一、癌基因MUC4研究进展（论文文献综述）
赵营,赵光日,吴蕴瑜,吕晓刚,黄高延[1]（2021）在《子宫内膜癌组织残疾基因同源物2、核连蛋白-2、黏蛋白4的表达及与预后的关系研究》文中指出目的:研究子宫内膜癌组织残疾基因同源物2（DAB2）、核连蛋白-2（nucleobindin-2）、黏蛋白4（MUC4）的表达及与预后的关系。方法:将我院从2015年1月2017年1月收治的子宫内膜癌患者82例纳入研究。分别采集所有患者的子宫内膜癌组织以及癌旁正常组织,以免疫组化法检测不同子宫内膜组织中的DAB2、nucleobindin-2、MUC4表达情况并进行对比。分析子宫内膜癌组织DAB2、nucleobindin-2、MUC4阳性率与临床病理特征的关系。此外,通过Kaplan-Merier生存曲线分析上述蛋白表达与预后的关系,并以Cox比例风险回归模型分析子宫内膜癌患者预后的影响因素。结果:子宫内膜癌组织DAB2阳性率低于癌旁正常组织,而nucleobindin-2、MUC4阳性率均高于癌旁正常组织（均P<0.05）。TNM分期ⅢⅣ期、淋巴结转移子宫内膜癌患者的DAB2阳性率低于TNM分期ⅠⅡ期、无淋巴结转移患者,而nucleobindin-2、MUC4阳性率均高于TNM分期ⅠⅡ期、无淋巴结转移患者（均P<0.05）。所有患者均进行时长360个月的随访,中位随访时间为31个月,至随访结束,DAB2蛋白阳性患者的无进展生存率分别为66.67%（20/30）,明显高于DAB2蛋白阴性患者的19.23%（10/52）;而nucleobindin-2、MUC4蛋白阳性患者的无进展生存率分别为22.95%（14/61）、24.56%（14/57）,明显低于nucleobindin-2、MUC4蛋白阴性患者的76.19%（16/21）、64.00%（16/25）,差异均有统计学意义（均P<0.05）。Cox比例风险回归模型分析结果可得:TNM分期、淋巴结转移以及DAB2蛋白阴性、nucleobindin-2蛋白阳性、MUC4蛋白阳性均是子宫内膜癌患者预后的影响因素（均P<0.05）。结论:子宫内膜癌组织DAB2存在异常低表达,而nucleobindin-2、MUC4均存在异常高表达,联合检测上述三项蛋白表达情况可能有助于子宫内膜癌的诊断和预后评估。
王琳[2]（2020）在《肿瘤异质性及EprinA3信号调控口腔鳞癌转移的初步研究》文中研究表明第一部分 肿瘤异质性驱动口腔鳞癌淋巴结转移的研究口腔鳞状细胞癌（OSCC）是世界上第六常见的恶性肿瘤,表现为不同程度的分化和淋巴结转移。虽然在OSCC的手术技术和其他治疗方面取得了很大的进展,但原发性肿瘤切除、功能性颈淋巴结清扫或放疗后的复发率仍然很高。肿瘤内异质性（ITH）是由肿瘤进展的持续突变引起的。随着肿瘤的不断发展,单个细胞和克隆在肿瘤微环境中不断争夺营养、氧气和空间。在这种选择性环境中,克隆进化并获得突变,使其得以生存和增殖,并且基本上成为显性亚克隆,而其他克隆要么消亡,要么保持沉默。基于对OSCC的全外显子测序（WES）基因组研究,我们分析了OSCC的基因组突变,特别是体细胞突变和肿瘤的进化树,表明OSCC的瘤内异质性是在不同区域的单个肿瘤间隙中进行的,并对这些不同的肿瘤片段进行分析,发现不同片段的独特性和共同拷贝数的变化。早期的研究表明,肿瘤克隆具有广泛的遗传和生物学特性。我们的结果可以进一步揭示OSCC的复杂性和异质性。这些发现可能有助于未来的临床试验发展,克服肿瘤的时空异质性,改善OSCC患者的临床治疗状况。目的:口腔鳞状细胞癌（OSCC）是口腔癌中最常见的一种类型,但对其发生发展及转移的驱动机制研究尚不多见。在这项研究中,我们旨在探究OSCC的瘤内异质性和亚克隆突变对于淋巴结转移的驱动作用,以确定新的潜在治疗靶点。方法:为解决这个问题,我们对18例OSCC患者的86个肿瘤区域的所有外显子进行了测序。由包含测序适配器的Illumina机器读取碱基,然后移除含有五个以上未知碱基的低质量片段以获得干净的数据。这些干净的数据被映射到人类参考基因组（GRCh38）上,并使用ANNOVAR进行变异注释。用GATK4Alpha分析体细胞拷贝数的变化,然后用肿瘤和正常组织的比例覆盖进行标准化,然后进行切线标准化。最后,采用循环二值分割法对拷贝比部分进行分割。在此基础上,筛选肿瘤驱动基因,构建OSCC肿瘤进化树,分析转移特征。结果:1.口腔鳞癌的异质性。肿瘤异质性不仅存在于不同患者中,而且存在于同一患者内部。同一样本中的口腔鳞癌也显示出不同亚型。在原发性肿瘤中,染色体不稳定主要表现为三倍体甚至多倍体,单倍体较少。转移性肿大淋巴结以单倍体为主。结果表明,OSCC的原发灶和转移淋巴结中均存在异质性肿瘤细胞,包括存在于患者的血液中。这些异质性肿瘤细胞在肿瘤的发生、转移、远处的定植和肿瘤微环境的维持中发挥着重要作用。2.全外显子测序（WES）。用18例原发性OSCC患者的基因组DNA进行WES检测。共对86个肿瘤区域进行了测序,平均覆盖深度为100×。共鉴定出1,720个非沉默体细胞突变（影响1,287个基因）和433个沉默突变,验证率为90%。同时在现有OSCC测序数据的基础上,对潜在的驱动突变进行了鉴定。根据以前在其他肿瘤类型中的发现,驱动突变是肿瘤发展的相对早期的。然后,推测的驱动突变被分为致癌基因突变和肿瘤抑制基因突变。半数的亚克隆突变位于肿瘤进化树的分支上,靶基因包括TP53、MROH8、MUC4、KMT2D、DMD和NOTCH可影响肿瘤的进化和转移。这些发现表明,在考虑抑制OSCC中的这些突变体时应额外小心。3.拷贝数变异（CNA）。我们检测了单个区域体细胞突变的克隆状态。分析肿瘤细胞的局部拷贝数、VAF和纯度。计算CCF。驱动因素包括许多癌基因,包括TP53、MROH8、MUC4、KMT2D、DMD和NOTCH1,它们强调了这种亚克隆突变在OSCC形成和转移中的重要作用。例如,在OSCC95309中,在T1和T3区观察到染色体7p11.2（包括KMT2D）扩增,而在T2和T4区则没有。同样,染色体9p21.3（含有MROH8和AADACL3）的缺失在某些情况下是普遍存在的,但在其他样本中也发生了异质性像差。唯一发现普遍存在的驱动CNA是11q13的拷贝数增益,其中包括许多癌基因,如NOTCH1、MUC4和KLHL4,突出了这种畸变作为OSCC发展中的创始基因组损伤的重要性。这些结果表明,与体细胞突变相似,CNAs也显示出显着的空间ITH,与其他几种癌症的观察结果一致。体细胞突变率（每例平均=238个突变）高于每个肿瘤区域（每个区域平均=187个突变）。例如,KMT2D突变仅在20.9%的肿瘤区域（与先前的结果一致）和1.33%的病例中检测到。此外,在每个肿瘤区域检测到的亚克隆突变的比例大大低于每个病例。这些结果表明,亚克隆突变也显示出类似于体细胞突变的ITH,这一特征在其他几种癌症中是一致的。因此,单个活检的测序数据分析可能低估了突变的发生率,尤其是那些在发病后期获得的突变。4.肿瘤异质性和亚克隆突变影响口腔鳞癌进化。为了研究ITH和OSCC的基因组进化,在鉴定每个肿瘤区域的体细胞突变（沉默和非沉默）的基础上构建了一个系统发育树。每棵树的主干、“共享”分支和“私有”分支分别代表所有肿瘤区域、一些肿瘤区域（但不是所有肿瘤区域）和只有一个肿瘤区域的突变。在不同的条件下,系统发育树变化很大。所有OSCC患者均表现出空间ITH的证据,空间异质性的体细胞变异平均占60.68%（范围29.7%-97.2%）。根据大规模OSCC测序数据确定了潜在的驱动突变。总体上,树干驱动突变的富集显着高于乘客突变（77.8%对63.8%;P=0.023）。这一结果表明,驱动突变是肿瘤进化过程中相对较早的事件,与其他肿瘤类型的先前发现一致。然后,推测的驱动突变被分离为驱动突变,发生在癌基因或肿瘤抑制基因。值得注意的是,一半定位于分支的驱动突变（50.0%）位于癌基因中,包括TP53、MROH8、MUC4、KMT2D、DMD和NOTCH。潜在可操作的突变,如针对PRUNE2和CASP8的突变,往往是致癌的分支事件。例如,5例中有18例存在KMT2D突变,在所有突变病例中均位于分支的近端。5.亚克隆突变在肿瘤转移中的作用。通过突变谱分析,我们可以知道每个肿瘤样本中各种类型突变的数量（如C>T/G>A）,以及样本是否偏好某种类型的突变。