HAV流行株在此片段可能存在完全一致的序列。本研究收集来源于我国四个不同地区的12份HAV血清标本,分为4个组（Gl、G2、G3、G4）,每组VP1-2A连接区分型完全一致。尝试用二代测序的方法,对VP1-2A连接区序列进行测定,获得流行株的准种序列。12份血清标本分别获得21262-27285条（平均24352条）有效HAV序列,分别代表477-576条（平均507条）独特准种序列。各标本中频数最高的优势准种序列占其所有准种序列的41.26%-49.74%,其余的准种序列占比大多不超过1%。因G2组和G3组中均有不同时间地点采集的HAV血清标本作为对照,经比较每组中标本HAV准种序列间平均遗传距离的差异无统计学意义（P>0.05）;同时选取标本中前20位、前100位以及全部准种构建系统进化树,结果表明尽管有对照存在,未能明确发现遗传距离与标本来源之间的关联,流行株之间的亲缘关系均非常接近。对G4组三株HAV流行株（KH6、KH7、KH8）进行全基因组扩增及序列测定,然后进行基因分型、同源性比较、系统进化分析和重组分析等。结果显示三株流行株均属于IA亚型,在全基因组区核苷酸差异率最高仅为0.1%。有文献报道,来自同一起暴发的流行株序列其全基因组核苷酸差异率可达到0.31%,据此推测三株流行株可能来源于同一起暴发事件。基于全基因组和分片段系统进化分析显示三株流行株均属于IA亚型,不同片段的分型位置有所不同,未发现重组事件。随着HAV全基因组序列数据库的不断完善,可为病毒重组现象的研究提供更多数据。对三株流行株的全长VP1-2A区进行克隆测序,各获得26条有效克隆序列。三株流行株标本内和标本间平均遗传距离分别为0.34%和0.35%,差异无统计学意义（P>0.05）,表明流行株间亲缘关系比较近。流行株在VP1-2A连接区的核苷酸和氨基酸变异频率均高于部分VP1区。以上研究结果表明,获得HAV全基因组序列,可全面反映HAV流行株序列特征信息;结合现场流行病学调查工作及实验室检测分析,可进行详细的甲肝溯源研究。第二部分:和田地区甲肝病毒流行株基因特征分析甲肝病毒的抗原结构较稳定,仅有一个血清型,其抗原中和位点主要位于结构蛋白VP3和VP1区。新疆和田地区位于我国西部,其甲肝年发病率一直处于全国较高水平。因此了解HAV流行株结构蛋白区基因特征,尤其是监测抗原中和位点变异情况,对于甲肝流行的防控及甲肝疫苗的广泛使用具有一定的指导意义。本研究收集2016-2017年间和田地区散发或暴发的43份甲肝急性期病人血清标本,以及两份市售甲肝减毒活疫苗标本,经核酸提取、逆转录、巢式PCR扩增等步骤,获得结构蛋白VP3-VP1-2A区核苷酸序列,并进行亲缘关系、核苷酸和氨基酸序列同源性、抗原中和位点及选择压力分析。研究结果表明,43株流行株均为IA亚型,其结构蛋白VP3-VP1-2A区的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.8%-100%和99.3%-100%,2株疫苗株为IB亚型;43株流行株与两株疫苗株之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为89.3%-90.2%和99.1%-99.7%。所有流行株和疫苗株序列在已发表的抗原中和位点处均未发生氨基酸替代,其中一株在VP3区第72位发生缬氨酸（Val）被异亮氨酸（Ile）替代,靠近抗原中和位点VP3-71位,值得进一步研究。所有流行株在结构蛋白VP3-VP1编码区均处于明显负向选择。通过对和田地区HAV流行株结构蛋白VP3-VP1-2A区基因特征进行分析,表明均为IA亚型,核苷酸序列存在一定差异,有多株流行株存在,但氨基酸序列较为保守,在已发表的抗原中和位点处没有变化。综上所述,HAV基因组的VP1-2A连接区片段仍是用于流行株分型和亲缘关系分析的常用手段;VP1-2A连接区分型完全一致的流行株,标本间准种序列平均遗传距离的差异无统计学意义,流行株之间的亲缘关系均非常接近;获得HAV全基因组序列,结合现场流行病学调查工作是能够进行更精确的溯源。本研究中新疆和田地区流行株均为IA亚型,有多株流行株存在,抗原中和位点未发生氨基酸替代,为进一步研究该地区HAV分子流行病学特征及甲肝防控奠定了基础。
