一、基因芯片技术在血液系统疾病研究中的应用（论文文献综述）
陈雯嫣[1]（2021）在《295例儿童难治性肺炎的临床特征分析》文中研究说明背景:难治性肺炎是目前儿科临床工作中面临的较为棘手的问题,对于病情危重、病情迁延不愈或疗效不佳的肺炎,了解其的临床特征、确定病原体、针对性诊疗是临床上治疗成功的关键,我国尚缺乏对难治性肺炎临床特征的研究报道。目的:通过对295例难治性肺炎患儿临床资料的回顾性分析,了解难治性肺炎的临床特征,为临床中难治性肺炎患儿的诊治提供参考。方法:采用回顾性研究方法,选择2019年9月1日至2020年12月31日期间,年龄介于28天-14岁,因呼吸道感染在昆明市儿童医院住院,诊断为难治性肺炎的患儿作为研究对象。采集研究对象的病史、临床症状、体征及各种化验、检查结果等资料,应用SPSS22.0统计学软件进行分析,对难治性肺炎患儿的临床特征进行总结。结果:1.本研究中符合纳入标准的病例295例,其中男性患儿176例（59.7%）女性患儿119例（40.3%）,男女之比为1.48:1。研究对象中最小年龄为29天,最大年龄为13岁,28天-1岁139例（47.1%）,1-3岁74例（25.1%）,3-7岁53例（18.0%）,>7岁29例（9.8%）。86例（29.2%）患儿有基础疾病,其中以心血管系统疾病最为多见（45/295,15.3%）,其次为呼吸系统疾病（24/295,8.1%）,少数病例存在多种基础疾病。2.本研究中详细记录体温变化的病例共239例,其中有197例（82.4%）病程中有发热,热峰42.0℃,最低37.6℃,平均热峰为（39.46±0.78℃）。其中热峰39.1℃-40℃有113例（57.4%）。热程最短1天,最长40.5天,平均热程（7.56±5.98）天。3.283例患儿行支气管镜检查,其中支气管肺泡灌洗液（BALF）基因芯片法病原体检测阳性率为85.9%（243/283）,共检出518例次病原体;居前三位的病原体分别为肺炎支原体（MP,20.3%）,合胞病毒（RSV,12.4%）,副流感病毒（PFLU,12.2%）。婴儿期常见的病原体为MP（20.2%）,幼儿期常见的病原体为RSV（14.7%）,学龄前期、学龄期常见的病原体为MP（23.7%,34.0%）。检出单一病原体者77例（31.7%）,检出2种病原体者56例（23.0%）,检出3种及以上病原体者110例（45.3%）。单一病原体、两种病原体在幼儿期检出概率相近,三种以上病原体感染以婴儿期多见。4.本研究中多数出现CRP（158/295,53.6%）、铁蛋白（136/258,52.7%）、IL-6（164/237,69.2%）升高,部分白细胞（113/295,38.3%）、PCT（30/123,24.4%）升高。绝大部分有肺部影像学检查提示炎性改变,其中以肺实变、不张较为多见（118/279,42.3%）,其次为胸膜增厚（79/279,28.3%）,部分难治性肺炎患儿出现并发症（130/295,44.1%）,以胸腔积液最常见（47/295,15.9%）。结论:1.儿童难治性肺炎患病率随年龄增加而下降,最常见的是婴儿时期,大多数出现发热,热峰半数在39.1℃-40℃之间,热程多在7天以内,且有大部分难治性肺炎患儿存在炎症指标升高。2.儿童难治性肺炎居前三位的常见病原体分别为MP、RSV、PFLU,幼儿期常见的病原体为RSV,婴儿期、学龄前期、学龄期常见的病原体为MP,且大多数为混合感染。3.难治性肺炎患儿常伴有肺部影像学改变,以肺实变、不张多见,部分患儿出现肺内外并发症,以胸腔积液最常见。
张玲玲[2]（2021）在《新型便携式生物芯片技术的研究及其在疾病早期诊断中的应用》文中认为随着国家的日益富强与人们生活质量的逐渐提高,健康已成为所有人都非常关心的话题。但是在偏远地区,医疗基础设施保障相对薄弱,患者在就医时的长途跋涉和检测结果的漫长等待过程中,往往延误了疾病的最佳诊断和治疗时间。为解决医疗过程中这一空间性和时间性的限制难题,一场关于新一代分析和诊断设备的科技革命应运而生,这些新研发的设备具有体积小,操作简易,分析全面且迅速,综合成本低等优势。即时检测（point-of-care testing,POCT）技术的快速发展正是这一科技革命的体现。POCT是一类极具潜力的检测技术,它快速简便,效率高,成本低,有检验周期短、标本用量少等优点。与此同时,在过去20年中,许多科学家和工程师致力于利用移动端消费类电子产品（如扫描仪,光盘播放器和智能手机等）固有成本效益及用户友好特性的POCT分析仪的研究。本论文首先开展了利用蓝光光盘膜的生物芯片实现免刻蚀法表面活化和通道制备的探索性研究;在前期的光驱生物分子检测平台的基础上实现基于mini DVD的数字化技术的新生儿感染性疾病敏感指标联合快速检测;最后实现基于基因芯片的埃博拉病毒诊断。具体内容如下:1.新型生物芯片基底—蓝光光盘膜的研究及其生物阵列的制备。蓝光光盘（Blu-ray Discs,BDs）与CD（Compact Disc）和DVD（Digital Video Disc）相比,具有更大的存储容量和更高要求的制作光盘介质。最新研究发现,蓝光光盘的“Hard CoatTM”薄膜实际上是一种独特的聚合物,可以通过水解的方法活化产生官能团,且对BD表面形貌没有任何物理损坏。值得一提的是,BD膜具有很好的光透明性和无荧光背景的特性,可用于多种生物芯片的制备。BD膜可通过使用无需刻蚀技术的滤纸通道或聚二甲基硅氧烷（Polydimethysiloxane,PDMS）微流控通道制备生物阵列,使用经典的生物素-链霉亲和素结合方式或原理和DNA杂交反应体系,验证了BD膜作为一种新型生物芯片基质在各种检测中的应用潜力。2.基于标准光盘/光驱数字化检测技术的新生儿感染性疾病敏感指标联合快速检测。新生儿感染是指新生儿在出生后的前四周的感染。据估计,每年有多达60万新生儿死于严重的感染,其中90%以上的死亡发生在贫困的地区。到目前为止,还没有理想的诊断方法,生物标志物对新生儿感染的诊断和合理治疗具有重要的指导意义,其中灵敏度高,并对早期诊断具有指导作用的生物标志物主要包括C反应蛋白（CRP）,血清淀粉样蛋白（SAA）和血清降钙素原（PCT）。在这项研究中,我们利用成本低,便携式的基于mini DVD的检测平台,实现了新生儿感染性疾病敏感指标联合快速检测。3.DNA微阵列芯片在埃博拉病毒诊断中的应用。埃博拉病毒（EVD）是由一种丝状单链RNA病毒引起的一种高致命性传染病。2014-2016年西非EVD疫情已造成11325人（39.5%）死亡,是EVD史上规模最大的一次爆发。因此发展一种可用于现场的快速病毒检测方法具有很大的意义,此方法不仅仅用于埃博拉病毒的检测,更对于将来可能发生的其他疾病的检测起到预防蔓延的作用。在本研究中,利用聚碳酸酯（Polycarbonate,PC）基质表面的DNA杂交反应,通过手持式扫描仪实现对埃博拉病毒的快速、简便、低成本检测。
付大鹏[3]（2020）在《新型载药纳米体系的构建及其促进血栓溶解作用的研究》文中研究表明目的:血栓是临床上最常见的一类心脑血管疾病,之前的研究表明含铁纳米粒子具有很好的磁热效应,可用于深部血栓热疗。因此,在本项研究中,通过化学方法合成了Fe3S4纳米颗粒,对其特性进行了鉴定,并通过对氧化损伤下血管内皮细胞的保护作用,并结合目前科学研究领域较为先进的二代测序技术对其潜在机理进行了初步的探讨,探索建立负载尿激酶型纤溶酶原激活剂的纳米载药体系,探讨及其在体内外药物释放情况及体内外对血栓作用效果。方法:1)Fe3S4纳米颗粒的合成采用化学方法,Fe3S4纳米颗粒的形态和大小通过透射电镜（TEM）进行鉴定;Fe3S4纳米颗粒的晶相通过X射线衍射（XRD）进行测;Fe3S4纳米颗粒的氧化状态分析采用X射线光电子能谱技术进行分析;Fe3S4纳米颗粒中释放的铁离子浓度采用电感耦合等离子体原子发射光谱法（ICP-AES）进行测定。Fe3S4纳米粒子的磁热转换性能采用外交变磁场（AMF）处理进行评价。Fe3S4纳米颗粒的光热性能,采用808nm激光处理进行评价。收集模型小鼠的各种内脏组织,制成石蜡切片后用进行HE染色,用显微镜观察组织特征。此外,还同时收集了对照组及Fe3S4处理组实验动物的外周血并检测了其丙氨酸转氨酶及天冬氨酸转氨酶活性;2)用过氧化氢处理人脐静脉内皮细胞（HUVEC）及肺血管内皮细胞（PVECs）,并用808nm（0.33Wcm-2）激光和AMF（4.2×109amm-1s-1）对细胞进行处理,通过MTT,流式细胞术,ELISA及蛋白免疫法等探究Fe3S4纳米颗粒在NIR和AMF刺激下对HUVEC及PVECs细胞增殖、凋亡以及氧化损伤的影响;3)取对数生长期的HUVEC,采用过氧化氢处理,并用808nm（0.33Wcm-2）激光和AMF（4.2×109amm-1s-1）对细胞进行处理,收集过氧化氢处理组及Fe3S4+NIR+AMF处理组细胞,通过二代测序的方法比较Fe3S4纳米颗粒处理及未处理的血管内皮细胞基因表达差异。根据测序结果,筛选HSP70为目标基因。体外培养HUVEC,并将细胞随机分成空白对照培养组,H2O2处理组,H2O2处理组+Fe3S4纳米颗处理组（H2O2+NIR+AMF）,并通过荧光定量PCR实验及WB实验,比较了各处理组中HUVEC细胞内,热休克蛋白70在m RNA以及蛋白层面的表达水平;随后,在HUVEC中转染HSP70的sh RNA,并分为以下几组:control,sh RNA NC组及sh RNA组,并通过MTT,流式细胞术,ELISA及蛋白免疫法等探究Fe3S4纳米颗粒在NIR和AMF刺激下,经过不同方式的处理,不同组别中HUVEC的活力、凋亡率以及细胞各种氧化应激指标的变化情况;4)采用化学方法合成尿激酶型纤溶酶原激活剂（u PA）-Fe3S4纳米颗粒复合物（u PA-Fe3S4）,u PA-Fe3S4纳米颗粒的直径大小的测量以及其形态特点的鉴定,采用通过透射电子显微镜（TEM）,u PA-Fe3S4纳米颗粒的光热性能,采用808nm激光处理进行评价。用紫外-可见-近红外分光光度计在体外检测u PA的释放量,建立动物血栓模型,收集血栓块,用808nm激光处理,进行体外血栓热疗实验;在静脉注射u PA-Fe3S4纳米颗粒（100μL,12mg/kg）并进行了AMF刺激后,使用同磁共振扫描仪扫描血栓模型小鼠以明确u PA-Fe3S4纳米颗粒分散体在动物体内的溶栓作用。收集动物组织,通过HE染色验证u PA-Fe3S4纳米颗粒在NIR刺激下的溶栓效果。结果:1)Fe3S4纳米颗粒其大小约为17.7nm,晶面间距为0.298nm,符合Fe3S4的参数。X射线衍射图谱及X射线光电子能谱、分析结果显示该样品为Fe3S4。Fe价态分析结果显示,Fe3S4纳米粒子中存在Fe2+和Fe3+的混合氧化态,表明Fe3S4纳米颗粒中存在缺陷。Fe3S4纳米颗粒具有良好的磁热转换性能及光热转化性能。Fe3S4纳米颗粒具有良好的组织相容性,对组织产生的毒副作用小,其在体内主要于肝脏和脾脏降解;2)Fe3S4纳米颗粒在NIR和AMF作用下,可显着提升氧化氢处理后HUVEC及PVECs细胞活力并抑制细胞的凋亡。Fe3S4纳米颗粒在NIR和AMF作用下,可显着增加氧化氢处理后HUVEC及PVECs细胞中NO,SOD含量的并减少LDH,MDA含量。与单一NIR或AMF处理组相比,NIR和AMF联合作用于细胞后,其氧化损伤的减少程度更高。Fe3S4纳米颗粒在NIR和AMF作用下对两种内皮细胞的保护作用,可能经由影响Bcl-2,Caspase-3、Bax等凋亡相关因子,及氧化应激相关因子,例如SOD、e NOS等在蛋白水平的表达;3)测序结果显示过氧化氢组与处理组相比,表达量显着上调的基因有28个,而表达量显着下调的基因有47个。