通过分析体细胞突变的特征,可以研究不同癌症物种的体细胞点突变特征。在几个突变频率高的亚克隆突变中,沉默突变占最大比例。在86个样本中,高频突变基因之间可能存在协同或相互排斥的关系。协同效应表明,这两个基因可能必须同时突变,以产生致癌作用。互斥效应表明,如果单独突变,这两个基因可能是致癌的。例如,TP53协同和相互排斥的基因可以作为进一步研究OSCC进展和耐药性的靶点。肿瘤中大多数亚克隆突变富集途径与肿瘤的进展和转移有关,如Hippo信号通路、p53信号通路和凋亡通路。这些结果表明,亚克隆突变通过驱动肿瘤相关通路促进口腔鳞癌转移。6.突变谱和特征的时间解剖。为了确定OSCC突变的时间动态,利用解构图和签名分析树干和分支的突变。计算单个突变信号对每个肿瘤的贡献,并确定了所检查的肿瘤中的几个特征。推断的签名包括签名1（与年龄相关）、签名2和13（与APOBEC相关）、签名6和15（与DNA错配修复相关）、签名3（与DNA双链断裂修复相关）和签名7（与鳞状细胞癌的紫外线暴露相关）。在某些情况下,分支突变（如OSCC95309和OSCC94377）中观察到与DNA错配修复（包括特征6和20）和微卫星不稳定肿瘤（包括特征21）相关的特征的贡献增加。数据表明,在OSCC的进展中,各种突变过程可能在亚克隆多样性中发挥重要作用。结论:口腔鳞癌的肿瘤异质性和亚克隆突变主要发生在肿瘤抑制基因中,抑癌基因TP53、MROH8、MUC4、KMT2D、DMD和NOTCH等频繁地被驱动,与肿瘤发生和转移信号通路有关。我们对ITH和亚克隆突变的研究为进一步了解OSCC的发生和转移提供了重要的分子基础,为治疗本病提供了潜在的靶点。第二部分EprinA3信号介导的EMT调控口腔鳞癌转移的机制口腔癌是一种侵袭性较强的肿瘤,约90%以上为鳞状细胞癌。尽管在癌症的诊断和治疗方面取得了进展,但口腔鳞状细胞癌的5年生存率仍是所有口腔癌中最低的。上皮-间充质转换（EMT）是上皮细胞失去形态并获得间充质细胞形态特征的过程,对肿瘤转移具有重要意义。EMT标记物在OSCC患者的侵袭前表达,提示这一现象发生在肿瘤的进展过程中。因此,EMT对OSCC的预后有一定影响。OSCC中的EMT可归因于几种致癌途径,包括转化生长因子-β（TGF-β）/Smad通路、磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B（AKT）信号通路、Notch通路和Wnt通路。我们前期研究表明,EphA2和EphrinA1在口腔鳞癌和唾液腺腺样囊性癌中过度表达。EphrinA3在胚胎神经系统生长发育中起着重要作用,但其在肿瘤发生和进展中的作用尚不清楚。目的:本研究旨在探讨EprinA3信号介导上皮-间质转化（EMT）在OSCC转移调控中的作用,为OSCC寻找新的治疗靶点。方法:2013年至2015年,我们收集了武汉大学口腔医院口腔颌面部头颈肿瘤外科53例口腔鳞癌患者的原发性肿瘤样本,并选择邻近的正常粘膜作为阴性对照。制备组织芯片,进行EphrinA3和E-cadherin染色评估并观察其相关性。使用CAL-27和SCC25这两个细胞系进行体外实验来研究EphrinA3信号与上皮-间质转化（EMT）的关系及主要信号通路的关系。最后,我们在裸鼠身上进行了荷瘤实验,以验证EprinA3信号对口腔鳞状细胞癌（OSCC）发生体内转移的调控机制。结果:1.口腔鳞癌中的EphrinA3与E-Cadherin表达呈负相关。我们测定了组织中EphrinA3和E-Cadherin染料的平均光密度值,发现EphrinA3不仅与E-cadherin表达呈负相关,而且与病理分级呈负相关,换句话说,在高级别肿瘤中,EphrinA3的表达降低。这一差异在Ⅰ级和Ⅱ级之间以及Ⅰ级和Ⅲ级之间有统计学意义（p<0.01）,但在Ⅱ级（p=0.357）之间无统计学意义。2.蛋白质谱分析显示EphrinA3与肿瘤进展有关。我们从过表达EphrinA3和转染vector组的CAL-27细胞中提取总蛋白,并用蛋白质组学方法对差异表达的蛋白进行定量分析。使用智人数据库命名差异表达蛋白,使用MASCOT2.6进行数据库检索。等压标记物用于相对和绝对定量,以定量化差异表达的蛋白质。总的来说,共有24种差异表达蛋白符合筛选标准,其中17个上调,7个下调。利用GO注释的富集分析,我们发现这些差异蛋白的一些生物学行为与肿瘤进展有关。3.EphrinA3介导了口腔鳞癌中的EMT。在24小时间隔内,EphrinA3-RNAi组的Cal-27和SCC-25细胞（代表敲除EFNA3基因的病毒转移后构建的SCC25和Cal-27细胞系）的划痕愈合能力比EphrinA3-mimics组（代表过表达蛋白EphrinA3的SCC25和Cal-27细胞系）组强。在12小时内,EphrinA3基因敲除组的Cal-27和SCC-25 细胞的侵袭能力强于 EphrinA3 基因高表达组。经 PTX（紫杉醇）处理后,转染Ephrin A3-RNAi病毒组的细胞凋亡率低于阴性对照组,而Ephrin A3-mimics病毒组的凋亡率高于阴性对照组。在EphrinA3基因敲除组中,Cal-27和SCC-25细胞的增殖能力强于EphrinA3过表达组。4.EphrinA3信号通过PI3K/AKT通路调控EMT。EphrinA3表达的降低可导致E-Cadherin表达的降低、N-Cadherin表达的升高,同时p-AKT（Ser473）表达也升高,表明PI3K/Akt通路被激活。应用EphrinA3-mimics后,E-cadherin过度表达,N-cadherin表达下降,同时p-AKT的表达也下降,表明PI3K/Akt通路受到抑制。5.抑制Ephrin A3的表达可促进体内肿瘤的增殖。Ephrin A3-RNAi组肿瘤体积大于以EphrinA3-mimics组（P<0.05）。用Western Blot对总蛋白进行分析,在体外实验中也发现了相同的趋势。因此,EphrinA3的敲除可促进肿瘤增殖,而EphrinA3的过度表达可能抑制肿瘤的增殖。6.MiR-210-3p靶向基因EFNA3调控肿瘤进展。我们利用三个数据库预测了四个靶向基因EFNA3的micro RNAs,验证了miR-210-3p在SCC-25和Cal-27细胞系中的表达。采用双荧光素酶检测法,进一步证实MIR-210-3p的目标基因是EFNA3。在SCC-25和Cal-27细胞中转染miR-210-3p后,实时PCR显示随着miR-210-3p表达的增加,EphrinA3的表达降低。然而,miR-210-3p表达的降低也增加了 EphrinA3的表达。因此,通过PI3K/AKT信号通路介导EFNA3基因的miR-210-3p可以调节口腔鳞癌细胞的EMT进程。结论:在口腔鳞癌中,miR-210-3p/EphrinA3/PI3K/ATK生物信号轴起着重要作用。通过该途径下调EphrinA3表达,可抑制口腔癌上皮间充质转化过程,进一步抑制口腔鳞癌的发生和转移。因此,EphrinA3可能成为口腔鳞癌治疗的新靶点。