唐悃,方虹英,许伦红[5]（2018）在《祁阳县某中学甲型肝炎暴发疫情调查分析》文中研究表明目的分析一起学校甲型肝炎暴发疫情的特点和流行原因,为控制疫情提供依据。方法采用现场流行病学调查方法,结合临床表现及实验室检测结果确定疫情性质,对学校生活饮用水卫生状况进行分析,探讨暴发疫情的原因。结果某中学共发生甲型肝炎病例49例,罹患率1.12%,均为高三学生;寄宿生46例,通读生3例。发病高峰期为2月1719日,占发病总数的32.65%;患者主要临床表现以发热、纳差、巩膜（皮肤）黄染、尿黄、恶心呕吐为主,无重症和死亡病例;在寝室内、教室寝室外饮用直饮水是甲型肝炎患病的危险因素。采集4 494份血样标本检测,49份甲肝IgM阳性,124份标本肝功能异常,32份水样标本检测结果,办公楼一楼管道末梢水、学生宿舍旁地下总污水口污水甲肝病毒核酸阳性,学校自备水井水菌落总数、总大肠菌群、耐热大肠菌群均超标。结论该事件为一起甲型肝炎暴发疫情,事件发生主要原因可能是学校饮用水被病原体污染所致。
班海群,段弘扬,白雪涛[6]（2017）在《饮用水病毒污染及评价指标研究进展》文中研究指明各种水源病毒污染不仅普遍存在,而且因病毒在水中可存活较长时间,对水体环境及饮用水消毒剂比肠道细菌有更强的抗力,感染剂量低,饮用水病毒污染导致介水传播疾病的风险不容忽视,对饮用水供水安全提出了更高的要求。世界卫生组织（world health organization,WHO）、欧美等发达国家已逐渐将病毒指标纳入饮用水相关标准指南。本文对饮用水肠道病毒污染现状及病毒指示物和相关标准要求研究进展进行综述。
袁平戈[7]（2016）在《小心潜伏在身边的戊型肝炎》文中研究表明1955年12月,印度新德里一个小城镇发生大暴雨,大雨使大量粪便溢出,污染了自来水公司水源,广大群众摄入了被污染了的水,引起了戊型病毒性肝炎（简称戊肝）大流行。1955年12月至1956年1月发病人数97000人,这是世界上第一次报道的戊肝大暴发流行。1986年9月至1988年4月,中国新疆南部暴发流行,共发病119280起,死亡707人,是迄
邱建华[8]（2014）在《甲型肝炎传播方式的临床探讨》文中指出目的探讨临床中甲型肝炎传播的主要方式。方法结合目前报道的文献,对临床中甲型肝炎的主要传播方式进行总结及相关调查。结果临床中甲型肝炎的传播方式主要有3个方面即经水传播,经食物传播和接触传播。结论现在已知临床中甲型肝炎的主要传播方式有3种,近年来也有报道其可以通过血液和母婴传播。
宋昌宇,张胜文,张勇,任永宏,陈春祥[9]（2013）在《阿弓镇以麦村小学甲型肝炎疫情流行病学分析》文中认为目的通过现场流行病学调查,查明可能的危险因素,为更好控制疫情提供参考依据。方法采用统一的调查表对病例进行核实调查,运用成组病例对照的方法探讨本次暴发的危险因素。结果病例对照结果显示,饮用该村毛坡组1号水生水是本次暴发的危险因素（χ2=7.98,P﹤0.01,OR=6）;本起疫情,显性感染率为10.59%,隐性感染率12.29%,开展丙种球蛋白应急接种率为98.35%。结论水源污染可能是本次甲型肝炎暴发的危险因素,开展丙种球蛋白应急接种,有效控制甲型肝炎暴发疫情,效果显着。
蒋维佳,庄丽,李世军,周敬祝,唐光鹏,王定明[10]（2013）在《贵州省2008～2009年4起甲肝暴发疫情中甲型肝炎病毒基因型别分析》文中提出目的了解20082009年贵州省4起甲肝暴发疫情的病原及其基因型别,建立省内甲肝病毒流行株基因型基础资料。方法采用酶联免疫吸附法（ELISA）检测血清中甲肝病毒IgM抗体（HAV-IgM）和戊肝病毒IgM抗体（HEV-IgM）,利用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）检测甲肝病毒IgM抗体阳性血清中的病毒核酸并进行序列测定。结果 60份血清标本HEV-IgM均阴性,HAV-IgM阳性标本54份。HAV-IgM阳性血清标本中28份HAV RNA阳性,其中15份标本进行基因测序均为ⅠA亚型。结论贵州省20082009年4起甲肝暴发疫情中的15株甲肝病毒均属同一基因型,且相互间亲缘关系较近。同一时期不同县（市）存在不同流行株,同一县（市）不同时期存在不同流行株。
二、一起水源型甲型肝炎暴发流行调查（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、一起水源型甲型肝炎暴发流行调查（论文提纲范文）