在28个显着上调的基因中,热休克蛋白70（HSP70）的表达量为最显着上调的基因之一。过氧化氢处理会导致HUVEC细胞中HSP70表达水平下降,而加入Fe3S4纳米颗粒并进行NIR和AMF处理后,细胞中HSP70表达水平显着上升。HSP70 sh RNA可逆转Fe3S4纳米颗粒在NIR和AMF作用下对过氧化氢处理后,HUVEC细胞活力的提升及细胞凋亡的抑制。HSP70 sh RNA可逆转Fe3S4纳米颗粒在NIR和AMF作用下对过氧化氢处理后HUVEC细胞中NO,SOD含量的增加及LDH,MDA含量的减少。HSP70 sh RNA可逆转Fe3S4纳米颗粒在NIR和AMF作用下对过氧化氢处理后HUVEC细胞中Bax、Bcl-2、Caspase-3、SOD以及e NOS在蛋白层面的水平。与Fe3S4纳米颗粒类似的是,u PA-Fe3S4同样具有较为良好的光热转化;4)u PA-Fe3S4纳米颗粒,在NIR的光热作用后,能够有效的释放负载的u PA药物。u PA-Fe3S4纳米颗粒在NIR刺激下体具有良好的溶栓效果,体内外可有效减小血栓块的大小。结论:1)新型纳米颗粒Fe3S4的制备可行,纳米颗粒具有良好的磁热效应及光热效应,动物实验中纳米颗粒Fe3S4在动物实验中具有良好组织相容性,无明显毒性,可有效代谢分解;2)纳米颗粒Fe3S4在NIR和/或AMF作用下对人脐静脉内皮细胞及肺血管内皮细胞H2O2损伤模型中对内皮细胞具有保护作用;3)经过生物信息学分析基于生物芯片技术的Fe3S4纳米颗粒在NIR和AMF作用下对过氧化氢处理人脐静脉内皮细胞损伤的保护作用的探索中本研究发现可能HSP70的调控相关;4)通过构建纳米颗粒Fe3S4介导的u PA载药体系,发现该体系能后在NIR作用下有效缓慢释放负载药物,发挥促进血栓溶解作用。
桑小普[4]（2020）在《慢性胃炎脾虚证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络研究》文中研究表明脾虚证本质的研究是中医现代化研究的重要内容之一。随着研究的深入,人们发现脾虚证的致病机理涉及消化系统、免疫系统、内分泌系统、神经系统、血液系统、肠道菌群和能量代谢等多个方面。近年来,系统生物学的方法开始应用于脾虚证本质研究,但尚处于初步阶段。目前已有学者分别使用iTRAQ技术、16S rDNA测序技术和基因芯片技术对脾虚证的蛋白组学、微生物组学和转录组学进行了探索,但是,应用RNA-seq或Small RNA-seq技术进行脾虚证研究的相关报道较少。本论文共分为两部分。由于气虚体质是脾虚证的前驱状态,研究健康人气虚体质的生物学机制将有助于理解脾虚证的早期发生状态。论文的第一部分研究了健康人气虚体质相关差异表达lncRNA、miRNA和mRNA并构建了 ceRNA网络调控。论文第二部分研究了慢性胃炎脾虚证相关差异表达lncRNA、miRNA和mRNA并构建了 ceRNA网络调控,从病证结合的角度,研究脾虚证的病理机制。目的:在本次研究中我们以健康人气虚体质、慢性浅表性胃炎（Chronic Superficial Gastritis,CSG）脾虚证和慢性萎缩性胃炎（Chronic Atrophic Gastritis,CAG）脾虚证人群为研究对象,应用最前沿的RNA-seq技术和ceRNA理论,从转录组学水平上进行了脾虚证内在生物学机制的研究。综合两部分的研究结果,我们试图从体质、证候、疾病的自然进展方向,研究健康人气虚体质、CSG脾虚证和CAG脾虚证内在转录调控机制的相互关联,找到“气虚体质—脾虚证”相关的生物标志物或标志网络,以期阐释脾虚证的生物学基础。本研究也有助于预测疾病的发生与发展,从而为明确脾虚证自身特点及与其他因素（如体质、证候、疾病等）的关系提供了可能。方法:2016年6月～2018年12月期间,在北京中医药大学附属东方医院通过广告或电话进行健康受试者招募,包括健康人平和体质、气虚体质和湿热体质。同期进行慢性胃炎患者招募,包括慢性浅表性胃炎（脾虚证、湿热证）,慢性萎缩性胃炎（脾虚证、湿热证）患者。采集临床研究受试者外周血,分离白细胞后提取总RNA,分别进行RNA-seq和Small RNA-seq分析。获得的测序数据用生物信息学方法进行分析,筛选出差异表达的mRNA、lncRNA和miRNA,对差异表达基因进行生物功能与信号通路富集分析。对差异表达的mRNA、lncRNA和miRNA进行ceRNA网络构建,获得脾虚证相关的ceRNA调控网络关系。本研究经北京中医药大学东方医院临床研究伦理委员会审查,伦理审批号:JDF-IRB-2016031002临床研究注册号:NCT02915393。结果:第一部分:1、在本研究中,我们总共纳入病例25例,分别为健康人平和体质13例、气虚体质7例、湿热体质5例。随机选择了健康人平和体质5例、气虚体质5例、湿热体质4例的外周血白细胞样本的总RNA进行了 RNA-seq和Small RNA-seq分析。2、通过对测序数据的生物信息学分析,我们获得了健康人气虚体质相关的差异表达mRNA60个、lncRNA76个、miRNA42个。功能分析发现,细胞质膜组成成分和细胞质膜在差异表达mRNA和miRNA的GO富集中出现。蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性在差异表达lncRNA和miRNA的GO富集中出现。在对健康人气虚体质相关差异基因的通路分析中发现,赖氨酸降解在差异表达lncRNA和miRNA的KEGG富集中出现。3、通过对健康人气虚体质的差异表达miRNA、mRNA和lncRNA进行ceRNA分析,共获得3182个miRNA-lncRNA对,955个miRNA-mRNA对,最终筛选到9514对ceRNA。这些ceRNA调控网络涉及了 36个GO功能和31个KEGG信号通路。4、从健康人气虚体质差异表达的mRNA中筛选出99个免疫相关的基因,涉及了11个GO功能和8个KEGG信号通路。第二部分:1、在本研究中,我们总共纳入病例70例,分别为CSG脾虚证28例、湿热证21例;CAG脾虚证7例、湿热证14例。随机选择了CSG脾虚证6例、CSG湿热证5例、CAG脾虚证5例,CAG湿热证5例的外周血白细胞样本的总RNA进行了 RNA-seq和Small RNA-seq建库和测序。2、通过对测序数据的生物信息学分析,我们获得了CSG脾虚证患者相关的差异表达mRNA7个、lncRNA 103个、miRNA4个。在对CSG脾虚证相关的差异基因的功能分析中发现,细胞质膜在差异表达mRNA和miRNA的GO分析中均显着富集。在对CSG脾虚证相关的差异基因的功能分析中发现,胰岛素分泌以及胰岛素信号通路分别在差异表达mRNA和miRNA的KEGG分析中显着富集。通过对CSG脾虚证的差异表达 miRNA、mRNA 和 lncRNA 进行 ceRNA 分析,共获得 433 个 miRNA-lncRNA 对,226个miRNA-mRNA对,最终筛选到548对ceRNA。这些ceRNA调控网络涉及了10个GO功能和11个KEGG信号通路。从CSG脾虚证差异表达的mRNA中筛选出89个免疫相关的基因,涉及了 66个GO功能和15个KEGG信号通路。3、我们获得了 CAG脾虚证患者相关的差异表达mRNA 20个、lncRNA 79个、miRNA 29个。在对CAG脾虚证相关的差异基因的功能分析中发现,细胞质膜和细胞质膜的组成成分在差异表达mRNA和miRNA的GO分析中均显着富集。通过对CAG脾虚证的差异表达miRNA、mRNA和lncRNA进行ceRNA分析,共获得1028个miRNA-lncRNA对,1123个miRNA-mRNA对,最终筛选到3625对ceRNA。这些ceRNA调控网络涉及了 59个GO功能和34个KEGG信号通路。从CAG脾虚证差异表达的mRNA中筛选出139个免疫相关的基因,涉及了 20个GO功能和28个KEGG信号通路。4、从上述测序结果中进一步挖掘,获得脾虚证相关的差异表达mRNA 570个、lncRNA2009个、miRNA 303个,这些差异基因涉及了 9个GO功能和4个KEGG信号通路。通过对CAG脾虚证的差异表达miRNA、mRNA和lncRNA进行ceRNA分析,共获得6个miRNA-lncRNA对,9个miRNA-mRNA对,最终筛选到4对ceRNA,其中的关键基因CD300H的mRNA水平在气虚体质和脾虚证中显着降低（P=0.03）。从CAG脾虚证差异表达的mRNA中筛选出84个免疫相关的基因,涉及了 9个GO功能和18个KEGG信号通路。结论:健康人气虚体质与慢性胃炎脾虚证存在特异的转录组表达谱,且气虚体质与脾虚证的差异基因表达谱具有一定的相似性,尤其体现在免疫相关的基因表达方面。功能分析提示“气虚体质—脾虚证”涉及多种免疫相关功能异常,此外在激素分泌、细胞质膜、信号转导、物质代谢等多种生命活动中存在差异。转录组学的联合分析揭示了CD300H基因的ceRNA参与“气虚体质—脾虚证”相关的转录调控网络。本研究的结果为挖掘脾虚证潜在的生物学基础提供了重要参考。
王维铁[5]（2020）在《长链非编码RNA01278竞争性抑制miR-500b-5p调控ACTG2促进平滑肌细胞增殖在主动脉夹层形成中的作用机制研究》文中指出背景:主动脉夹层（aortic dissection,AD）是心血管疾病中较为凶险的一种疾病,其发病急进展快,一经发现需要立即给予医疗处理,否则会出现致命性风险。AD的主要发病原因是血液由血管的内膜破口进入血管中层,在血压的驱动下在血管夹层中向前流动从而撕裂血管。临床常见的症状为突发的前胸及后背部剧烈的疼痛。主动脉夹层常见的发病因素包括遗传性因素如马凡综合症,Ehlers-Danlos综合症,和非遗传性因素如主动脉中层囊性坏死、高血压、动脉粥样硬化、梅毒性大动脉炎、创伤性动脉瘤等,其中高血压被认为是最主要的诱发因素。目前关于主动脉夹层的具体发病机制尚无明确定论,主要认为和血管中层平滑肌细胞增殖和凋亡失衡有关。已有研究表明,主动脉夹层组织中血管平滑肌的增殖程度明显高于正常人的升主动脉组织,并通过一系列体内和体外实验验证编码平滑肌细胞收缩的标志蛋白增高/减低对主动脉血管平滑肌细胞增殖的影响。当前这一灾难性疾病尚缺乏早期有效的诊断措施,特别是血清学诊断标志物,目前尚无集特异性和敏感性一体的AD血清诊疗标志物。大部分AD患者仍是通过发病后行主动脉血管造影来明确诊断。但因临床以胸背部疼痛为首发症状的疾病较多,其中心肌梗死是首要怀疑对象。患者多是经过冠脉造影检查无明显异常后才会怀疑AD,进而行主动脉造影检查。其中部分患者在频繁的转运及检查过程中出现夹层破裂死亡。因此更加快速、有效、简便的诊疗方法亟待解决目前AD的诊疗现状。长链非编码RNA（lncRNA）是一类线性非编码RNA。现有研究表明lncRNA能够与微小RNA结合进而影响编码基因的表达,从而影响疾病的发展。在心血管疾病中,目前已经有许多报道lncRNA和心衰、缺血性心脏病、心脏瓣膜病发病过程相关,但是在AD的发病过程中的研究较少,尤其是lncRNA对AD血管中层平滑肌细胞收缩过程的影响尚无具体的机制研究报道。目的:本研究通过高通量芯片二代测序技术检测了AD患者升主动脉内膜破口组织和对照组非夹层患者升主动脉组织中lncRNA,miRNA和mRNA基因表达谱,通过现代高通量生物信息学分析二代测序结果,找到差异表达的lncRNA,miRNA和mRNA,并对差异表达的基因进行基因本体分析和信号通路分析。试图筛选出在AD发病过程中血管中层平滑肌细胞收缩的关键lncRNA-miRNA-mRNA信号通路。并通过细胞学实验验证,最终提出AD发病的关键机制以及未来早期诊断所需的血清学标志物和潜在药物治疗靶点。方法:1.升主动脉组织标本的搜集。