费越[3]（2020）在《弥漫大B细胞淋巴瘤伴HBV既往感染患者临床特征、预后分析及突变基因的探索》文中研究表明第一部分:弥漫大B细胞淋巴瘤伴HBV既往感染患者临床特征及预后分析目的:该部分研究的主要目的是分析合并乙型肝炎病毒（Hepatitis B virus,HBV）既往感染的弥漫大B细胞淋巴瘤（Diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL）患者的临床特征及预后。方法:1.纳入2008年1月至2018年12月在天津医科大学肿瘤医院初治的经本院病理科采用病理学及组织学检查而确诊的188例DLBCL患者。所有患者均具有初诊时流行病学检查结果以及保存完好的新鲜组织或石蜡组织。2.收集所有患者初诊时的临床病理资料,包括:年龄、性别、病理亚型、临床分期、B症状、IPI评分、结外受累数目、脾受累情况、Ki-67、LDH、β2-MG、淋巴细胞绝对值、淋巴细胞百分比、疗效评价以及含乙肝五项在内的流行病学检查结果。3.通过查询门诊和住院病历以及打电话的方式随访、记录患者的生存情况,随访截止日期为2020年1月。4.采用SPSS 25.0软件分别对各组患者的临床病理特征及预后进行统计学分析。分类变量资料使用χ2检验,连续变量资料使用独立样本t检验,采用Graphpad Prism 8软件Kaplan-Meier法绘制生存曲线,并采用Logrank检验。取P<0.05为差异有统计学意义。结果:1.纳入的188例DLBCL患者中,HBV现症感染者26例,既往HBV感染者63例,HBV未感染者99例。将HBV现症感染患者剔除,本研究仅针对HBV既往感染者和HBV未感染者。该研究中,DLBCL伴HBV既往感染的比例约为33.51%（63/188）。2.DLBCL合并HBV既往感染的患者中男性较多（P=0.011）,Ki-67更高（Ki-67>50%vs Ki-67≤50%,P=0.050）且治疗效果更差（CR+PR vs SD+PD,P=0.021）。3.DLBCL合并HBV既往感染与年龄、病理亚型、临床分期、B症状、IPI评分、结外受累数目、脾受累情况、LDH、β2-MG、淋巴细胞绝对值、淋巴细胞百分比等无关（P>0.05）。4.生存分析显示,DLBCL患者中伴HBV既往感染者比HBV未感染者总生存更差（P=0.039）。亚组分析中,non-GCB亚型（P=0.048）、晚期（P=0.003）、IPI评分>2分（P=0.003）、LDH水平升高（P<0.001）的DLBCL患者,HBV既往感染者比HBV未感染者总生存更差。5.单因素生存分析显示,病理亚型、临床分期、IPI评分、B症状、LDH水平、淋巴细胞百分比和HBV既往感染均为DLBCL患者OS的不良预后因素。多因素分析显示,病理亚型、IPI评分和淋巴细胞百分比均为OS的独立预后不良因素,而HBV既往感染并不能独立影响DLBCL患者预后。结论:1.DLBCL合并HBV既往感染的患者具有其独特的临床特点:男性偏多、Ki-67更高、治疗效果更差。2.DLBCL患者中,HBV既往感染者比HBV未感染者总生存更差。并且在恶性程度较高、侵袭性较强的DLBCL患者中,HBV既往感染是不良预后因素之一,而在低危DLBCL患者中,并未观察到这种不良预后影响。第二部分:弥漫大B细胞淋巴瘤伴HBV既往感染患者基因突变谱的探索目的:挖掘HBV既往感染与HBV未感染DLBCL患者之间的差异突变基因。方法:1.采用美国Illumina公司的HiSeq X Ten高通量基因测序仪对上述188例DLBCL患者的肿瘤组织/外周血进行全外显子组测序/靶向测序。2.首先对其中42例同时具备新鲜肿瘤组织/石蜡组织及匹配的外周血DLBCL患者进行全外显子组测序;然后根据测序结果,结合既往文献报道的热点驱动基因,我们自主设计了一个含有307个基因的panel;最后对188例患者进行了靶向测序。3.将测序得到的原始数据过滤处理后,采用Mu Tect、Var Scan、CONTRA等软件进行变异识别,ANNOVAR进行变异注释,SIFT和Polyphen-2软件预测基因突变对蛋白质结构及功能影响,并采用GO富集分析和KEGG富集分析进行基因的功能分析和信号通路分析,进一步筛选出差异突变基因。结果:1.我们研究剔除了26例HBV现症感染患者的测序结果,仅分析HBV既往感染组和HBV未感染组的测序情况。162例患者测序结果中,共检测出总突变数74062个,其中非沉默突变7270个,共涉及264个不同的基因。在所有非沉默突变的SNVs中,G>A和C>T是最常见的单碱基突变类型,占全部碱基突变类型的39.1%。2.在我们的DLBCL研究队列中,最常见的突变基因（≥20%）有16个,包括MST1L,MUC4,MUC17,TTN,SIRPA,IGLLS,SPATA31C1,IGSF3,CEP164,PIM1,TP53,PLEC,BTG2,CPEB2,TNXB,KMT2D。3.选取SIFT评分<0.05或Poly Phen-2评分>0.909的突变位点,进一步筛选出9个HBV既往感染对编码蛋白有影响的特征突变基因,包括:MUC4,CPEB2,LAMC3,TCHH,FLG2,ANKRD11,ABCA7、MPEG1和EPPK1。4.通过基因功能分析和信号通路分析发现,HBV既往感染的DLBCL可能与Wnt、细胞运动、TP53等通路有关。结论:1.我们研究发现9个HBV既往感染与HBV未感染DLBCL患者的差异基因,包括MUC4、CPEB2、LAMC3、TCHH、FLG2、ANKRD11、ABCA7、MPEG1、EPPK1等。涉及的功能包括:影响细胞运动、抗免疫识别、抗凋亡、促进肿瘤细胞增殖及血管形成、促进肿瘤细胞远处转移和调控HBV复制等。其中MUC4、CPEB2、LAMC3和EPPK1在二组中具有显着差异。前三个基因突变在HBV既往感染组中更多见,而EPPK1在HBV未感染组中更常见。2.HBV既往感染DLBCL可能与Wnt、细胞运动、TP53等多条信号通路相关。
何旭霞[4]（2020）在《中国青老年结直肠癌基因分析及改良筛查方案的建立和验证》文中进行了进一步梳理第一部分中国青老年人散发性结直肠癌突变基因差异分析目的:针对前期得到的青老年人CRC全外显子测序结果,对比两组在体细胞突变数目和拷贝数变异（CNV）方面的差异,结合基因富集分析和肿瘤驱动基因筛选,探究青年人CRC发生的潜在分子机制。方法:根据10对青年人和老年人散发性CRC标本的全外显子测序数据,统计非同义突变数目和CNV,进行非参数秩和检验。利用R语言对两组差异突变基因进行富集分析,并将青老年人CRC差异突变基因与CGC数据库作对比,以筛选可能的肿瘤驱动基因。结果:青年人CRC的基因突变数目显着少于老年人组（P=0.038）。青年人CRC的拷贝数缺失变异显着少于老年人CRC（P=0.001）,而拷贝数扩增变异虽然也少于老年人CRC,但差异尚不显着（P=0.195）。富集结果显示,相比于老年人,青年人CRC高频突变的基因主要富集在8条生物学过程,即Wnt信号通路、O-聚糖处理、胆固醇外流等,而老年人组基因则富集在不同的5条生物学过程。此外,CGC数据库中青年组高频突变或相对高突变的基因包括BRAF,CTNNB1,EPHA3,FAT4,MSH2,MUC4,RANBP2,SPEN 等。结论:青年组CRC的体细胞突变数目和CNV少于老年组,且青年人CRC独特的癌变通路可能与某些生物学过程和突变基因有关。第二部分联合多种数据库及R语言分析NR1H4在结直肠癌中的表达及意义目的:联合多种癌症相关数据库和R语言,分析NR1H4在CRC中的表达情况、可能涉及的致癌机制及其对患者预后的影响。方法:利用GEO数据库筛选结直肠腺癌差异表达基因后,利用DAVID工具进行富集分析,并用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络。此外,用Oncomine数据库验证NR1H4在CRC等多种肿瘤中的差异表达情况,并通过TCGA及GEPIA分析NR1H4对CRC患者生存预后的影响。结果:NR1H4在包括CRC在内的多种类型肿瘤中表达量明显下降。结肠腺癌差异表达基因的富集分析显示,NR1H4富集在3条生物学过程和1条KEGG通路中,分别是炎症反应、胆汁酸和胆盐转运、凋亡过程负调控和胆汁分泌通路。PPI分析显示,包括NR1H4在内的多个基因可能是结直肠肿瘤的调控枢纽基因。预后分析显示,NR1H4低表达的结肠癌患者总生存期（OS）和无病生存期（DFS）均低于NR1H4高表达患者,但差异尚不具有显着性。结论:NR1H4在CRC中显着低表达,且该基因可能通过多种机制影响CRC的发生、发展和预后。第三部分亚太地区结直肠癌筛查评分的改良及与粪便潜血免疫化学检测结合的验证目的:亚太地区结直肠癌筛查（APCS）评分是筛查进展期期结直肠新生物（ACN）高危人群的有效方法,但仍需进一步修改,并与粪便潜血免疫化学检测（FIT）相结合。本研究旨在改良验证APCS评分,并评价改良后评分与FIT的结合在ACN风险分层中的应用。方法:这项前瞻性和多中心研究分别招募了 955名（前期完成）和1201名中国无症状体检人群,形成建模队列和验证队列。参与者接受了风险因素问卷、结肠镜检查和FIT。采用多元logistic回归分析,用C统计量、敏感度和阴性预测值（NPVs）比较筛选效率。结果:改良APCS模型纳入了年龄、体重指数（BMI）、家族史、糖尿病、吸烟和饮酒作为危险因素,将受试者分为低风险（AR）和高风险（HR）。在验证队列中,HR层组患ACN的风险增加了 3.4倍（95%CI 1.8-6.4）。改良APCS评分的C统计量为0.69±0.04,而原始模型为0.67±0.04。改良APCS评分联合FIT筛查ACN高危人群的敏感度为76.7%,而单独应用FIT或改良APCS评分的敏感度分别为36.7%和70.0%。改良评分联合FIT预测ACN的NPV为98.0%,而单独FIT或APCS评分的NPVs分别为97.0%和97.9%。结论:改良APCS评分模型及其与FIT的联合可以有效地从中国无症状体检人群中筛查出CRC高危人群。