（1）戊型肝炎病毒在河北省饲养动物中流行情况的调查研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 戊型肝炎病毒的生物学特征 |
| 1.1.2 戊型肝炎的临床特征 |
| 1.1.3 戊型肝炎的流行情况 |
| 1.1.4 戊型肝炎病毒在动物中的流行情况 |
| 1.2 戊型肝炎流行及戊型肝炎的研究进展 |
| 1.2.1 发达国家戊型肝炎的流行及研究现状 |
| 1.2.2 发展中国家戊型肝炎的流行及研究现状 |
| 1.2.3 我国戊型肝炎的流行及研究现状 |
| 1.3 研究的目的及意义 |
| 第二章 研究方法 |
| 2.1 实验仪器 |
| 2.2 样本的采集及处理 |
| 2.2.1 样本的采集 |
| 2.2.2 样本的处理 |
| 2.3 样本的检测 |
| 2.3.1 HEV总抗体的检测 |
| 2.3.2 HEV抗原的检测 |
| 2.3.3 HEV RNA的检测 |
| 2.4 HEV RNA基因序列的测定及分析 |
| 2.4.1 基因序列测定 |
| 2.4.2 基因序列分析 |
| 2.5 统计分析 |
| 第三章 研究结果 |
| 3.1 养殖场中动物HEV的流行情况 |
| 3.1.1 养殖场猪粪便样本HEV检测结果 |
| 3.1.2 养殖场家兔粪便样本HEV检测结果 |
| 3.1.3 牛、羊等其它动物HEV检测结果 |
| 3.2 屠宰场中动物HEV的流行情况 |
| 3.2.1 屠宰猪的血清阳性率 |
| 3.2.2 生猪肉、猪肝、猪肾、猪血制品HEV RNA存在情况 |
| 3.2.3 屠宰兔子的血清阳性率 |
| 3.3 市售猪肉、猪内脏及肉制品HEV的污染情况 |
| 3.4 HEV分离株基因序列的的比对及分型结果 |
| 3.4.1 猪HEV分离株ORF2 区域PCR扩增片段基因序列的分析 |
| 3.4.2 家兔HEV分离株ORF2 区域PCR扩增片段基因序列的分析 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 小结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间取得的科研成果 |
（2）辽东湾近海双壳贝类主要生物和重金属污染现状调查及生态风险评价（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 英文摘要 |
| 1 前言 |
| 1.1 辽东湾近海双壳贝类污染调查的背景及意义 |
| 1.2 辽东湾近海双壳贝类污染特征 |
| 1.2.1 辽东湾近海双壳贝类生物性污染现状 |
| 1.2.2 辽东湾近海双壳贝类重金属污染现状 |
| 1.3 双壳贝类生态风险评价方法 |
| 1.3.1 双壳贝类生物污染的风险评价 |
| 1.3.2 双壳贝类重金属污染的风险评价 |
| 1.3.3 基于辽东湾近海沉积物重金属总量的生态风险评价 |
| 1.4 辽东湾近海贝类污染研究现状与存在的问题 |
| 1.4.1 辽东湾近海双壳贝类生物污染研究现状与存在问题 |
| 1.4.2 辽东湾近海贝类重金属污染研究现状与存在问题 |
| 1.4.3 辽东湾近海表层沉积物中重金属污染现状与存在问题 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 主要仪器和设备 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 常见溶液配制 |
| 2.1.4 引物序列 |
| 2.2 试验总体设计 |
| 2.2.1 技术路线 |
| 2.2.2 样品采集 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 双壳贝类中常见生物污染的检测 |
| 2.3.2 双壳贝类中重金属的检测 |
| 2.3.3 辽东湾近海沉积物中重金属的检测 |
| 2.3.4 数据统计分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 双壳贝类中细菌检测结果 |
| 3.1.1 贝类中细菌PCR产物电泳结果 |
| 3.1.2 细菌培养结果 |
| 3.1.3 细菌感染情况分析 |
| 3.2 双壳贝类中病毒检测结果 |