将确诊的非遗传性主动脉夹层患者手术切除的位于破口周围的升主动脉组织（实验组）和冠状动脉旁路移植术患者手术中经打孔器取下的升主动脉组织（对照组）进行清洗,保存于-80℃液氮中。2.AD疾病中lncRNA,miRNA和mRNA基因表达谱检测。随机选取6例AD患者破口周围升主动脉组织和6例缺血性心脏病患者升主动脉组织,进行高通量二代芯片测序,按照p<0.05,差异表达倍数≥2的选择标准初步筛选出有意义的差异表达lncRNA,miRNA和mRNA。同时随机选取10例AD升主动脉组织和10例缺血性心脏病患者升主动脉组织进行实时定量PCR验证基因芯片的准确性。3.AD升主动脉组织中差异表达lncRNA,miRNA和mRNA的生物信息学分析。将AD组织中差异表达的mRNA和GEO数据库中主动脉夹层mRNA基因测序结果GSE52093进行融合后,通过基因本体分析,KEGG信号通路分析,筛选出目标mRNA,利用targetscan及DIANA tools进行lncRNA和miRNA预测,利用的韦恩分析确立最终lncRNA,miRNA,并讨论目标lncRNA,miRNA和mRNA与血管平滑肌增殖以及迁移能力关系,最终确立lncRNA-miRNA-mRNA发病通路4.linc01278在AD升主动脉平滑肌细胞增殖及迁移过程的作用机制研究。原位杂交实验检测linc01278在血管平滑肌细胞中的具体细胞定位。质粒过表达linc01278和RNA干扰linc01278后,检测:1)linc01278、miR-500b-5p、ACTG2表达量变化;2)增殖型血管平滑肌细胞诱导后,检测平滑肌收缩标记基因SMA,SM22α,MYH11,calponin的表达量;3)CCK-8实验检测转染后血管平滑肌细胞增殖状态。4)检测MMP2和MMP9以及划痕实验验证转染后血管平滑肌细胞迁移状态。5.双荧光素酶报告基因实验。通过targetscan及DIANA tools数据库对linc01278与miR-500b-5p结合位点以及miR-500b-5p和ACTG2结合位点的预测,通过双荧光素酶实验进一步验证miR-500b-5p与linc01278和ACTG2的结合位点。结果:1.成功获取人主动脉夹层升主动脉组织及缺血性心脏病患者升主动脉组织,并进行RNA提取,浓度、纯度的检测,符合进一步实验标准。2.高通量二代芯片测序检测出主动脉夹层破口周围升主动脉组织中差异表达lncRNA及mRNA。lncRNA基因表达芯片显示共有2084个差异表达的lncRNA,其中有730个差异上调表达的基因,1354个差异下调表达的基因;mRNA基因表达芯片显示共有2834个差异表达的mRNA,其中有1928个差异上调表达的基因,906个差异下调表达的基因。随机选取5个上调及5个下调差异表达lncRNA和5个上调及5个下调差异表达mRNA通过qRT-PCR在10例主动脉夹层组织和10例缺血性心脏病升主动脉组织中的表达量,qRT-PCR表达结果和基因芯片表达结果趋势相同,证明芯片结果准确可靠。3.构建了ceRNA调控网络,将mRNA芯片与GEO数据库的人主动脉夹层基因芯片GSE52093进行交叉融合分析。所得到的144个共同差异上调表达的基因和96个共同差异下调表达的基因。对全部差异表达基因进行信号通路分析,下调的差异基因富集在血管平滑肌收缩通路,上调的差异基因富集在细胞周期通路。对下调的全部差异基因进行蛋白质互作网络分析和cytohubba生物信息学计算出ACTG2,BDNF,DMD,CNN1,MYOCD为主动脉夹层发病的核心基因。将上述核心发病基因通过targetscan生物信息软件预测出与之有结合位点的miRNA,将预测的214个miRNA和我们的miRNA基因芯片进行韦恩分析,得到13个共同表达的miRNA。利用DIANA tools对13个miRNA进行预测与之有结合位点的lncRNA,将所预测的lncRNA和我们的lncRNA基因芯片进行融合分析,最终得到6个共同差异表达的lncRNA。从而构建出ceRNA调控网络。根据现代高通量生物信息学计算方法,我们最终预测出linc01278（下调表达）—miR-500b-5p—ACTG2（下调表达）调控通路在主动脉夹层患者升主动脉平滑肌增殖和迁移过程中发挥重要调控作用。4.linc01278调控主动脉夹层升主动脉平滑肌细胞表型转化功能的验证。利用RNA干扰技术敲低血管平滑肌细胞中的linc01278发现,随着linc01278表达量降低后,miR-500b-5p的表达反而增高,使得其对下游调控的靶mRNA ACTG2的抑制增加从而使其表达量下降,而ACTG2是血管平滑肌收缩通路中的重要因子,通过对血管平滑肌细胞增殖及表型转化基因标志物的检测,最终结果示:SMA,SM22α,MYH11,calponin同时呈现下降趋势,说明血管平滑肌增殖能力增强。上述现象可以通过miR-500b-5p inhibitor补救实现逆转,使得血管平滑肌增殖能力减弱。而通过质粒在linc01278过表达细胞实验中,出现和RNA干扰相反的结果,当linc01278表达量增加以后,血管平滑肌增殖能力减弱。上述现象可以通过miR-500b-5p mimics补救实现逆转。5.双荧光素酶报告实验验证linc01278,miR-500b-5p和ACTG2的可结合性。分别构建pGL6-miR-linc01278（WT）,pGL6-miR-ACTG2-3’UTR（WT）和miR-500b-5p mimics后,通过转染293T细胞并进行荧光量检测发现野生型的发光信号明显降低,说明结合位点结合抑制发光从而证明miR-500b-5p与linc01278和ACTG2之间的可结合性。结论:1.主动面夹层基因芯片结果显示主动脉夹层患者升主动脉组织中较非主动脉夹层升主动脉组织中有2084个差异表达的lncRNA和2834个差异表达的mRNA。2.通过对lncRNA,miRNA和mRNA基因表达谱中差异基因的高通量生物信息学分析发现,linc01278可能通过竞争性结合miR-500b-5p从而调控ACTG2的表达,进而影响血管平滑肌收缩通路造成血管平滑肌细胞异常增殖和表型转化。3.敲低linc01278后血管平滑肌细胞增殖和迁移能力增强;过表达linc01278后血管平滑肌细胞增殖和迁移能力减弱。4.双荧光素酶报告实验证实miR-500b-5p与linc01278和ACTG2之间的可结合性。综上,主动脉夹层升主动脉平滑肌组织中低表达linc01278通过减少对miR-500b-5p的竞争性吸附,从而抑制了ACTG2的表达,进而促进血管平滑肌细胞收缩,使得血管平滑肌细胞增殖能力和迁移能力增强。上述研究结果为非编码RNA在主动脉夹层发病机制中作用机制及分子通路提供新的理论基础。同时为未来早期诊断所需的血清学标志物以及潜在药物治疗靶点提供研究方向。
郑玉婷[6]（2020）在《面肩肱型肌营养不良1型的产前诊断及遗传学分析》文中指出背景及目的面肩肱型肌营养不良（facioscapulohumerial muscular dystrophy,FSHD）为常染色体显性遗传病,是排名第三的遗传性神经肌肉病,发病率在1/10000-1/20000之间,目前无有效的治疗方法。Karyomap基因芯片技术目前常用于植入前遗传学诊断（Preimplantation Genetic Diagnosis,PGD）,是一种通过绘制亲本单体型间的交叉图谱进行全基因组的遗传性疾病分析的方法,可以检测胎儿是否携带该单体型片段来确定是否患病。Bionano单分子光学图谱技术通过对超长片段DNA分子进行单链荧光标记、成像并进行数据分析,可以确定大片段DNA的重排、倒位等基因组信息。目前Bioano单分子光学图谱检测的DNA片段长度可完全覆盖FSHD1致病片段,可以用来进行FSHD1基因检测。本研究拟通过同时进行Bionano技术和Karyomap基因芯片技术对FSHD1型患者家系进行产前诊断,明确两种方法在FSHD1产前诊断中的可行性,并通过两种方法相互验证,检测两种方法在FSHD1产前诊断中的准确性。资料及方法1.本课题选取2018年1月至2019年12月在郑州大学第一附属医院遗传与产前诊断中心就诊的12个已经临床和基因诊断确诊的面肩肱型肌营养不良1型患者家系,详细记录患者的基因诊断结果和家族史情况。2.应用Bionano单分子光学图谱技术对家系先证者进行分子诊断,确定为FSHD1型患者D4Z4序列的重复次数及等位基因4qA/4qB。3.应用Karyomap基因芯片技术对有家族史的FSHD1家系进行产前诊断。4.应用Bionano单分子光学图谱技术对胎儿样本进行分子诊断,并与Karyomap基因芯片检测结果对比并进行随访。结果1.应用Bio nano单分子光学图谱技术对12个FSHD1家系先证者进行分子诊断验证,结果显示患者D4Z4序列重复次数在2～5之间,均为4qA等位基因。2.应用Karyomap基因芯片技术对这12个家系共计进行14次产前诊断,结果显示共有7次检测结果胎儿为患者,7次检测结果胎儿为正常。3.应用Bio nano单分子光学图谱技术对胎儿进行基因诊断,结果与Karyomap基因芯片技术检测结果均一致。结论本研究应用Karyomap基因芯片技术结合Bionano单分子光学图谱技术为FSHD1患者家系进行产前诊断,这两种方法的综合应用相对于传统的Southern Blot检测来讲,大幅度缩短了检测时间、提高了检测速度,并增加了检测的准确度,但由于检测样本较少,仍需大样本进一步进行验证。
金晓[7]（2020）在《参术冠心方联合西药治疗气虚痰瘀型冠脉临界病变患者的临床研究及基因组学研究》文中指出第一部分 参术冠心方联合西药治疗冠脉临界病变患者的临床研究目的:本研究以广东地区冠脉临界病变患者为研究对象,以益气活血化痰法为切入点,评估参术冠心方联合西药治疗冠脉临界病变的临床疗效及安全性。方法:本临床研究以冠脉临界病变患者为研究对象,试验组给予西医常规治疗加参术冠心方,对照组给予西医常规治疗加安慰剂,连续治疗6个月后评估参术冠心方治疗冠脉临界病变的疗效及安全性。主要观察指标为:冠状动脉CT相关指标（心肌跨壁灌注梯度、左心室的CT值及主动脉根部的CT值、钙化积分、冠状动脉狭窄程度）、血脂四项（低密度脂蛋白、总胆固醇、甘油三酯、高密度脂蛋白）、超敏C-反应蛋白（hsCRP）,中医证候积分及西雅图心绞痛量表评分。结果:最终完成临床研究的冠脉临界病变患者60例,其中试验组30例,对照组30例。两组患者的年龄、性别、体重、病程、个人史、既往史及家族史、临床用药及两组患者冠脉狭窄程度人数分布等基线情况进行比较,差异均无统计学意义。1.临床研究结果显示,对干预前后试验组和对照组2组患者的冠状动脉CT相关指标进行比较,发现治疗前后两组患者的冠状动脉狭窄程度、钙化积分组内比较差异无统计学意义（P>0.05）;干预前后心肌跨壁灌注梯度、左心室的CT值及主动脉根部的CT值分别进行组间比较和组内比较,差异均无统计学意义（P>0.05）。2.治疗前试验组和对照组患者的LDLC水平差异无统计学意义（P>0.05）。试验组在治疗6个月后,与治疗前相比较,LDLC水平有所降低,并且具有统计学意义（治疗前 LDLC:2.84±0.93mmmol/LVS 治疗后 2.39±0.65 mmol/L,P=0.006）;在治疗 6个月后,试验组LDLC水平低于对照组,并且具有统计学意义（试验组LDLC:2.39±0.65mmol/LVS对照组2.77±0.74,P=0.040）。两组患者治疗前TC水平比较差异无统计学意义（P>0.05）,试验组和对照组在药物治疗6个月后患者TC水平较治疗前均有降低,并且差异具有统计学意义（试验组TC:治疗前4.42±0.96mmol/LVS治疗后 3.73±0.52mmol/L,P<0.001,对照组 TC:治疗前 4.70±1.24 mmol/LVS 治疗后4.21±0.73 mmol/L,P=0.042）。