田萌男[5]（2020）在《MUC1、MUC4、MUC6、MUC16在肝癌中的表达、临床预后及其突变的研究》文中研究说明目的探究MUC1、MUC4、MUC6、MUC16在肝癌中的表达和临床预后及其突变的关系方法1.通过Ualcan数据库在线分析关于MUC1、MUC4、MUC6、MUC16在肝癌组织中的表达情况。2.Kaplan-Meier Plotter数据库分析并绘制生存曲线并用Log-rank检验比较MUC1、MUC4、MUC6、MUC16高、低表达组肝癌患者之间的生存预后相关性。3.Meth HC数据库在线分析关于MUC1、MUC4、MUC6、MUC16在肝癌组织与正常肝脏组织中甲基化情况。4.GEPIA数据库在线分析MUC1、MUC4、MUC6、MUC16之间在肝癌组织中表达水平的关系。5.Ualcan数据库进一步在线分析MUC1、MUC4、MUC6、MUC16在肝癌组织中的协同表达。6.c Bioportal数据库在线分析关于MUC1、MUC4、MUC6、MUC16在肝癌患者中的基因突变及其突变对患者的生存预后情况。7.STRING数据库找出与MUC1、MUC4、MUC6、MUC16相互作用的蛋白。结果1.MUC1、MUC6在肝癌组织的m RNA表达水平低于正常肝脏组织（t检验均P<0.05）,MUC4、MUC16在肝癌组织的m RNA表达水平高于正常肝脏组织（t检验均P<0.05）。2.MUC1在肝癌中的高表达与肝癌患者的总生存（Overall Survial,OS）（P=0.011）和疾病特异性生存率（disease-specific survival,DSS）（P=0.0091）呈负相关;MUC4在肝癌中的高表达与肝癌患者OS呈负相关（P=0.01）;MUC6在肝癌中的高表达与肝癌患者的无进展生存期（progression-free survival,PFS）呈负相关（P=0.038）;MUC16在肝癌中的高表达都与肝癌患者OS、DSS、PFS呈正相关,P值分别为（P=3e-04）、（P=9.2e-06）、（P=1.7e-06）。3.MUC1在肝癌组织中的甲基化水平高于正常肝脏组织,但是其差异没有统计学意义;MUC4、MUC6、MUC16在肝癌组织中的甲基化水平显着低于正常肝脏组织,其差异具有统计学意义（P<0.005）。4.对GEPIA数据库分析发现在肝癌组织中MUC1的m RNA表达水平与MUC4、MUC6、MUC16的m RNA表达水平呈正相关,MUC4的m RNA表达水平与MUC6、MUC16的m RNA表达水平呈正相关,MUC6的m RNA表达水平与MUC16的m RNA表达水平呈负相关。5.协同分析表明MUC1、MUC4、MUC6、MUC16分别与TC2N、TSPAN1、CSGALNACT1、STS存在明显的相关性。MUC1多数的变异是扩增突变,MUC4、MUC6和MUC16多数的变异是错义突变。MUC1、MUC4、MUC6、MUC16这四个基因突变与生存预后有关（P=6.732E-3）,与此同时,MUC1、MUC4、MUC6、MUC16这四个基因之间具有共现性。6.相互作用的蛋白有MUC5B、MUC5AC、MUC6、MUC7、MUC13、MUC15、GALNT4、MUC1、MUC21、GACNT6、B3GNT5、MUC12、MUC17、MUC20,这些蛋白也积极参与调控网络。结论1.MUC1和MUC6可能抑制肝癌的发生,MUC4和MUC16可能促进肝癌的发生。2.MUC1、MUC4和MUC16与肝癌患者的总生存相关,MUC6则肝癌患者的总生存无关。3.MUC1、MUC4、MUC6、MUC16发生的基因突变参与了肝癌的发生与发展,且发生突变的患者预后更差。4.MUC1、MUC4、MUC6、MUC16在肝癌中的甲基化水平有助于阐明肝癌的发生、发展及预后等一系列问题,为肝癌早期诊断和晚期基因治疗提供新的思路。5.MUC1、MUC4、MUC6、MUC16之间的相关性及与其相互作用的蛋白和协同表达分析有助于为肝癌的治疗提供新的治疗靶点。
殷实[6]（2020）在《利用生物信息学分析鉴定胰腺癌关键基因》文中指出目的:通过生物信息学的方法,寻找在胰腺癌中差异表达的基因,同时分析差异表达基因在胰腺癌中生物学作用,探讨其与胰腺癌的关系。方法:利用GEO数据库中的数据集寻找差异基因。利用DAVID数据库进行差异基因的生物学分析。利用STRING数据库进行蛋白相互作用分析,并用Cytoscape软件识别蛋白互作网络中最重要的模块,筛选出关键基因并进行功能富集分析。利用cBioPortal数据库中肿瘤患者的临床数据,对关键基因进行生存分析。同时利用Oncomine数据库中数据集验证关键基因表达情况,并分析关键基因与肿瘤分级、分期、分子标记和药物敏感性的关系。结果:本研究从基因表达综合数据库（GEO）下载基因芯片GSE28735、GSE15471和GSE62452,以确定在胰腺癌癌变和进展中起作用的候选基因。最初,在三个数据集中共鉴定出219个差异表达基因,其中161个上调基因,58个下调基因。通过富集分析确定了这些基因的功能和途径。结果表明,差异基因参与了细胞粘附、细胞外基质组织、蛋白水解、钙离子结合、丝氨酸型内肽酶活性、胞外小体、质膜、胞外区和胞外间隙的变化。在此基础上,构建了蛋白质相互作用网络,并将219个差异基因加入到网络中。在网络中鉴定出10个关键基因。选择最重要的模块进行功能和通路分析。生存分析表明,FN1和POSTN可能参与胰腺癌的癌变或侵袭。本研究所鉴定的差异基因和关键基因有望成为胰腺癌预后和治疗的候选靶点。结论:总共鉴定出219个DEG和10个关键基因。此外,FN1和POSTN的高表达可能是低生存率的一个预测因子。这些关键基因可能为胰腺癌的检测和治疗开辟了新的可能。
曹文玺[7]（2019）在《miR-601在胰腺癌侵袭转移过程中的影响及其相关作用机制探讨》文中研究指明目的:众所周知,胰腺癌被称为“癌中之王”,是一种恶性程度极高的消化系统恶性肿瘤。因其早期发病的隐匿性,导致胰腺癌的诊断和治疗均较困难。中国国家癌症中心的统计数据表明,我国胰腺癌总体发病率及死亡率均呈增长的趋势。截止2013年,其发病率上升至第10位,死亡率位列第6位,并有进一步加速增长的可能。而胰腺癌的复发及远处转移是造成胰腺癌高死亡率的重要因素。因此,对胰腺癌复发转移的机制进行深入研究是提高胰腺癌的诊治水平,改善预后的重要课题。MicroRNA（miRNA）是一类由内源基因编码的单链RNA分子,可表达在包括胰腺癌在内的多种恶性肿瘤患者的血清及肿瘤组织内。根据相关研究,某些miRNA的功能障碍可能引起胰腺癌细胞的远处转移。对相关的miRNA进行检测可能成为早期诊断胰腺癌的潜在分子标志物。有文献报道,miRNA-601在多种恶性肿瘤中的发生转归中表达失调,但其在胰腺癌中所扮演的角色目前仍然未知。我们的研究拟对miR-601在胰腺癌侵袭转移过程中的作用及其相关机制进行探讨。方法:采用q-PCR方法检测胰腺癌组织及相应癌旁组织、转移性胰腺癌及非转移性胰腺癌组织、正常人类胰腺细胞株及两种不同胰腺癌细胞株中miR-601的表达水平。统计分析miR-601的表达与胰腺癌临床参数之间的关系。通过构建miR-601过表达及特异性敲低miR-601表达的慢病毒载体,分别转染胰腺癌细胞株SW1990和Panc-1,通过MTT和Transwell方法检测细胞活力及增殖迁移能力。采用q-PCR及Western Blot方法分别检测miR-601变化时上皮间质转化（EMT）标志物E-钙黏素（E-Cadherin）及N-钙黏素（N-Cadherin）的mRNA及蛋白表达变化,检测细胞中miR-601的变化对PI3K/AKT信号通路及其下游信号分子p-AKT的影响。