| 3.2.1 贝类中病毒PCR产物电泳和测序结果 |
| 3.2.2 辽东湾双壳贝类病毒感染情况分析 |
| 3.3 双壳贝类中寄生虫检测结果 |
| 3.3.1 贝类中主要寄生虫PCR产物结果 |
| 3.3.2 双壳贝类中寄生虫感染情况分析 |
| 3.4 辽东湾近海双壳贝类中重金属检测结果 |
| 3.4.1 2013-2017年辽东湾近海不同采样点三种贝类中重金属含量分析 |
| 3.4.2 四角蛤蜊、菲律宾蛤仔、毛蚶中五种重金属的年际变化情况分析 |
| 3.4.3 辽东湾东岸和西岸近海三种贝类中重金属的地理分布特点 |
| 3.4.4 菲律宾蛤仔肌肉和内脏中重金属的累积分析 |
| 3.4.5 贝类中重金属对人体的健康风险评价 |
| 3.5 辽东湾近海表层沉积物中重金属分析 |
| 3.5.1 沉积物中重金属污染情况 |
| 3.5.2 2013-2017年辽东湾表层沉积物中重金属的I_(geo) |
| 3.5.3 2013-2017年辽东湾表层沉积物中重金属的C_f~i |
| 3.5.4 2013-2017年辽东湾表层沉积物中重金属的mCd |
| 3.5.5 2013-2017年辽东湾表层沉积物中重金属PLI的空间分布 |
| 3.5.6 2013-2017年辽东湾表层沉积物中重金属E_r~i的时空分布 |
| 3.5.7 辽东湾表层沉积物中重金属的负面生物学效应和沉积物毒性 |
| 4 讨论 |
| 4.1 辽东湾双壳贝类生物污染和重金属污染检测点、检测对象的确定 |
| 4.2 辽东湾双壳贝类中生物污染分析 |
| 4.2.1 辽东湾近海双壳贝类中的细菌和病毒污染分析 |
| 4.2.2 辽东湾双壳贝类中寄生虫的感染分析 |
| 4.3 辽东湾近海重金属的来源 |
| 4.4 辽东湾近海双壳贝类中重金属污染分析 |
| 4.5 辽东湾近海双壳贝类中重金属的潜在健康风险评价 |
| 4.6 辽东湾近海表层沉积物中重金属污染评价 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录 A 论文中英文缩写对应中文名称 |
| 附录 B 论文参考相应标准 |
| 附录 C 双壳贝类图片 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 |
（3）不同样本中诺如病毒核酸检测方法的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1. 诺如病毒 |
| 1.1.介绍 |
| 1.2. 基因和病毒结构 |
| 1.3. GII4基因型诺如病毒 |
| 2. 食源性病毒和水源性病毒 |
| 2.1. 介绍 |
| 2.2. 根据临床特点分类 |
| 2.3. 食源性和水源性诺如病毒 |
| 2.4. 诺如病毒的传播途径 |
| 3. 不同样本中诺如病毒检测 |
| 3.1. 临床样本、食品样本和水样本 |
| 3.2. 诺如病毒检测策略 |
| 3.3. 病毒分离 |
| 3. 本文关注的科学问题 |
| 第一部分 腹泻样本中诺如病毒检测方法实验室评价与应用 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1. 实验仪器 |
| 1.2. 常用试剂 |
| 1.3. 常用耗材 |
| 1.4. 实验病毒株 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1. 核酸提取 |
| 2.2. 病毒检测方法实验室评价 |
| 2.3. 诺如病毒检测方法在临床样本中的应用 |
| 3. 实验结果 |
| 3.1. 病毒Realtime RT-PCR检测方法评估 |
| 3.2. 呼和浩特市诺如病毒分子流行情况 |
| 4. 讨论 |
| 第二部分 水中诺如病毒检测方法建立与应用 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1. 实验仪器 |
| 1.2. 常用试剂 |
| 1.3. 常用耗材 |
| 1.4. 实验病毒株 |
| 1.5. 常用溶剂的配置方法 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1. 细胞复苏、传代培养和冻存 |
| 2.2. MNV-1病毒培养和病毒滴定测定 |