比较试验组和对照组在治疗6个月后的TC水平,发现试验组TC水平较对照组低,并具有统计学意义（试验组TC 3.73 ± 0.52 VS对照组TC 4.21±0.73,P=0.006）,说明在西药常规治疗基础上,参术冠心方能更有效的降低冠脉临界病变患者的TC水平。而甘油三脂（TG）、高密度脂蛋白（HDLC）在治疗6个月后两组患者组内比较治疗前后水平差异均无统计学意义（P>0.05）,组间比较治疗后水平差异均无统计学意义（P>0.05）。3.两组患者治疗前hsCRP水平比较无明显差异,治疗6个月后观察两组患者hsCRP水平组间和组内比较均无明显统计学差异（P>0.05）。4.中医证候疗效方面,在治疗3个月后,根据患者中医证候积分,试验组总有效率为66.7%,对照组总有效率为20%。在治疗6个月后,根据患者中医证候积分,判断试验组患者的总有效率为76.6%,对照组的总有效率为36.37%。将试验组与对照组患者治疗3个月、6个月后的中医证候疗效分别进行组间比较,试验组在中医证候疗效上更具有优势,并具有统计学意义（P<0.05）。5.西雅图心绞痛量表评分方面,将试验组和对照组患者治疗前的西雅图心绞痛量表（SAQ）各项评分（PL、AS、AF、TS、DP）进行比较,二组患者的SAQ各项评分在治疗前无明显统计学差异。将试验组和对照组在治疗3个月、6个月后的SAQ各项评分分别进行组间差异比较,发现试验组在治疗3个月及6个月后的SAQ各项评分值均比对照组高,并且差异具有统计学意义（P<0.05）。6.安全性方面,比较治疗前后实验组和对照组患者肝功能（谷草转氨酶、谷丙转氨酶）水平、肾功能（尿素氮、肌酐）的指标变化,提示试验组和对照组肝功能和肾功能指标治疗前后均无明显改变（P>0.05）,参术冠心方具有一定的安全性。结论:本临床试验研究表明,在西药治疗的基础上,参术冠心方可以有效的降低冠脉临界病变患者的总胆固醇、低密度脂蛋白水平,同时可以有效的改善冠脉临界病变患者的中医临床证候积分,提高冠脉临界病变治疗的有效率,有效的改善冠脉临界病变患者的西雅图心绞痛量表评分,并且参术冠心方治疗冠脉临界病变具有一定的安全性。第二部分 心血管疾病基因组学相关研究的文献分析目的:（1）整理和统计常见心血管疾病的基因组学相关文献。（2）梳理中医药相关的心血管疾病的基因组学相关文献情况。方法:本文献研究采取文献计量分析方法。首先确定检索词,主要检索常见心血管疾病包括冠状动脉粥样硬化性心脏病、心肌梗死、心肌缺血、高血压、心力衰竭、心房颤动,及确定基因芯片、基因组学、基因表达谱、转录组、lncRNA、miRNA、mRNA作为检索词,主要通过检索中国知网（China national knowledge internet,CNKI）、维普网（Chinese VIP information,VIP）、万方数据库（Wanfang Data）及 Pubmed 数据库。对符合纳入条件的文献提取基本资料,并通过EXCEL表及SPSS软件进行统计。结果:通过阅读文献的标题及摘要对文献进行初步筛选,得到基因组学应用于心血管疾病研究的文章有864篇,下载阅读全文,最终纳入符合纳入标准的文献116篇。基因组学技术应用于冠心病的文章有8篇,心肌梗死的文章有22篇,心肌缺血的文章有16篇,心力衰竭的文章有6篇,高血压的文章有36篇,心房颤动的文章有14篇,心力衰竭的文章有6篇,心肌病的文章有2篇,风湿性心瓣膜病的文章有3篇,肺动脉高压的文章有9篇。在纳入的文献中,有59项研究探索疾病的差异基因表达谱（mRNA）,32项研究探讨疾病的差异miRNA,8项研究探讨疾病的lncRNA表达,6项研究探讨疾病的circRNA表达,1项研究选择lncRNA+mRNA+miRNA进行联合分析,4项研究选择lncRNA+mRNA联合分析,3项研究选择miRNA+mRNA联合分析,1项研究选择circRNA+miRNA联合分析,1项研究选择lncRNA+circRNA进行关联分析,1项研究以DNA为研究指标。纳入符合条件的116项研究中,有41项研究涉及中医。纳入的心肌缺血相关的中医相关的基因组学研究有8项,其中4项为针刺干预心肌缺血的基因组学研究,4项为中药复方干预心肌梗死相关的基因组学研究。高血压相关组学研究涉及中医的研究有23项,其中8项研究涉及针刺治疗,11项研究涉及中药干预高血压治疗效果,4项研究涉及中医证型,其中肝阳上亢相关证型1例,3项研究涉及血瘀相关证型。心力衰竭相关研究中有1项涉及中医药治疗心力衰竭治疗效果的相关组学分析。在纳入的中医文献中,其中21项研究补充了对筛选出的差异基因进行了 RT-PCR验证,其中只有一项研究提供验证的样本数量,余下研究均未提供验证的样本量。有22项研究对差异基因行GO富集分析,和KEGG Pathway通路分析,从通路角度以及分子功能、生物过程、细胞成分等多个方面对中医药干预心血管疾病进行了深入的探讨。结论:通过整理心血管疾病的基因组学相关文献,可以发现基因芯片技术已经广泛的应用于心血管系统疾病,促进了心血管疾病的研究。分析目前的中医相关的基因组学的研究发现,目前主要集中于中医药干预机制方面的基因组学相关探讨,中医证型相关的基因组学研究目前相对较少。从纳入的中医相关的基因组学研究得出中医相关基因组学研究质量仍有待提升。第三部分 参术冠心方对比安慰剂联合西药治疗冠脉临界病变的基因组学研究目的:从基因组学层面探索参术冠心方改善冠脉临界病变患者的脂质代谢的机制,为参术冠心方治疗冠脉临界病变筛选出分子标志物,并提供基因水平层面的理论依据。方法:结合临床研究,按照性别、年龄、药物使用情况等匹配原则,最终选出参术冠心方组4例,安慰剂组7例,抽取干预时间6个月后的患者全血进行基因芯片相关研究。通过基因芯片检测技术,分别检测参术冠心方组和安慰剂组全血中的lncRNA、circRNA和mRNA的表达情况,通过生物信息学方法筛选出两组之间比较的差异lncRNA,mRNA及circRNA。对获得的差异基因通过DAVID网站对核心基因及差异表达基因进行基因功能富集分析（Gene Ontology,GO基因本体论）和基因通路富集分析（KEGG:Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因与基因组百科全书）。通过StarBase数据库用于筛选差异lncRNA和差异miRNA之间的相互作用,然后与mmiRNA-mRNA相互作用集成,使用Cytoscape软件建立lncRNA-mRNA-miRNA ceRNA网络。对差异表达的circRNA的host基因分别进行GO分析,KEGG Pathway分析,探索差异circRNA的host基因的相关功能。通过lncRNA cis（顺式）作用靶基因分析、lncRNA trans（反式）作用靶基因分析及LncRNA转录因子关联分析进一步筛选出lncRNA-mRNA关系对,探索差异lncRNA的功能。结果:1.通过基因芯片检测技术,及生物信息学分析方法,最终发现参术冠心方组对比安慰剂组有35个差异lncRNA（上调基因30个,下调基因5个）,85个差异mRNA（上调基因55个,下调基因30个）,20个差异circRNA（上调基因17个,下调基因3个）。通过对差异mRNA的功能分别进行检索分析,通过数据库进行检索,发现以下基因与脂质代谢密切相关:SLC22A17、SRGN、ALDH1A2、PINX1、CEP72、CD300A、DDAH2、FETUB、NUCB2、HDAC5、PRKCA、S100A16、SYTL4、TRPV1。对差异 circRNA 进行相关功能检索,发现ARHGAP1、TCF12、CEMIP及COLGALT1与脂质代谢密切相关。2.根据芯片实验结果,将差异基因进行蛋白互作网络分析,最后得出10个核心基因:CACNA2D2,CACNA2D3,DNAJC6,FGF12,SGSM2,CACNA1G,LRP6,KIF25,OXTR,UPB1。检索核心基因功能最终发现其中LRP6、SGSM2、OXTR与动脉粥样硬化及脂质代谢密切相关。3.总差异mRNA的GO项目富集包含113项分子功能（Molecular Function,MF）,107 项细胞成分（Cellular Component）,367 项生物学过程（Biological Process）。其中与冠脉临界病变密切相关的GO条目主要包括:如胆固醇代谢,收缩过程中的心肌细胞动作电位,Wnt通路、动脉血压调节等。与参术冠心方降低冠脉临界病变血脂的KEGG通路主要包括:PI3K/Akt/mTOR信号通路、Rapl信号通路、Hippo信号通路。4.参术冠心方对比安慰剂的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络中主要包括:lncRNA（DPY19L2P2,HCG15,ANKRD36BP2）,miRNA（miR-24,miR-27,miR-363,miR-125）,mRNA（CNNM3,PEG10,MCOLN2,ULK3）。其中miR-24、miR-27已被证实在机体的脂肪生成、炎症、脂质代谢、氧化应激等方面作为重要的靶向标志物。miR-363可保护心肌细胞免受缺氧诱导的凋亡和miR-125与心肌细胞调节密切相关,PEG10与心肌肥厚密切相关,因此在本研究中,参术冠心方治疗冠脉临界病变的机制可能与调节以下分子标志物密切相关:miR-24,miR-27,miR-363,miR-125 及 PEG10。5.本次研究筛选出的差异circRNA主要有21个,对差异表达的circRNA的host基因分别进行GO分析,KEGG富集分析,从而获取差异circRNA host基因可能影响的生物学过程。最终得出circRNA的host基因的GO富集项目包含64项分子功能（Molecular Function,MF）,84 项细胞成分（Cellular Component）,123 项生物学过程（Biological Process）。通过GO分析发现总circRNA host基因主要富集于DNA修复,嗜脂性正调控,蛋白激酶C活性的正调控,组蛋白H3-K9乙酰化的调节,CTD磷酸酶活性,L-天冬氨酸跨膜转运活性等生物学过程。通过对差异circRNA的host基因进行KEGG分析,从而获取差异circRNA host基因可能影响的通路。从KEGG结果发现差异circRNA的host基因主要富集于以下通路:O-聚糖生物合成、赖氨酸降解、P53信号通路、细胞周期、泛素介导的蛋白质水解、细胞衰老、人乳头瘤病毒感染等。6.LncRNA共表达的差异基因进行KEGG Pathway分析主要富集于以下通路:p53信号通路,局灶性粘连,TGF-beta信号通路,Ras信号通路,PI3K-Akt信号通路,AMPK信号通路,cGMP-PKG信号通路,DNA修复等。根据lncRNA与gene表达相关性,其中lncRNA顺式调控的基因主要包括:lncRNA ITFG1-AS1与ITFG1的关系对。对lncRNA trans（反式）作用靶基因分析主要发现有4个mRNA（RAD54L2,CNNM3,KIF18B,GPANK1）和 3 个 lncRNA（NR134460.1,NR145490.1,XR001753092.2）形成 lncRNA-mRNA靶标互作网络图。7.本研究确定对 mRNA（ALDH1A2、CD300A、CEP72、DDAH2、HDAC5、SYTL4）及lncRNA（LOC105374150,DNAJC9-AS1、LOC105372209）在 11 例样本中进行 q-PCR 验证实验。