利用生物信息学软件预测miR-601下游靶基因,构建其荧光报告基因载体,采用双荧光素酶报告基因实验方法对其进行验证。采用裸鼠皮下成瘤实验观察过表达miR-601对体内成瘤的影响。结果:qPCR分析显示miR-601在胰腺癌组织中的表达显着低于癌旁组织。相较于非转移性胰腺癌组织,转移性胰腺癌组织中的miR-601的表达显着下调。我们同时测定了miR-601在胰腺癌细胞株（SW1990及Panc-1）中的表达,结果显示miR-601在胰腺癌细胞株中的表达显着低于正常人类胰腺细胞株（HPDE6c7）。miR-601在胰腺癌组织中的表达水平与胰腺癌的AJCC分期、淋巴结转移、血管侵犯及远处转移相关。MTT法及Transwell实验均提示miR-601的过表达可抑制胰腺癌细胞的迁移和增殖能力,而抑制miR-601的表达则可促进胰腺癌细胞的迁移和增殖能力。qPCR及Western Blot结果显示,当miR-601过表达时,E-钙黏素的mRNA及蛋白表达量均显着升高,N-钙黏素的表达量显着下降,而当miR-601表达受抑制时,E-钙黏素的mRNA及蛋白表达量均显着下降,N-钙黏素的表达量显着升高。miR-601的过表达可降低磷酸化AKT（p-AKT）的表达,抑制AKT信号通路的活化,而抑制miR-601的表达则可促进AKT信号通路的活化。我们预测了 miR-601的下游靶基因SIRT 1。通过对双荧光素酶报告基因进行检测,结果显示,miR-601的异常表达可显着降低含有3’-UTR的野生型SIRT 1的荧光素酶活性,而在突变型或敲除3’-UTR的SIRT1中则无此变化。此外,qPCR及Western Blot结果均显示miR-601对SIRT 1的mRNA水平影响有限,而对胰腺癌细胞中SIRT 1的蛋白表达起抑制作用。MTT和Transwell实验显示,miR-601可抑制胰腺癌细胞的增殖和迁移,而SIRT 1则促进胰腺癌细胞的增殖和迁移。此外,miR-601可抑制上皮间质转化及AKT信号通路的活化,而SIRT 1则促进上皮间质转化及AKT信号通路的活化。裸鼠体内成瘤实验结果显示,miR-601过表达的胰腺癌细胞在裸鼠皮下成瘤体积和质量均显着小于对照组,提示miR-601对胰腺癌细胞起抑制作用。结论:我们的研究显示,miR-601在胰腺癌的发生发展中起着重要的调控作用。miR-601的高表达可抑制胰腺癌细胞的增殖和迁移,低表达可促进胰腺癌细胞的增殖和迁移。进一步研究提示,miR-601可能通过调节下游靶基因SIRT 1起作用。我们的研究首次阐明了 miR-601在胰腺癌发生发展过程中的作用,同时初步阐述了其可能的潜在机制,为胰腺癌的治疗提供了新的思路。
季慧慧[8]（2019）在《基于全外显子测序鉴定大肠癌转移相关基因及调节网络分析》文中认为目的:本研究主要通过全外显子测序（Whole exome sequencing,WES）检测大肠癌（Colorectal cancer,CRC）转移相关基因及其调节网络分析,从而探究基因突变和CRC转移之间的关系。方法:收集组织样本共22对,其中包含确诊CRC患者原发灶22例和配对转移灶22例,将样本中的DNA提取后进行WES检测和突变位点的鉴定,比较不同发病位置、转移时间及转移部位对突变谱的影响,并对肝转移样本进行深入挖掘及调节网络分析,最终筛选出与CRC转移发生、发展相关的基因。结果:1)原发灶中共发现9669个突变基因,其中628个基因在半数以上的样本中发生突变,365个基因在CRC表达谱中差异表达,6个基因（CDC25B、KCTD9、ATIC、PSMD14、NAT10和MIPEP）在所有CRC相关的表达谱和甲基化谱中均出现统计学差异。2)转移灶中共发现7199个突变基因,其中613个基因在半数以上的样本中发生突变,66个基因（包括MUC12、MUC4、MUC2、MUC5B、NBPF1、AHNAK、GPRIN2、SPON1、UGT2B4）在CRC转移谱中差异表达,这些基因参与免疫应答、脂质转运和细胞成熟有关的生物过程。3)CRC原发灶与转移灶中共有407个相同的突变基因（包括KRAS和NBPF1）,其中67个突变基因在表达谱中出现差异,这些基因富集于DNA复制、重组及细胞周期相关的通路上。4)不同部位的CRC原发灶突变谱不同,直肠的突变位点及突变基因数目最多,降结肠次之,升结肠最少。三者共同突变基因与DNA修复、成骨细胞增殖、胃肠上皮的维持等生物过程及PPAR信号通路有关。5)不同转移时间的CRC原发灶突变谱不同,同时性转移中的突变位点及基因的数目远多于异时性转移,这些同时性转移特有突变基因参与细胞-基质黏附、粘着连接和粘着斑相关过程。6)不同转移部位的突变谱不同,其中肝转移灶、肺转移灶和卵巢转移灶中高频突变基因的数目均多于相应的原发灶,其交集突变基因和细胞粘附分子、调节肌动蛋白细胞骨架等过程相关。7)与CRC原发灶相比,肝转移灶在1q21.1、3q29、7q22.1、15q11.2、16p11.2和19p12上出现CNV下降的现象,其中包括粘蛋白家族的MUC4的第2个外显子所在的区域。差异CNVs相关基因与γ-氨基丁酸信号通路、DNA代谢过程和肌动蛋白运动、硫代谢等过程有关。8)肝转移灶特异性突变基因中CASP12突变类型最多（错义突变、剪接突变、终止密码子获得突变）,其次为SPTA1（94%）、HRNR（76%）、VPS41（71%）、FAM86B1（71%）基因。受突变影响较大的肝转移灶特异性突变基因主要参与免疫相关的生物学过程。REAC通路分析发现这些基因显着富集在GALNT12缺陷导致结直肠癌1（CRCS1）通路（包括MUC5B、MUC4、MUC3A、MUC16、MUC6和MUC5AC）上。9)肝转移灶特异性突变基因在肝脏中的表达水平高于其他组织,AKR1C4、GC、AGT、FMO5、SEC14L2、ABCC2、ECHS1和HLF在肝脏组织中特异性表达指数最高。10)肝转移特异性基因的网络模块挖掘及功能分析发现4个子网络。第1个基因簇的hub基因为CREB3L1、E2F5和RANBP2,主要和细胞周期及凋亡相关。第2个基因簇的hub基因为KLF9、RBBP5和SMC3,与细胞修复、转移及核酸代谢等过程有关。第3个基因簇的hub基因为HLF和SIN3B,与细胞的生存能力、迁移和侵袭有关。第4个基因簇的hub基因为MYLK、TNS1,与细胞黏附、迁移及微管运动相关。结论:通过WES发现CRC原发灶和转移灶（特别是肝转移灶）相关的突变基因,如发现粘蛋白家族基因突变水平和CRC发生转移相关,同时表明了CRC原发灶基因突变谱受发病位置和转移时间的影响,并基于调节网络分析,进一步确定了肝转移灶中的关键基因。本研究结果证实了WES鉴定肿瘤相关基因的有效性,为将来CRC转移相关研究提供线索。
杨勇[9]（2019）在《miR-557靶向调控EGFR抑制胰腺癌细胞增殖和侵袭的机制研究》文中研究表明第一部分胰腺癌组织中差异表达miRNA的筛选及验证目的:利用miRNA芯片技术筛选出人胰腺癌组织及癌旁组织之间差异表达的miRNA,并进行数据分析,以期为胰腺癌的分子生物治疗提供理论依据和潜在靶点。方法:（1）收集39例胰腺癌患者标本及其配对的癌旁组织,并记录患者的临床病理特征。（2）选取其中3例胰腺癌组织及其配对癌旁组织行Affymetrix miRNA芯片检测,分析miRNA的差异性表达,筛选出上调和下调有显着差异的miRNA。（3）挑选5种差异表达显着的miRNA,扩大样本量,运用qRT-PCR检测其在胰腺癌组织中的表达情况,包括2个在胰腺癌中表达上调的miRNA基因（miR-422a和miR-628-5p）和3个胰腺癌中表达下调的miRNA基因（miR-557、miR-563和miR-658）。（4）根据miR-557在肿瘤组织中的表达水平,分析miR-557的表达水平与胰腺癌患者性别、年龄、肿瘤大小、淋巴结转移、血管侵犯和临床分期等病理特征的关系。结果:（1）通过检测3组胰腺癌组织样本,Affymetrix miRNA芯片筛选获得558个差异表达的miRNA,其中癌组织中表达上调的有213个,表达下调的有345个。