| 2.3. 核酸提取 |
| 2.4. 病毒检测方法研究 |
| 2.5. 瓶装或桶装水中病毒浓缩 |
| 2.6. 大量水中病毒浓缩 |
| 2.7. 高通量测序 |
| 3. 结果 |
| 3.1. MNV-1 Realtime RT-PCR标准曲线建立 |
| 3.2. 瓶装和桶装水中病毒回收效果 |
| 3.3. Biotroy半自动微生物采集系统回收MNV-1效果评价 |
| 3.4. 饮用水中病毒回收 |
| 4. 讨论 |
| 第三部分 食品中诺如病毒检测方法优化与评估 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1. 实验仪器 |
| 1.2. 常用试剂 |
| 1.3. 常用耗材 |
| 1.4. 病毒毒株 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1. 模拟样本制备 |
| 2.2. 病毒洗脱 |
| 2.3. 二次浓缩 |
| 2.4. 直接RNA提取 |
| 2.5. 病毒检测 |
| 2.6. ISC-RT-qPCR检测NoVs |
| 3. 实验结果 |
| 3.1. 碳水化合物类食品中MNV-1回收效果 |
| 3.2. 脂肪、蛋白类食品中MNV-1回收效果 |
| 3.3. 食品中诺如病毒的回收效果 |
| 3.4. 基于受体捕获诺如病毒检测草莓中诺如病毒 |
| 4. 实验讨论 |
| 第四部分 贝类中病毒检测 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1. 实验仪器 |
| 1.2. 常用试剂 |
| 1.3. 常用耗材 |
| 1.4. 过程对照病毒MNV-1毒株制备 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1. 贝类样本收集 |
| 2.2. 贝类样本处理 |
| 2.3. 贝类病毒的分离 |
| 2.4. 高通量测序 |
| 3. 实验结果 |
| 3.1. 比较不同贝类中诺如病毒检测方法 |
| 3.2. 贝类中病毒宏基因组分析结果 |
| 3.3. 贝类中动物病毒基因组的分析结果 |
| 3.4. 贝类中胃肠炎疾病相关的病毒基因组分析 |
| 4. 讨论 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
（4）基于二代测序和全基因组序列分析我国甲肝病毒流行株基因特征（论文提纲范文）
| 英文缩略词表 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 二代测序和全基因组序列分析甲肝病毒流行株基因特征 |
| 第一章 二代测序分析HAV流行株基因特征 |
| 前言 |
| 实验材料 |
| 实验方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 第二章 G4组三株HAV流行株全基因组及克隆序列分析 |
| 前言 |
| 实验材料 |
| 实验方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第二部分 和田地区甲肝病毒流行株基因特征分析 |
| 前言 |
| 实验材料 |
| 实验方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 综述:新一代测序技术的发展与特点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（5）祁阳县某中学甲型肝炎暴发疫情调查分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 病例定义 |
| 1.1.1 确诊病例 |
| 1.1.2 隐性感染者 |
| 1.2 内容和方法 |
| 1.3 标本采集和检测方法 |
| 1.4 数据分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 一般情况 |
| 2.2 疫情的发现 |
| 2.3 患者临床特点 |
| 2.4 疫情持续时间 |
| 2.5 现场流行病学调查 |
| 2.5.1 学校环境卫生 |
| 2.5.2 食堂基本情况 |