其中基因ALDH1A2、SYTL4及LOC105372209共设计3次引物均CT值高或溶解曲线非单一峰,预实验失败,通过q-PCR实验结果展示其中q-PCR验证结果发现参术冠心方组对比安慰剂组的差异基因CEP72、HDAC5上调及差异lncRNA DNAJC9-AS1、LOC105374150上调,差异基因DDAH2下调,并且具有统计学意义。本研究通过q-PCR实验进一步验证了参术冠心方治疗冠脉临界病变可能与基因CEP72、HDAC5、DDAH2及lncRNA DNAJC9-AS1、LOC105374150 密切相关。结论:在参术冠心方治疗冠脉临界病变的基因组学研究中,参术冠心方对比安慰剂组治疗冠脉临界病变存在差异lncRNA,mRNA及circRNA。参术冠心方改善冠脉临界病变的患者的脂质代谢与以下分子标志物密切相关:miRNA（miR24,miR27）及mRNA（SLC22A1、ABCB1、SGSM2、LRP6、OXTR,SLC22A17、SRGN、ALDH1A2、PINX1、CEP72、CD300A、DDAH2、FETUB、NUCB2、HDAC5、PRKCA、S100A16、SYTL4、TRPV1）及 circRNA（ARHGAP1、CEMIP、COLGALT1）和 lncRNA（DPY19L2P2,HCG15,ANKRD36BP2）。通过 q-PCR 实验进一步验证了参术冠心方治疗冠脉临界病变可能与基因CEP72、HDAC5、DDAH2及lncRNA DNAJC9-AS1、LOC105374150 密切相关。通过GO分析和KEGG富集分析发现参术冠心方治疗气虚痰瘀型冠脉临界病变患者的作用机制可能与胆固醇代谢,心肌收缩,内皮细胞增殖的调控,及mTOR信号通路,PI3K-Akt信号通路,代谢通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、cAMP信号通路、Hippo信号通路密切相关。其中与参术冠心方降低冠脉临界病变血脂相关的通路主要包括:PI3K/Akt/mTOR 通路、Rap1信号通路。
赵晓峰[8]（2020）在《3p25.3p25.2染色体杂合缺失伴矮小及多发畸形男童的遗传学特征与临床表型研究》文中认为背景智力低下是许多染色体疾病及遗传代谢性疾病的常见表现,发病率约占儿童总数的2-3%[1]。染色体异常是导致儿童生长发育迟缓、智力低下、运动行为发育障碍及多发畸形的常见原因之一。3p综合征[2]由verjaal和de Nef于1978年首次报道,后来由Garcia Segredo（1981）、Witt（1981）、Higginbottom（1982）、Reifen（1986）、Scwyer（1987）、Tazelaar（1991）、Mowrey（1993）、Phipps（1994）Drumheller（1996）等分别补充了各种类型的主要特征。它是一组染色体缺失疾病,主要表现为全面生长发育迟缓、智力低下、小头畸形、小下颌、长人中、上睑下垂、多指畸形、肌张力减低等,临床亦可见先天性心脏病、刻板动作、胃肠道畸形,肠旋转不良等。多数儿童由于缺乏进一步检查而很难得到早期正确的诊断和进一步治疗。3p综合征虽然发病率较低,但一般都有明显的智力障碍和其他异常,且具有较典型的临床特征。高通量测序特别是染色体基因芯片分析技术,对于发现单个碱基或较小片段插入或缺失、微重复及基因组拷贝数变异（CNV）等意义重大。目前主要分为基于微阵列的比较基因组杂交（array-based comparative genomic hybridization,a CGH）技术以及单核苷酸多态性微阵列分析技术（SNP array）两种。美国医学及遗传学组（ACMG）建议将染色体基因芯片分析技术作为临床上检测不明原因的智力低下、不明原因的发育迟缓、多种畸形体征及自闭症谱系障碍等疾病作为首选检查方法。本研究将2017年7月至2019年07月就诊于我院生长发育专科门诊的40例不明原因生长发育落后、智力低下或多发畸形的患儿纳入研究,完善相关检查及染色体基因芯片等检查,并重点回顾性分析1例罕见的有代表性的3p25.3p25.2杂合缺失综合征患儿的临床表型特点及基因遗传性特征,研究分析其临床表型及分子遗传学特征,探索其可能的致病性机制。目的研究并分析不明原因生长发育落后伴智力低下及或多发畸形为主要表现的患儿临床特点,分析以3p25.3p25.2染色体片段缺失为代表的染色体疾病患儿临床表型、分子遗传学特点并探讨其致病机制。方法运用染色体微阵列基因芯片技术研究40例（男20例,女20例,平均年龄4.5?2.9岁）不明原因生长发育落后、智力低下儿童,进行染色体核型分析及染色体基因芯片分析,对其中1例具有典型矮小、全面生长发育落后、特殊面容伴多发畸形表现的染色体疾病表现患儿运用染色体基因芯片技术明确诊断为罕见的3p25.3p25.2染色体杂合缺失综合征,并以该例患儿为代表重点进行回顾性分析,研究并分析其临床表型、分子遗传学特征及可能致病机制。结果1.12.5%（5/40）的患儿染色体基因芯片检测发现致病性变异,分别为1例3p25.3p25.2染色体杂合缺失综合征,Bloom综合征1例,POLE基因突变1例,UFSP2基因突变1例,stat1基因突变1例,染色体基因芯片阳性率12.5%;2.3p25.3p25.2患儿,男孩,1岁4月。宫内发育迟缓,重度矮小、全面生长发育落后、语言发育迟缓、特殊面容伴多发畸形（小头畸形、头颅外观畸形、小下颌、长人中、低耳位、双侧耳前瘘管等）、先天性十二指肠闭锁、肠旋转不良,先天性心脏病、隐睾、龟头裸露、肌张力低下、婴儿期喂养困难、睡眠障碍、甲状腺功能减低。患儿染色体核型分析46,XY。染色体基因芯片分析证实3号染色体p25.3p25.2区域存在一段3327kb的杂合缺失。结论1.染色体基因芯片检查阳性率明显高于染色体核型分析,不明原因的生长发育迟缓和智力低下及多发畸形患儿,建议染色体基因芯片检查。2.一例3p25.3p25.2染色体杂合缺失综合征患儿存在3327kb杂合缺失,共39个基因缺失,SETD5、VHL、FANCD2等基因缺失是导致该患儿临床表型的主要原因。
白佳琛[9]（2020）在《中国荷斯坦奶牛酮病抗性选择信号分析及基因功能验证》文中研究说明奶牛酮病是中国荷斯坦奶牛种群中发病率较高、多基因控制的代谢性疾病,不仅对奶牛的身体状况造成损坏,而且会对养殖业造成一定的经济损失。由于酮病为多基因调控的低遗传力性状,本研究采用Fimpute和Beagle软件两步基因型填充法,以190头中国荷斯坦奶牛的150K基因芯片分析为参考,对NAGRP数据库中的2488头中国荷斯坦奶牛的50K基因芯片进行基因型填充。1.以奶牛患酮病或健康二元性状为表型,利用GEMMA软件的一般线性模型,对基因型填充后2678头牛的96217个标记进行了全基因组关联分析,共扫描到25个与酮病相关的显着性位点,并在这些位点周围筛选出可能与酮病相关的候选基因,包含ALDH1L2、ACAD10、AK3等基因。另外以奶牛血液中β-羟丁酸含量作为表型,采用Plink软件的多元回归模型对190头牛的120041个标记进行全基因组关联分析,共筛选到191个显着性位点,定位到了13个与酮病相关的候选基因,包括ACADM、PECR、FN1等基因。2.为了筛选出人工选择过程中酮病抗性高的奶牛相对于酮病抗性低的奶牛的正向选择信号区域与位点,本研究以患酮病牛群组作为参考组,健康牛群组作为实验组,采用适用于疾病-对照正向选择信号分析的三种方法:Fst、XPEHH、XPCLR进行正向选择信号分析,以选择信号top 1%作为阈值。Fst方法共筛选到122个正向选择信号位点;XPEHH法共检测到870个正向选择显着性位点;XPCLR方法筛选到1253个正向选择信号区域,三种方法共定位到了与酮病相关的候选基因81个。GO和KEGG功能富集分析表明这些基因主要集中在糖代谢,脂肪酸代谢以及柠檬酸代谢等代谢通路上。其中至少有两种方法扫描到的候选基因包括ACAA2、ACADS、ACSL3、ACSL6、APOA1、HMGCL、IDH3A、PC、PCK1基因。3.对本研究筛选到和酮病相关的候选基因APOA1,以及文献报道的候选基因CPT1A基因进行功能验证,通过测序和相关性分析鉴定出APOA1基因启动子区域内SNP（g.-572 A>G）和CPT1A基因启动子区域内SNP（g.-108 G>T）与酮病显着相关（P<0.05）。qRT-PCR实验表明APOA1基因和CPT1A基因在患酮病牛中的表达量高于健康牛中表达量（P<0.05）。双重荧光素酶报告实验表明,位于APOA1基因核心启动子区域内的突变型（GG）个体的启动子活性明显高于野生型（AA）个体的启动子活性（P<0.05）。位于CPT1A基因核心启动子区域内的突变型（TT）个体的启动子活性明显高于野生型（GG）个体的启动子活性（P<0.05）。不同基因型个体的APOA1基因和CPT1A基因启动子活性的差异导致基因表达水平的不同,进而影响酮病的发生。最终试验结论为APOA1基因上SNP（g.-572 A>G）和CPT1A基因上SNP（g.-108G>T）可作为奶牛酮病抗性的遗传标记。
刘治全[10]（2020）在《卡波西肉瘤环状RNA表达谱的差异分析》文中研究说明目的:以基因芯片技术筛查卡波西肉瘤患者肿瘤组织和瘤旁组织中的circRNA差异性,进行差异性circRNA的生物学功能富集及预测,讨论差异性circRNA可能具备的生物学功能及价值;为进一步研究卡波西肉瘤在非编码RNA领域的调控机制及治疗靶点、提供理论支持。方法:选取冷冻保存的卡波西肉瘤患者肿瘤及瘤旁组织标本五组（男:女=2:3）,检验标本质量后提取总RNA之后反转录为cDNA,使用circRNA芯片杂交后进一步扫描筛选出差异性circRNA（筛选标准:差异倍数≥1.5倍,P<0.05）;通过计算P值筛选出circRNA,将差异性circRNA导入circBase数据库,及circNet,circ2Trait数据库,查找其转录本、母基因、来源染色体及区域,预测差异性circRNA的miRNA结合位点,并构建circRNA-miRNA-genesymbol（来源母基因）表达网络,预测miRNAs和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状RNA间的相互作用关系,构建了相互作用网络,对miRNAs-circRNA相互作用组中的蛋白编码基因运用基因本体论（Gene Ontology,GO）分析、KEGG富集分析,将差异性的circRNA富集于可能的生物学功能及信号调节通路上。挑选5个circRNA进行逆转录实时荧光定量聚合酶链式反应验证circRNA差异表达的稳定性及基因芯片筛选结果的可靠性。结果:1.卡波西肉瘤肿瘤组织较瘤旁组织差异表达的circRNA共有550个,其中168个上调的circRNA和382个下调的circRNA,结合位点主要集中于外显子区（筛选标准:P<0.05,且差异倍数改变≥1.5倍）。2.通过GO分析,显示差异表达的circRNA主要富集在R-SMAD蛋白结合、唾液腺形态发生中的分支作用、对焦黏附组件的正向调节、极低密度脂蛋白颗粒、细胞连接组装的正调控、唾液腺发育、小脑皮质形成、唾液腺形态发生、肌节组织、基底板。KEGG富集分析结果提示,差异表达明显的circRNA主要富集于糖胺聚糖降解、不饱和脂肪酸的生物合成、昼夜节律、维生素消化吸收、ECM-受体相互作用等物质代谢相关的通路中。3.挑选富集程度较高的差异性circRNA21个,前100个差异性circRNA,差异通过靶预测程序预测差异circRNAs的潜在靶点miRNA,并与来源母基因并构成circRNA-miRNA-genesymbol关联网络图,发现具有多circRNAs共同调节的miRNA:miRNA-676-5p、miRNA-5193。Y染色体上发现一条差异性hsacirc0092207发生下调。差异较显着地hsacirc0020917,其结合的hsa-miR-575,hsa-miR-4676-5p,hsa-miR-636,hsa-miR-4293,hsa-miR-218-1-3p,在既往111项差异性研究,数十种人肿瘤性疾病中均显示出差异性。低表达hsacirc0022428与hsa-miR-635$66hsa-miR-6774-5p$57 hsa-miR-4253$53 hsa-miR-6862-5p$52 hsa-miR-3945$51等五个预测结合miRNA,均有超过50个结合位点。4.选取5个具有代表性的circRNA（hsacirc0020917、hsacirc0022393、hsacirc0025653、hsacirc0040626、hsacirc0085087）行qRT-PCR验证,差异性结果与原样本芯片测得差异性一致。结论:1.本次研究中发现与KS组织与瘤旁对照组织中存在差异性表达的circRNA,经分析、注释、关联,推测差异表达的circRNAs可能参与了KS发病机制,提示circRNA可能是全新的卡波西肉瘤标记物和潜在的治疗靶点。2.差异表达的circRNAs主要富集于调节细胞分化成熟过程相关分子及与代谢相关通路中。3.Y染色体上hsacirc0092207发生下调可能与男性患者发病相关。4.hsacirc0020917可能是一个潜在的生物标志物分子。