（2）经 qRT-PCR 验证的 5 个 miRNAs（miR-422a、miR-628-5p、miR-557、miR-563和miR-658）,其表达情况与芯片结果符合,挑选其中差异表达倍数最显着的miR-557作为进一步研究对象。（3）miR-557在胰腺癌组织中显着低表达,经统计分析,miR-557表达水平下降与肿瘤的分化程度较低、淋巴结转移、血管侵犯和TNM分期偏晚均有显着相关性（P<0.05）,但与患者的年龄、性别、肿瘤大小、部位无关（P>0.05）。结论:本实验通过miRNA芯片技术筛选获得胰腺癌组织中miRNA的差异表达谱。miR-557在胰腺癌组织中呈显着低表达,并与胰腺癌患者的恶性临床病理特征密切相关。第二部分miR-557对胰腺癌细胞恶性生物学行为的影响目的:观察miR-557过表达对胰腺癌细胞恶性表型的影响并讨论其作用机理。方法:（1）qRT-PCR检测3种胰腺癌细胞株和正常胰腺导管上皮细胞中miR-557的表达水平。（2）构建过表达miR-557的慢病毒表达载体LV-miR-557,侵染胰腺癌PANC-1细胞,获得稳定转染miR-557的PANC-1细胞株。（3）应用CCK8、Annexin V-FITC/7-ADD双染、Transwell实验及划痕实验等方法观察miR-557对胰腺癌细胞体外增殖、凋亡、侵袭和迁移的影响。（4）免疫荧光检测miR-557对EMT标记物及相关调控蛋白表达变化的影响。（5）构建荷瘤裸鼠模型。裸鼠皮下成瘤实验检测miR-557对胰腺癌细胞体内成瘤能力的影响,裸鼠肺转移模型观察miR-557对胰腺癌远处转移能力的影响。结果:（1）3种胰腺癌细胞中miR-557的表达水平均较正常胰腺导管上皮细胞显着降低（P<0.01）。（2）qRT-PCR分析结果显示,转染慢病毒过表达载体后PANC-1细胞中miR-557的表达水平显着提高,表明慢病毒载体构建成功。（3）CCK8检测细胞增殖活性,结果表明,培养48小时后,miR-557过表达组的PANC-1细胞表现出明显的增殖抑制作用。双染法流式细胞术检测凋亡结果显示,miR-557对胰腺癌细胞的凋亡无明显影响（P>0.05）。Transwell侵袭实验结果显示,与对照组相比,miR-5 5 7过表达组PANC-1细胞的穿膜细胞数明显减少（P<0.01）,表明其能明显减弱胰腺癌细胞的体外侵袭能力。划痕实验结果显示miR-557过表达后PANC-1细胞的迁移距离显着缩短（P<0.01）,划痕修复能力减弱,提示miR-557能明显抑制胰腺癌细胞的迁移活动能力。（4）免疫荧光检测结果显示,miR-557过表达后上皮型标志物E-cadherin的表达明显增强,而间质型标志物N-cadherin的表达明显减弱,调控分子p-Smad2/3的表达明显减弱,表明miR-557可能通过负调控p-Smad2/3的表达逆转胰腺癌的EMT进程。（5）体内实验中,与对照组相比,miR-557过表达组的皮下成瘤时间明显延长,并能显着抑制胰腺癌细胞的体内成瘤能力,此外,miR-557对裸鼠体内胰腺肿瘤的远处转移也具有明显抑制作用。结论:miR-557在胰腺癌细胞系中低表达,并且上调miR-557的表达不仅能够显着抑制胰腺癌细胞的体外增殖、迁移和侵袭能力,还能遏制荷瘤裸鼠体内的肿瘤生长和远处转移。第三部分miR-557调控胰腺癌恶性生物学行为的机制研究目的:预测miR-557的靶基因并进行筛选、验证,揭示miR-557调控胰腺癌增殖和侵袭的潜在分子机制。方法:（1）运用生物信息分析技术预测miR-557的候选靶基因。（2）Western blot法检测miR-557过表达对候选靶基因蛋白水平表达的影响。（3）构建EGFR 3’-UTR野生和突变型重组载体,双荧光素酶基因报告实验验证miR-557与EGFR的靶向关系。（4）构建EGFR过表达质粒载体,通过Rescue实验策略进行增殖、迁移、侵袭等相关功能测验以揭示其调控机制,并分析EMT标志物的表达变化。结果:（1）采用生物信息学方法分析推测EGFR为miR-557的靶基因之一。（2）Western blot结果表明过表达miR-557可以阻遏EGFR蛋白的表达。（3）双荧光素酶基因报告实验结果显示,miR-557 mimics 和野生型重组载体psiCHECK-2-EGFR-UTR共转染时,荧光素酶活性明显受到抑制（P<0.05）,提示miR-557可以通过作用于EGFR的3’-UTR区,负向调控其表达。（4）CCK8实验结果显示,相比于单转染miR-557组,共表达miR-557/EGFR组中PANC-1细胞的增殖活性明显增强（P<0.05）,且与对照组比较已无显着性差异（P>0.05）,提示EGFR能抵消miR-557诱导的增殖抑制作用。Transwell实验的结果显示,转染EGFR质粒后,共转染miR-557/EGFR组与单转染miR-557组比较,穿膜细胞数明显增多,而与对照组相比显着性减少,差异有统计学意义（P<0.05）,提示EGFR仅能部分阻断miR-557抑制侵袭的作用。划痕实验结果显示,相比于对照组,共转染miR-557/EGFR组细胞的迁移距离显着缩短（P<0.05）,而与单转染miR-557组相比迁移距离明显增宽,同样提示EGFR仅部分减弱了 miR-557抑制肿瘤细胞迁移活动的能力。（5）免疫荧光结果显示,与单转染miR-557组相比,共转染miR-557/EGFR组E-cadherin的荧光强度变弱,N-cadherin和p-Smad2/3的荧光强度明显增强;与对照组相比,共转染miR-557/EGFR组E-cadherin的荧光强度增强,N-cadherin的荧光强度减弱,而p-Smad2/3的荧光强度差异不明显（P>0.05）。结论:EGFR是miR-557的靶基因之一,miR-557通过负向调控肿瘤细胞内EGFR的表达从而影响胰腺癌的增殖、迁移和侵袭等恶性生物学表现,此外,miR-557还可能通过其他靶基因介导的分子效应影响胰腺癌的EMT变化。
谭雅芹,彭志红[10]（2019）在《上皮-间质转化和黏蛋白在肿瘤研究中的进展》文中指出上皮-间质转化（EMT）是一种复杂的转化过程,在癌细胞的侵袭过程中发挥重要作用。癌细胞形态变化伴随多种细胞改变过程,如细胞间黏附改变、细胞基质、降解、上皮标志物、间充质标志物改变等。黏蛋白（MUC）广泛分布于各种组织器官的上皮细胞中,在EMT过程中起重要作用。同时,MUC还可介导信号转导和细胞黏附、参与肿瘤的浸润、转移等。本文就EMT和MUC在肿瘤研究中的进展作一综述。
二、癌基因MUC4研究进展（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、癌基因MUC4研究进展（论文提纲范文）
（1）子宫内膜癌组织残疾基因同源物2、核连蛋白-2、黏蛋白4的表达及与预后的关系研究（论文提纲范文）
| 前言 |
| 1 对象与方法 |
| 1.1 一般资料 |
| 1.2 研究方法 |
| 1.3 结果判定 |
| 1.4 随访 |
| 1.5 统计学处理 |
| 2 结果 |
| 2.1 不同子宫内膜组织DAB2、nucleobindin-2、MUC4阳性率比较 |
| 2.2 子宫内膜癌组织DAB2、nucleobindin-2、MUC4阳性率与临床病理特征的关系分析 |
| 2.3 DAB2、nucleobindin-2、MUC4蛋白表达与子宫内膜癌患者预后的关系分析 |
| 2.4 Cox比例风险回归模型分析子宫内膜癌患者预后的影响因素 |
| 3 讨论 |
（2）肿瘤异质性及EprinA3信号调控口腔鳞癌转移的初步研究（论文提纲范文）
| 论文创新点 |
| 缩略词、中英文词汇对照表 |
| 常用实验材料 |
| 常用实验方法 |
| 第一部分 肿瘤异质性驱动口腔鳞癌淋巴结转移的研究 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 文献综述一 克隆异质性与肿瘤的发展和转移 |