| 2.5.3 学校商店 |
| 2.5.4 生活饮用水 |
| 2.5.5 学校周围发热病例搜索 |
| 2.5.6 发病学生的调查 |
| 2.5.7 部分未发病的高三寄宿学生的调查 |
| 2.5.8 实验室检测 |
| 2.6 处理措施 |
| 2.6.1 隔离治疗病人 |
| 2.6.2 水源控制 |
| 2.6.3 开展病例搜索 |
| 2.6.4 环境消毒 |
| 2.6.5 落实晨午检措施。 |
| 2.6.6 开展宣传教育。 |
| 2.6.7 开展应急接种。 |
| 3 讨论 |
（6）饮用水病毒污染及评价指标研究进展（论文提纲范文）
| 1 饮用水病毒污染及危害 |
| 1.1 各种水体病毒污染状况 |
| 1.2 生活饮用水肠道病毒污染状况 |
| 1.3 生活饮用水肠道病毒污染的危害 |
| 2 饮用水病毒学评价指标和标准要求 |
| 2.1 饮用水细菌学评价指标现状和缺陷 |
| 2.2 饮用水病毒学评价指标 |
| 2.3 国际上对病毒评价指标的要求 |
| 3 总结与展望 |
（7）小心潜伏在身边的戊型肝炎（论文提纲范文）
| 1.戊型肝炎的传播途径——祸起饮食: |
| 2.戊型肝炎的流行情况 |
| 3.戊型肝炎病人的表现 |
| 4.得了戊型肝炎该怎么办 |
| 5.戊型肝炎患者预后如何 |
| 6.戊型肝炎的预防 |
（8）甲型肝炎传播方式的临床探讨（论文提纲范文）
| 1 经接触传播 |
| 2 经食物传播 |
| 3 经水传播 |
| 4 其他传播途径 |
| 4.1 经血传播 |
| 4.2 垂直传播 |
| 5 总结 |
（9）阿弓镇以麦村小学甲型肝炎疫情流行病学分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 资料来源 |
| 1.2 方法 |
| 1.3 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 基本情况 |
| 2.2 流行特征 |
| 2.3 学校病例感染谱调查及开展丙种球蛋白应急接种情况 |
| 2.4 可疑因素调查 |
| 2.5 病例对照调查 |
| 3 讨论 |
（10）贵州省2008～2009年4起甲肝暴发疫情中甲型肝炎病毒基因型别分析（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 标本的收集 |
| 1.2 甲肝和戊肝Ig M抗体检测 |
| 1.3 甲肝病毒核酸提取及RT-PCR检测 |
| 1.4 序列测定 |
| 1.5 序列分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 RT-PCR检测结果 |
| 2.2 基因型的确定 |
| 2.3 系统进化分析 |
| 2.4 甲肝病毒在病例血清中的持续时间 |
| 3 讨论 |
四、一起水源型甲型肝炎暴发流行调查（论文参考文献）
- [1]戊型肝炎病毒在河北省饲养动物中流行情况的调查研究[D]. 王炫普. 河北大学, 2020(08)
- [2]辽东湾近海双壳贝类主要生物和重金属污染现状调查及生态风险评价[D]. 刘永华. 东北农业大学, 2020(07)
- [3]不同样本中诺如病毒核酸检测方法的研究[D]. 李慧莹. 中国疾病预防控制中心, 2019(02)
- [4]基于二代测序和全基因组序列分析我国甲肝病毒流行株基因特征[D]. 黄腾达. 中国疾病预防控制中心, 2018(05)
- [5]祁阳县某中学甲型肝炎暴发疫情调查分析[J]. 唐悃,方虹英,许伦红. 安徽预防医学杂志, 2018(02)
- [6]饮用水病毒污染及评价指标研究进展[J]. 班海群,段弘扬,白雪涛. 环境卫生学杂志, 2017(04)
- [7]小心潜伏在身边的戊型肝炎[J]. 袁平戈. 肝博士, 2016(02)
- [8]甲型肝炎传播方式的临床探讨[J]. 邱建华. 中国医药指南, 2014(13)
- [9]阿弓镇以麦村小学甲型肝炎疫情流行病学分析[J]. 宋昌宇,张胜文,张勇,任永宏,陈春祥. 现代预防医学, 2013(23)
- [10]贵州省2008～2009年4起甲肝暴发疫情中甲型肝炎病毒基因型别分析[J]. 蒋维佳,庄丽,李世军,周敬祝,唐光鹏,王定明. 现代预防医学, 2013(22)