二、基因芯片技术在血液系统疾病研究中的应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、基因芯片技术在血液系统疾病研究中的应用（论文提纲范文）
（1）295例儿童难治性肺炎的临床特征分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 前言 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 相关诊断标准 |
| 2.3 病原学检测方法 |
| 2.4 临床资料收集 |
| 2.5 统计学分析 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 难治性肺炎患儿相关情况分析 |
| 3.2 难治性肺炎基础疾病分析 |
| 3.3 难治性肺炎临床症状及体征 |
| 3.4 难治性肺炎辅助检查分析 |
| 3.5 相关并发症分析 |
| 3.6 治疗及转归 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 基于分子生物学的下呼吸道感染病原体检测方法研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（2）新型便携式生物芯片技术的研究及其在疾病早期诊断中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 疾病早期诊断的背景及意义 |
| 1.2 现有的疾病诊断方法 |
| 1.3 现场快速检测方法概括 |
| 1.4 生物芯片技术概括 |
| 1.4.1 寡核苷酸芯片 |
| 1.4.2 蛋白质芯片 |
| 1.4.3 微流控芯片 |
| 1.4.4 传统生物芯片信号检测技术 |
| 1.5 新型生物芯片检测方法概括 |
| 1.5.1 CD/DVD/BD生物传感器 |
| 1.5.2 基于便携式CMOS和CCD图像的检测技术 |
| 1.6 本文研究内容 |
| 参考文献 |
| 第二章 新型生物芯片基底—蓝光光盘膜的研究及其生物阵列的制备 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验部分 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.1.1 试剂与仪器 |
| 2.2.1.2 缓冲液的配置 |
| 2.2.2 BD光盘膜表面性能研究 |
| 2.2.3 基于微流控技术的DNA阵列的制备 |
| 2.2.4 BD膜表面纸基通道的设计和生物阵列的制备 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 BD膜表面活化效果和材料表征 |
| 2.3.2 BD膜表面DNA阵列检测 |
| 2.3.3 BD膜表面基于纸基通道的链霉亲和素检测 |
| 2.4 本章小结 |
| 参考文献 |
| 第三章 基于标准光盘/光驱数字化检测技术的新生儿感染性疾病敏感指标联合快速检测 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验部分 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 Mini DVD表面墨点的制备与读取 |
| 3.2.3 Mini DVD表面三明治免疫反应结构制备 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 Mini DVD数字化检测体系研究 |
| 3.3.2 CRP、SAA和PCT三明治免疫法检测的条件优化 |
| 3.3.3 CRP、SAA和PCT的定量检测 |
| 3.3.4 CRP、SAA和PCT的同时检测 |
| 3.4 本章小结 |
| 参考文献 |
| 第四章 DNA微阵列在埃博拉病毒诊断中的应用 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验部分 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.1.1 主要试剂与仪器 |
| 4.2.1.2 缓冲液的配制 |
| 4.2.2 埃博拉病毒检测材料和探针的设计 |
| 4.2.3 质粒DNA提取和RT-PCR |
| 4.2.4 DNA杂交芯片的制备 |
| 4.3 实验结果与讨论 |
| 4.3.1 DNA杂交检测原理 |
| 4.3.2 芯片表面活化和DNA杂交阵列制备 |
| 4.3.3 DNA杂交反应条件优化 |
| 4.3.4 互补配对DNA链的杂交定量检测 |
| 4.3.5 特异性研究 |
| 4.3.6 埃博拉病毒检测 |
| 4.4 本章小结 |
| 4.5 参考文献 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 完成的主要工作 |
| 5.2 工作计划和展望 |
| 攻读学位期间取得的科研成果 |
| 致谢 |
（3）新型载药纳米体系的构建及其促进血栓溶解作用的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 Fe_3S_4 纳米颗粒的制备与特性检验及Fe_3S_4 纳米颗粒在体内代谢及毒性的相关验证 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 主要试剂 |
| 1.2 主要仪器与设备 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.4 统计学分析方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第二部分 Fe_3S_4 纳米颗粒在NIR和 AMF作用下对过氧化氢处理人脐静脉内皮细胞损伤的保护作用 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 主要试剂 |
| 1.2 主要仪器与设备 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.4 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第三部分 Fe_3S_4 纳米颗粒在NIR和 AMF作用下对过氧化氢处理人肺血管内皮细胞氧化损伤的保护作用 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 主要试剂 |
| 1.2 主要仪器与设备 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.4 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第四部分 基于生物芯片技术的Fe_3S_4 纳米颗粒在NIR和 AMF作用下对过氧化氢处理人脐静脉内皮细胞损伤的保护作用相关机制的初步研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 主要试剂 |
| 1.2 主要仪器与设备 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.4 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第五部分 尿激酶型纤溶酶原激活剂在Fe_3S_4纳米颗粒上的固定化后光热激发药物释放加速血栓溶解 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 主要试剂 |
| 1.2 主要仪器与设备 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.4 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 纳米载药体系的建立及其在在临床治疗中的应用进展 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间获得的学术成果 |
| 个人简历 |
| 导师评阅表 |
（4）慢性胃炎脾虚证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 文献综述 |
| 综述一 脾虚证内涵源流及现代研究进展 |
| 一、前言 |
| 二、脾虚证的中医概念形成源流 |
| 三、脾虚证的现代研究进展 |
| 四、总结与展望 |
| 五、参考文献 |
| 综述二 转录组学在中医证候研究中的应用 |
| 一、前言 |
| 二、转录组学及其检测技术概况 |
| 三、转录组学与中医证候 |
| 四、总结与展望 |
| 五、参考文献 |
| 前言 |
| 第一部分 健康人气虚体质相关差异表达LNCRNA、MIRNA和MRNA研究及CERNA网络调控的构建 |
| 一、背景与目的 |
| 二、资料与方法 |
| 三、结果 |
| 四、讨论 |
| 五、小结 |
| 第二部分 慢性胃炎脾虚证相关差异表达LNCRNA、MIRNA和MRNA研究及CERNA网络调控的构建 |
| 一、背景与目的 |
| 二、资料与方法 |
| 三、结果 |
| 四、讨论 |
| 五、小结 |
| 结语和展望 |
| 一、脾虚证的潜在生物学机制 |
| 二、本研究的局限性 |
| 三、对中医学现代化研究的思考与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 在学期间主要研究成果 |
（5）长链非编码RNA01278竞争性抑制miR-500b-5p调控ACTG2促进平滑肌细胞增殖在主动脉夹层形成中的作用机制研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 中英文缩略表 |
| 综述 长链非编码RNA在心血管疾病中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 第1章 绪论 |