| 实验一 口腔鳞癌存在异质性和亚克隆突变的现实依据 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 实验二 口腔鳞癌异质性及亚克隆突变影响肿瘤进化 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 实验三 口腔鳞癌异质性及亚克隆突变驱动肿瘤转移 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 第二部分 EprinA3信号介导的EMT调控口腔鳞癌转移的机制 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 文献综述二 肿瘤细胞利用Eph/Ephrin信号系统促进侵袭转移 |
| 实验一 EphrinA3及E-Cadherin表达与口腔鳞癌病理分级的关系 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 实验二 EphrinA3通过PI3K/Akt信号通路调节口腔鳞癌的生物学行为促进转移 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 实验三 MiR-210-3p对EFNA3调控口腔鳞癌转移的影响 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 存在问题及展望 |
| 参考文献 |
| 个人简历及已发表论文 |
| 附件 |
| 致谢 |
（3）弥漫大B细胞淋巴瘤伴HBV既往感染患者临床特征、预后分析及突变基因的探索（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 缩略语/符号说明 |
| 前言 |
| 一、弥漫大B细胞淋巴瘤伴HBV既往感染患者临床特征及预后分析 |
| 研究现状、成果 |
| 研究目的、方法 |
| 二、弥漫大B细胞淋巴瘤合并既往HBV感染患者基因突变谱的探索 |
| 研究现状、成果 |
| 研究目的、方法 |
| 第一部分:弥漫大B细胞淋巴瘤伴HBV既往感染患者临床特征及预后分析 |
| 1.1 研究对象和方法 |
| 1.1.1 研究对象 |
| 1.1.2 临床资料收集内容 |
| 1.1.3 临床指标定义 |
| 1.1.4 乙肝病毒感染界定标准 |
| 1.1.5 病例分组 |
| 1.1.6 治疗疗效评价 |
| 1.1.7 患者随访 |
| 1.1.8 统计学方法 |
| 1.2 结果 |
| 1.2.1 病例分组情况 |
| 1.2.2 患者基线特征 |
| 1.2.3 HBV既往感染DLBCL与临床特征关系 |
| 1.2.4 HBV既往感染和HBV未感染DLBCL预后差异分析 |
| 1.2.5 单因素和多因素分析 |
| 1.3 讨论 |
| 1.4 小结 |
| 第二部分:弥漫大B细胞淋巴瘤合并HBV既往感染患者基因突变谱的探索 |
| 2.1 对象和方法 |
| 2.1.1 研究对象 |
| 2.1.2 实验试剂及设备 |
| 2.1.3 全外显子组测序/靶向测序 |
| 2.1.3.1 DNA提取及质量检测 |
| 2.1.3.1.1 DNA提取 |
| 2.1.3.1.2 DNA质量控制 |
| 2.1.3.2 外显子捕获富集和全外显子组测序/靶向测序 |
| 2.1.3.3 生物信息学分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 靶向深度测序数据评估 |
| 2.2.2 突变统计 |
| 2.2.3 与DLBCL相关的体细胞突变基因 |
| 2.2.4 HBV既往感染与HBV未感染DLBCL患者差异突变基因谱 |
| 2.2.5 突变基因变异分析 |
| 2.2.6 富集分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 综述 乙肝病毒感染与非霍奇金淋巴瘤关系研究进展 |
| 综述参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
| 发表论文和参加科研情况说明 |
（4）中国青老年结直肠癌基因分析及改良筛查方案的建立和验证（论文提纲范文）
| 主要英文缩略词表 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一部分 中国青老年人散发性结直肠癌突变基因差异分析 |
| 前言 |
| 研究流程 |
| 研究方法 |
| 研究结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第二部分 联合多种数据库及R语言分析NR1H4在结直肠癌中的表达及意义 |
| 前言 |
| 研究流程 |
| 研究方法 |
| 研究结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第三部分 亚太地区结直肠癌筛查评分的改良及与粪便潜血免疫化学检测结合的验证 |
| 前言 |
| 研究流程 |
| 研究方法 |
| 研究结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 肠道菌群与胆汁酸代谢在结直肠肿瘤发生发展中的作用 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（5）MUC1、MUC4、MUC6、MUC16在肝癌中的表达、临床预后及其突变的研究（论文提纲范文）
| 中文论着摘要 |
| 英文论着摘要 |
| 英文缩略语 |
| 前言 |
| 实验材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 本研究创新性的自我评价 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 综述 黏蛋白在肝癌中的表达和临床预后及其突变的关系 |
| 参考文献 |
| 在学期间科研成绩 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（6）利用生物信息学分析鉴定胰腺癌关键基因（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略语 |
| 1 前言 |
| 2 资料与方法 |
| 2.1 数据来源 |
| 2.2 识别差异基因 |
| 2.3 差异基因的KEGG和 GO富集分析 |
| 2.4 PPI网络建设与模块分析 |
| 2.5 关键基因的选择和分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 胰腺癌中差异基因的识别 |
| 3.2 胰腺癌中差异基因的GO分析 |
| 3.3 PPI网络构建与模块分析 |
| 3.4 关键基因选择和分析 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 本研究创新性的自我评价 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（7）miR-601在胰腺癌侵袭转移过程中的影响及其相关作用机制探讨（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 参考文献 |
| 第一部分 miR-601在胰腺癌组织中的表达及与临床病理参数之间的关系 |
| 一、材料与试剂 |
| 二、实验方法 |
| 三、实验结果 |
| 四、讨论 |
| 五、结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 miR-601对胰腺癌细胞增殖转移能力的影响及其机制研究 |
| 一、材料与试剂 |
| 1.1 细胞株 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要材料及设备 |
| 1.4 主要试剂的配制 |
| 二、实验器皿及处理 |
| 三、实验方法 |
| 3.1 胰腺癌及正常人胰腺细胞的培养 |
| 3.2 质粒的构建 |
| 3.3 稳定细胞系的建立 |
| 3.5 蛋白免疫印迹(Western Blot) |
| 3.6 Transwell迁移实验 |
| 3.7 细胞增殖实验(MTT法) |
| 3.8 双荧光素酶报告基因检测 |
| 3.9 统计学方法 |
| 四、结果 |
| 4.1 miR-601在胰腺癌细胞株中表达下调 |