| 第2章 主动脉夹层升主动脉组织特点及增殖型血管平滑肌细胞模型诱导 |
| 概述 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 主动脉夹层患者入组及对照体系建立 |
| 2.1.2 实验试剂 |
| 2.1.3 实验仪器 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 升主动脉组织HE染色法 |
| 2.2.2 升主动脉组织免疫组化 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 入组患者信息 |
| 2.3.2 血管形态学特点 |
| 2.3.3 人升主动脉血管平滑肌细胞增殖型细胞模型诱导 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第3章 主动脉夹层患者升主动脉血管平滑肌细胞长链非编码RNA和m RNA表达谱的研究 |
| 概述 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 实验试剂 |
| 3.1.2 实验仪器 |
| 3.1.3 lncRNA和 m RNA芯片信息 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 实验组和对照组组织RNA提取 |
| 3.2.2 lncRNA和 m RNA基因芯片检测 |
| 3.2.3 基因芯片实时定量PCR验证 |
| 3.2.4 统计学分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 升主动脉样本检测 |
| 3.3.2 RNA琼脂糖凝胶电泳 |
| 3.3.3 标记效率质控 |
| 3.3.4 lncRNA和 mRNA高通量基因芯片结果 |
| 3.3.5 lncRNA和 mRNA高通量基因芯片原始和矫正结果 |
| 3.3.6 差异表达lncRNA高通量基因芯片结果筛选 |
| 3.3.7 差异表达m RNA高通量基因芯片结果筛选 |
| 3.3.8 实时定量PCR验证lncRNA和 mRNA高通量基因芯片准确性 |
| 3.4 讨论 |
| 第4章 主动脉夹层患者升主动脉平滑肌组织差异表达lncRNA和 mRNA的现代高通量生物信息学分析 |
| 概述 |
| 4.1 生物信息学研究工具 |
| 4.2 研究方法 |
| 4.2.1 差异表达m RNA高通量基因芯片现代生物信息学分析 |
| 4.2.2 差异表达lncRNA和 miRNA ceRNA调控网络构建 |
| 4.2.3 韦恩分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 交叉融合分析主动脉夹层基因测序 |
| 4.3.2 共同表达差异基因富集分析 |
| 4.3.3 共表达差异基因蛋白互作网络 |
| 4.3.4 主动脉夹层核心发病基因预测 |
| 4.3.5 lncRNA及 miRNA预测以及韦恩分析 |
| 4.3.6 lncRNA及miRNA以及mRNA调控网络 |
| 4.4 讨论 |
| 第5章 linc01278 在主动脉夹层血管平滑肌细胞增殖及表型转化过程中的分子机制 |
| 概述 |
| 5.1 实验材料 |
| 5.1.1 实验试剂 |
| 5.1.2 实验仪器 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1荧光原位杂交实验 |
| 5.2.2 linc01278 干扰实验 |
| 5.2.3 linc01278 过表达实验 |
| 5.2.4 细胞增殖实验 |
| 5.2.5 细胞迁移实验 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 荧光原位杂交确认linc01278 位于细胞质中 |
| 5.3.2 敲低linc01278 后主动脉夹层血管平滑肌细胞发生表型转换 |
| 5.3.3 过表达linc01278 后主动脉夹层血管平滑肌细胞发生表型转换 |
| 5.4 讨论 |
| 第6章 miR-500b-5p与 linc01278和ACTG2 结合位点验证 |
| 概述 |
| 6.1 实验材料 |
| 6.1.1 实验试剂 |
| 6.1.2 实验仪器 |
| 6.1.3 荧光素酶报告基因质粒 |
| 6.2 实验方法 |
| 6.2.1 linc01278和ACTG2 结合位点序列合成 |
| 6.2.2 将位点序列插入荧光素酶报告基因质粒 |
| 6.2.3 将带有目的序列的pGL6-miR质粒转染293T细胞 |
| 6.2.4 萤光素酶报告基因检测 |
| 6.2.5 统计学分析 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 linc01278与miR-500b-5p结合位点验证 |
| 6.3.2 ACTG2与miR-500b-5p的结合位点验证 |
| 6.4 讨论 |
| 第7章 结论 |
| 创新点与不足之处 |
| 参考文献 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 |
| 致谢 |
（6）面肩肱型肌营养不良1型的产前诊断及遗传学分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 面肩肱型肌营养不良的遗传学研究进展 |
| 参考文献 |
| 个人简历及在研期间发表论文 |
| 致谢 |
（7）参术冠心方联合西药治疗气虚痰瘀型冠脉临界病变患者的临床研究及基因组学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一章 冠脉临界病变的中西医认识及治疗 |
| 1.1 西医对冠脉临界病变的认识 |
| 1.1.1 冠脉临界病变的流行病学 |
| 1.1.2 冠脉临界病变及冠脉临界病变诱发心绞痛的机制 |
| 1.1.3 冠脉临界病变的诊断与治疗 |
| 1.2 中医对冠脉临界病变的认识 |
| 1.2.1 胸痹的命名 |
| 1.2.2 历代医家对胸痹的认识 |
| 1.2.3 胸痹气虚痰瘀证证候研究 |
| 1.2.4 冠脉临界病变的中医药治疗 |
| 1.2.5 参术冠心方的理论基础及前期研究 |
| 第二章 参术冠心方联合西药治疗气虚痰瘀型冠脉临界病变患者的临床研究 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 临床资料 |
| 2.2.1 研究目的 |
| 2.2.2 研究对象 |
| 2.2.3 纳入与排除标准 |
| 2.3 研究内容 |
| 2.4 研究方法 |
| 2.4.1 随机方法 |
| 2.4.2 样本量 |
| 2.5 研究方法 |
| 2.5.1 干预措施 |
| 2.5.2 合并疾病相关治疗事项 |
| 2.5.3 一般资料统计 |
| 2.5.4 疗效评价指标 |
| 2.5.5 疗效观察指标及观察时间点 |
| 2.5.6 安全性观察指标 |
| 2.5.7 观察记录方法 |
| 2.5.8 疗效评定标准 |
| 2.5.9 相关仪器设备 |
| 2.5.10 左心室前间壁跨壁灌注梯度测量方法 |
| 2.5.11 统计学处理 |
| 2.5.12 伦理监管 |
| 2.6 研究结果 |
| 2.6.1 研究完成概况 |
| 2.6.2 患者一般资料 |
| 2.6.3 两组患者西药使用情况比较 |
| 2.6.4 治疗前两组冠状动脉狭窄程度比较 |
| 2.6.5 疗效指标 |
| 2.6.6 安全性指标比较 |
| 2.7 讨论 |
| 2.7.1 参术冠心方治疗冠脉临界病变的思路及理论源流 |
| 2.7.2 参术冠心颗粒治疗冠脉临界病变的临床疗效分析 |
| 2.7.3 参术冠心方可用于治疗冠脉临界病变的现代药理学研究 |
| 2.7.4 结论 |
| 第三章 心血管疾病基因组学相关研究的文献分析 |
| 3.1 研究目的 |
| 3.2 研究方法 |
| 3.2.1 文献获取及检索方法 |
| 3.3 研究纳入标准 |
| 3.3.1 研究疾病 |
| 3.3.2 文献类型 |
| 3.3.3 研究技术 |
| 3.3.4 研究指标 |
| 3.3.5 研究内容 |
| 3.4 文献筛选 |
| 3.5 资料提取与分析 |
| 3.6 结果 |
| 3.6.1 文献检索结果 |
| 3.6.2 纳入研究基本资料分析 |
| 3.7 讨论 |
| 3.7.1 基因组学研究是心血管疾病研究的重要方向 |
| 3.7.2 基因组学技术应用于中医药治疗心血管疾病的研究 |
| 3.7.3 中医相关基因组学研究质量有待提升 |
| 第四章 参术冠心方对比安慰剂联合西药治疗冠脉临界病变患者的基因组学研究 |
| 4.1 研究目的 |
| 4.2 研究对象 |
| 4.2.1 病例来源及一般临床资料 |
| 4.3 材料与方法 |
| 4.3.1 主要仪器、药品和试剂 |
| 4.3.2 实验操作 |
| 4.4 结果 |
| 4.4.1 样本RNA质检结果 |
| 4.4.2 箱线图 |
| 4.4.3 样本相关性分析 |
| 4.4.4 参术冠心方组与安慰剂组差异表达筛选 |
| 4.4.5 聚类分析 |
| 4.4.6 蛋白互作网络分析(protein-protein interaction network) |
| 4.4.7 GO分析 |
| 4.4.8 基因通路富集分析(KEGG,京都基因与基因组百科全书) |
| 4.5 circRNA host基因富集分析 |
| 4.5.1 GO分析 |
| 4.5.2 KEGG pathway分析 |
| 4.6 构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络 |
| 4.7 参术冠心方对比安慰剂联合西药治疗冠脉临界病变的差异LNCRNA高级分析 |
| 4.7.1 LncRNA与差异基因共表达分析 |
| 4.7.2 LncRNA功能预测 |
| 4.7.3 lncRNA cis(顺式)作用靶基因分析 |
| 4.7.4 lncRNA trans(反式)作用靶基因分析 |
| 4.7.5 LncRNA转录因子关联分析 |
| 4.8 Q-PCR验证分析 |
| 4.8.1 挑选验证的差异lncRNA及差异mRNA |
| 4.8.2 引物设计 |
| 4.8.3 扩增曲线及熔解曲线 |
| 4.8.4 全血中差异mRNA的q-PCR检测 |
| 4.8.5 全血中差异lncRNA的q-PCR检测 |
| 4.9 实验结果分析与讨论 |
| 4.9.1 参术冠心方对比安慰剂治疗冠脉临界病变差异lncRNA、circRNA、mRNA表达谱分析 |
| 4.9.2 GO分析及KEGG富集分析结果分析 |
| 4.9.3 LncRNA-mRNA-miRNA构成ceRNA调控网络分析 |
| 4.9.4 LncRNA的高级分析 |
| 4.9.5 q-PCR验证结果分析 |
| 4.10 总结 |
| 讨论 |
| 结语 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在校期间发表论文情况 |
| 致谢 |
| 附件 |
（8）3p25.3p25.2染色体杂合缺失伴矮小及多发畸形男童的遗传学特征与临床表型研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 1.前言 |
| 2.研究对象与方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 方法 |
| 2.3 实验试剂与主要仪器设备 |
| 2.4 技术路线与检验流程 |
| 3.结果 |
| 3.1 研究对象表型 |
| 3.2 3p25.3p25.2患儿临床表型 |
| 3.3 染色体核型分析 |
| 3.4 PCR流式细胞仪淋巴细胞亚群血液肿瘤学指标检测结果 |
| 3.5 外显子测序 |
| 3.6 单核苷酸多态性微阵列芯片分析 |
| 3.7 临床表型分析 |
| 4.讨论 |
| 5.结论 |
| 6.创新之处 |
| 7.局限之处 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 综述 染色体基因组芯片分析在胎儿产前诊断、儿童不明原因智力低下、多发畸形及自闭症诊断中的应用 |
| 参考文献 |
（9）中国荷斯坦奶牛酮病抗性选择信号分析及基因功能验证（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 奶牛酮病的概况 |
| 1.1.1 奶牛酮病的发生 |
| 1.1.2 奶牛酮病的症状和分类 |
| 1.1.3 奶牛酮病的诊断方法 |
| 1.1.4 奶牛酮病的发病率和危害 |
| 1.1.5 奶牛酮病的预防和治疗 |
| 1.2 全基因组关联分析的研究进展 |
| 1.2.1 全基因组关联分析的原理 |
| 1.2.2 单核苷酸多态性 |
| 1.2.3 基因芯片技术 |
| 1.2.4 全基因组关联分析的模型 |
| 1.2.5 全基因组关联分析的步骤 |
| 1.2.6 全基因组关联分析在奶牛酮病抗性上的应用 |
| 1.3 选择信号分析 |
| 1.3.1 选择信号的概念 |
| 1.3.2 选择信号的检测方法 |
| 1.3.3 选择信号分析的研究进展 |
| 1.4 基因型填充 |
| 1.4.1 基因型填充原理及主要算法 |
| 1.4.2 基因型填充策略 |
| 1.4.3 基因型填充在全基因组关联分析中的应用 |
| 1.5 APOA1 基因和CPT1A基因研究进展 |
| 1.6 技术路线 |
| 1.7 立体依据与研究意义 |
| 第2章 基因型填充 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料和设备试剂 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 实验设备和试剂 |
| 2.2.3 主要软件、数据库和网站 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 数据调取与个体筛选 |
| 2.3.2 血液采集以及血液β-羟丁酸浓度测定 |
| 2.3.3 血液总DNA的提取和质量检测 |
| 2.3.4 血卡滴定 |
| 2.3.5 基因芯片分型和质量控制 |
| 2.3.6 在线数据库芯片数据获取与质量控制 |
| 2.3.7 利用Fimpute软件的第一步基因型填充 |
| 2.3.8 利用Beagle软件的第二步基因型填充 |
| 2.3.9 染色体数据合并和整理 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 采集血液样本的β-羟丁酸含量 |
| 2.4.2 参考150K标记面板的质量控制 |
| 2.4.3 两步法基因型填充数据 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 本章小结 |
| 第3章 全基因组关联分析与选择信号分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料和设备试剂 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 实验设备和试剂 |
| 3.2.3 主要软件、数据库和网站 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 表型数据的转化 |
| 3.3.2 基因型数据的质量控制 |
| 3.3.3 群体分层分析 |
| 3.3.4 全基因组关联分析 |
| 3.3.5 选择信号分析 |
| 3.3.6 P值矫正和标准化 |
| 3.3.7 基因注释和富集分析 |
| 3.3.8 多基因风险评分 |
| 3.4 结果与分析 |
| 3.4.1 基因型数据的质量控制 |
| 3.4.2 群体分层分布 |
| 3.4.3 酮病抗性的全基因组关联分析 |
| 3.4.4 选择信号分析 |
| 3.4.5 基因富集 |
| 3.4.6 多基因风险评分 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 群体分层分析 |
| 3.5.2 全基因组关联分析与酮病性状相关的候选基因 |
| 3.5.3 正向选择信号分析与酮病性状相关的候选基因 |
| 3.5.4 基因通路富集和关键候选基因 |
| 3.5.5 多基因风险评分 |
| 3.6 本章小结 |
| 第4章 候选基因APOA1、CPT1A基因的功能验证 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料和设备试剂 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 实验设备和试剂 |
| 4.2.3 主要软件、数据库和网站 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 血液RNA的提取和c DNA的转化 |
| 4.3.2 荧光定量PCR检测 |
| 4.3.3 免疫印迹和冰冻切片免疫组织化学程序 |
| 4.3.4 APOA1 基因和CPT1A基因外显子部分和5'侧翼区测序 |
| 4.3.5 测序数据比对和基因分型 |
| 4.3.6 基因多态性和血酮值或二元性状的关联性分析 |
| 4.3.7 生物信息学分析核心启动区域 |
| 4.3.8 APOA1 基因和CPT1A基因启动子报告质粒的克隆与构建 |
| 4.3.9 瞬时转染和荧光素酶报告基因测定 |
| 4.4 结果与分析 |
| 4.4.1 APOA1 基因和CPT1A基因在奶牛肝脏中的表达与定位 |
| 4.4.2 APOA1 基因和CPT1A基因5'侧翼区遗传变异的鉴定 |
| 4.4.3 单核苷酸多态位点酮病表型的相关性分析 |
| 4.4.4 APOA1 基因和CPT1A基因的核心启动子区域的确定 |
| 4.4.5 APOA1和CPT1A基因的不同基因型核心启动子区域活性 |
| 4.5 讨论 |
| 4.5.1 APOA1 基因和CPT1A基因的表达差异 |
| 4.5.2 APOA1 基因和CPT1A基因多态性和奶牛酮病的相关性 |
| 4.5.3 APOA1 基因和CPT1A基因调控酮病的发生 |
| 4.6 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文和参加科研情况 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 附录 |
（10）卡波西肉瘤环状RNA表达谱的差异分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 中英文缩略词对照表 |
| 前言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料和试剂 |
| 1.1.1 主要试剂 |
| 1.1.2 主要仪器 |
| 1.2 研究对象和临床标本的选择 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 对采集的标本进行实验前处理 |
| 1.3.2 对RNA样品的检测 |
| 1.4 统计学处理 |
| 1.4.1 环状RNA芯片初筛 |
| 2 数据分析 |
| 2.1 原始数据的归一化处理 |
| 2.2 原始数据的扁平化处理 |
| 2.3 差异性circRNA数据进一步分析 |
| 2.3.1 差异基因层级聚类 |
| 2.3.2 差异表达的基因进行注释及GO及KEGG富集分析 |
| 2.3.3 circRNA吸附miRNA预测、circRNA-miRNA网络关联分析 |
| 3 qRT-PCR验证候选环状RNA |
| 3.1 引物设计 |
| 3.2 提取总RNA |
| 3.3 反转录合成cDNA |
| 3.4 实时荧光定量PCR反应 |
| 3.5 统计学分析 |
| 4 结果 |
| 4.1 质量检测结果 |
| 4.1.1 总RNA质量鉴定 |
| 4.2 circRNA表达谱分布情况 |
| 4.2.1 差异表达的circRNA |
| 4.2.2 分层聚类分析 |
| 4.2.3 生物信息学分析 |
| 4.2.4 差异表达的circRNA的qRT-PCR验证 |
| 5 讨论 |
| 5.1 卡波西肉瘤国际及新疆流行现状及特征 |
| 5.2 卡波西肉瘤病毒特异性及其传播途径 |
| 5.3 卡波西肉瘤病理特点与组织来源 |
| 5.4 卡波西肉瘤与非编码RNA |
| 5.4.1 卡波西肉瘤与miRNA |
| 5.4.2 环状RNA与卡波西肉瘤 |
| 5.5 Gene Ontology功能显着性富集分析 |
| 5.6 KEGG通路富集circRNA分析 |
| 5.7 Y染色体来源的差异性circRNA:hsa_circ_0092207 及其余特征性circRNA分析 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 文献综述 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师评阅表 |
四、基因芯片技术在血液系统疾病研究中的应用（论文参考文献）
- [1]295例儿童难治性肺炎的临床特征分析[D]. 陈雯嫣. 大理大学, 2021(09)
- [2]新型便携式生物芯片技术的研究及其在疾病早期诊断中的应用[D]. 张玲玲. 太原理工大学, 2021(01)
- [3]新型载药纳米体系的构建及其促进血栓溶解作用的研究[D]. 付大鹏. 新疆医科大学, 2020(03)
- [4]慢性胃炎脾虚证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络研究[D]. 桑小普. 北京中医药大学, 2020(04)
- [5]长链非编码RNA01278竞争性抑制miR-500b-5p调控ACTG2促进平滑肌细胞增殖在主动脉夹层形成中的作用机制研究[D]. 王维铁. 吉林大学, 2020(08)
- [6]面肩肱型肌营养不良1型的产前诊断及遗传学分析[D]. 郑玉婷. 郑州大学, 2020(02)
- [7]参术冠心方联合西药治疗气虚痰瘀型冠脉临界病变患者的临床研究及基因组学研究[D]. 金晓. 广州中医药大学, 2020(06)
- [8]3p25.3p25.2染色体杂合缺失伴矮小及多发畸形男童的遗传学特征与临床表型研究[D]. 赵晓峰. 安徽医科大学, 2020(02)
- [9]中国荷斯坦奶牛酮病抗性选择信号分析及基因功能验证[D]. 白佳琛. 河北工程大学, 2020(08)
- [10]卡波西肉瘤环状RNA表达谱的差异分析[D]. 刘治全. 石河子大学, 2020(08)