| 4.2 miR-601调节胰腺癌细胞的增殖和迁移 |
| 4.3 miR-601调节上皮间质转化(EMT)及AKT信号通路的活化 |
| 4.4 miR-601的下游靶基因的预测及验证 |
| 4.5 SIRT 1可逆转miR-601在胰腺癌细胞中的作用 |
| 五、讨论 |
| 六、结论 |
| 参考文献 |
| 第三部分 过表达miR-601对胰腺癌细胞成瘤能力的体内研究 |
| 一、材料与试剂 |
| 1.1 实验动物 |
| 1.2 细胞株 |
| 1.3 主要试剂及设备 |
| 二、实验方法 |
| 2.1 细胞培养 |
| 2.2 细胞转染 |
| 2.3 裸鼠成瘤实验 |
| 2.4 统计学方法 |
| 三、实验结果 |
| 四、讨论 |
| 五、结论 |
| 参考文献 |
| 全文结论 |
| 综述 microRNA与胰腺癌 |
| 参考文献 |
| 英文缩略词表 |
| 攻读学位期间公开发表的论文 |
| 致谢 |
（8）基于全外显子测序鉴定大肠癌转移相关基因及调节网络分析（论文提纲范文）
| 1 引言 |
| 1.1 CRC概述 |
| 1.2 全外显子测序 |
| 1.3 基于WES对 CRC转移的研究 |
| 1.3.1 WES数据分析及软件 |
| 1.4 本研究目的及其意义 |
| 2 实验材料与方法 |
| 2.1 实验仪器 |
| 2.2 实验试剂 |
| 2.3 主要耗材 |
| 2.4 样本的准备及测序 |
| 2.4.1 样本的选取 |
| 2.4.2 送检样本的要求 |
| 2.4.3 DNA提取的方法 |
| 2.4.4 DNA质量的检测 |
| 2.4.5 DNA的片段化 |
| 2.4.6 文库的制备 |
| 2.5 全外显子测序 |
| 2.5.1 外显子捕获 |
| 2.5.2 高通量测序 |
| 2.5.3 测序数据的处理及分析 |
| 2.5.4 CNV检测方法 |
| 2.6 甲基化数据的下载及分析 |
| 2.6.1 甲基化数据的下载 |
| 2.6.2 甲基化数据的分析 |
| 2.7 表达谱的下载及分析 |
| 2.7.1 表达谱的下载 |
| 2.7.2 表达谱的分析 |
| 2.8 调节网络构建 |
| 2.8.1 蛋白-蛋白相互作用网络的构建 |
| 2.8.2 转录因子结合关系网络的构建 |
| 2.8.3 RNA结合蛋白关系网络的构建 |
| 2.9 组织特异性指数的计算 |
| 2.10 GO功能和KEGG通路注释分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 样本及测序结果的基本信息 |
| 3.1.1 样本的筛选流程及基本信息 |
| 3.1.2 组织DNA提取的结果 |
| 3.1.3 WES测序数据的质控 |
| 3.2 原发灶与人类基因组比较 |
| 3.2.1 原发灶突变位点及突变基因的信息 |
| 3.2.2 原发灶突变与表达的关联分析 |
| 3.2.3 原发灶突变与甲基化的关联分析 |
| 3.2.4 小结 |
| 3.3 CRC转移灶与人类基因组比较 |
| 3.3.1 转移灶突变位点及突变基因的信息 |
| 3.3.2 转移灶突变与表达的关联分析 |
| 3.3.3 小结 |
| 3.4 原发灶和转移灶中的突变比较 |
| 3.4.1 原发灶和转移灶中突变位点及突变基因数目 |
| 3.4.2 原发灶特异性基因 |
| 3.4.3 转移灶特异性基因 |
| 3.4.4 转移灶与原发灶交集基因 |
| 3.4.5 小结 |
| 3.5 升结肠、降结肠、直肠的比较 |
| 3.5.1 升结肠、降结肠、直肠的突变位点及基因 |
| 3.5.2 升结肠、降结肠、直肠的突变基因的功能分析 |
| 3.5.3 小结 |
| 3.6 同时性转移与异时性转移的比较 |
| 3.6.1 同时性转移与异时性转移中的突变位点及基因 |
| 3.6.2 同时性转移与异时性转移中的突变基因的功能分析 |
| 3.6.3 小结 |
| 3.7 不同部位转移灶与原发灶的比较 |
| 3.7.1 肺转移 |
| 3.7.2 卵巢转移 |
| 3.7.3 肝转移 |
| 3.7.4 三种转移组织之间的交集及差异 |
| 3.7.5 小结 |
| 3.8 肝转移特异性相关基因分析 |
| 3.8.1 肝转移灶拷贝数变化 |
| 3.8.2 肝转移特异性相关突变基因 |
| 3.8.3 突变位点对基因功能的影响 |
| 3.8.4 组织特异性分析 |
| 3.8.5 基因调节网络分析 |
| 3.8.6 小结 |
| 4 讨论 |
| 4.1 CRC原发灶相关的突变基因 |
| 4.2 CRC转移灶相关的突变基因 |
| 4.3 肝转移相关的突变基因 |
| 4.4 不足之处 |
| 4.5 总结 |
| 参考文献 |
| 附录A 部分中英文对照表 |
| 附录B 附表 |
| 附录C 综述 |
| 参考文献 |
| 在学研究成果 |
| 致谢 |
| Abstract |
| 论文摘要 |
（9）miR-557靶向调控EGFR抑制胰腺癌细胞增殖和侵袭的机制研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 参考文献 |
| 第一部分 胰腺癌组织中差异表达miRNA的筛选及验证 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 miR-557对胰腺癌细胞恶性生物学行为的影响 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第三部分 miR-557调控胰腺癌恶性生物学行为的机制研究 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 全文结论 |
| 不足与展望 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 全文缩略词 |
| 攻读学位期间公开发表的论文 |
| 致谢 |
（10）上皮-间质转化和黏蛋白在肿瘤研究中的进展（论文提纲范文）
| 一、EMT与肿瘤的关系 |
| 1. TGF-β信号通路: |
| 2. Wnt/β-catenin信号通路: |
| 3. Notch信号通路: |
| 二、表皮生长因子受体Erb Bs和转录因子在EMT中的作用 |
| 1. Erb Bs与EMT: |
| 2. 转录因子与EMT: |
| 三、MUC在EMT中的作用 |
| 1. MUC1: |
| 2. MUC3: |
| 3. MUC4: |
| 4. MUC16: |
| 四、肿瘤微环境在EMT中的作用 |
| 五、结语 |
四、癌基因MUC4研究进展（论文参考文献）
- [1]子宫内膜癌组织残疾基因同源物2、核连蛋白-2、黏蛋白4的表达及与预后的关系研究[J]. 赵营,赵光日,吴蕴瑜,吕晓刚,黄高延. 现代生物医学进展, 2021(04)
- [2]肿瘤异质性及EprinA3信号调控口腔鳞癌转移的初步研究[D]. 王琳. 武汉大学, 2020(03)
- [3]弥漫大B细胞淋巴瘤伴HBV既往感染患者临床特征、预后分析及突变基因的探索[D]. 费越. 天津医科大学, 2020(06)
- [4]中国青老年结直肠癌基因分析及改良筛查方案的建立和验证[D]. 何旭霞. 北京协和医学院, 2020(05)
- [5]MUC1、MUC4、MUC6、MUC16在肝癌中的表达、临床预后及其突变的研究[D]. 田萌男. 锦州医科大学, 2020(05)
- [6]利用生物信息学分析鉴定胰腺癌关键基因[D]. 殷实. 中国医科大学, 2020(01)
- [7]miR-601在胰腺癌侵袭转移过程中的影响及其相关作用机制探讨[D]. 曹文玺. 苏州大学, 2019(06)
- [8]基于全外显子测序鉴定大肠癌转移相关基因及调节网络分析[D]. 季慧慧. 宁波大学, 2019(06)
- [9]miR-557靶向调控EGFR抑制胰腺癌细胞增殖和侵袭的机制研究[D]. 杨勇. 苏州大学, 2019(04)
- [10]上皮-间质转化和黏蛋白在肿瘤研究中的进展[J]. 谭雅芹,彭志红. 胃肠病学, 2019(04)